很多情况下，对基因组的深入数据挖掘需要花费大量的时间。其实仅公布一个高质量基因组，也是可以发表一篇二区文章的，比如《Scientific Data》（IF=5.8）就是一个不错的选择。
粗叶榕（Ficus hirta Vahl）又称五指毛桃，为桑科榕属的药食同源植物，是一种具有重要经济价值的植物。目前，对粗叶榕的基因组研究仍然相对较少，尤其是在其特定药用成分的生物合成途径方面。尽管已有部分关于粗叶榕基因组的初步研究报告，但这些研究大多集中于表型特征或叶绿体基因组，对于全基因组的深入解析仍显不足。
中国科学院华南植物园于慧研究员团队利用Illumina，PacBio HiFi及HiC等测序技术首次获得了粗叶榕染色体级别的基因组图谱。其基因组总大小约为297.27Mb，scaffoldN50为19.71Mb，其中94.90%的序列被锚定到了13条染色体上。共注释到132.79Mb的重复元件，占比基因组的44.67%。通过从头预测、转录组测序和同源基因比对共鉴定到28,625个蛋白编码基因，并成功获得其中92.39%基因的功能注释信息。高质量的粗叶榕基因组为解析香豆素等次生代谢物生物合成的分子机制及药用有效成分的品质提升奠定前期基础。
图1 粗叶榕的基因组组装与注释。a. 基因组大小评估; b. Hi-C互作热图; c. 基因组圈图
研究成果以“A high-quality chromosome-level genome assembly of Ficus hirta”为题，发表在国际期刊Scientific Data。华南植物园在读博士研究生黄伟城论文为第一作者，于慧研究员为通讯作者。本研究得到国家重点研发计划、广州市和中国科学院等项目资助。
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41597-024-03376-z
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