Cell子刊 | 难过黄风岭!深圳湾实验室吴炜祥团队首次揭示了mRNA修饰m⁶Am的阅读器蛋白!

学术   2024-11-01 00:00   河南  


iNature


N6,2'-O-二甲基腺苷(m6Am)是一种丰富的mRNA修饰,影响多种疾病,但其功能仍然存在争议,因为m6Am阅读器是未知的。

2024年10月30日,深圳湾实验室吴炜祥团队在Developmental Cell(IF=14.5)杂志在线发表了题为m6Am sequesters PCF11 to suppress premature termination and drive neuroblastoma differentiation的研究论文,该研究表明m6Am隔离PCF11抑制神经母细胞瘤过早终止和驱动神经母细胞瘤分

利用定量蛋白质组学,研究人员鉴定了转录终止子过早切割因子II(PCF11)在人类细胞中是一个m6Am特异性解读器。对成熟RNA和新生RNA的直接定量分析表明,m6Am不调节mRNA的稳定性,但促进新生转录。从机制上讲,m6Am通过隔离PCF11远离近端RNA聚合酶II(RNA Pol II)发挥作用。这抑制了PCF11在转录起始位点附近解离RNA Pol II,从而促进了m6Am修饰RNA的全长转录。m6Am与PCF11的独特关系意味着,在全反式维甲酸(ATRA)诱导的神经母细胞瘤分化治疗过程中,当PCF11降低时,m6Am的功能会增强。在这里,m6Am促进ATF3的表达,而ATF3抑制神经母细胞瘤生物标志物MYCN。在ATRA治疗的神经母细胞瘤中,消耗m6Am抑制MYCN抑制并维持其肿瘤干样特性。总的来说,m6Am是一种抗终止RNA修饰,可以抑制过早终止并调节神经母细胞瘤的治疗反应。

在转录起始过程中,哺乳动物RNA聚合酶II (RNA Pol II) C端结构域(CTD)尾部丝氨酸被磷酸化(S5P)并招募帽甲基转移酶1(CMTR1)和磷酸化的CTD相互作用因子1 (PCIF1)。同时,CMTR1催化RNA Pol II转录的第一个mRNA核苷酸的2'-O-甲基化。如果上述核苷酸是腺苷,则该2'-O-甲基腺苷(Am)可以通过PCIF1共转录m6Am。
m6Am是一种丰富的mRNA修饰,存在于数千个基因中,并已被证明调节细胞功能并影响多种疾病:m6Am介导细胞对应激的反应,调节抗病毒反应,有助于胃癌和结直肠癌的致瘤性,并促进最佳的早期发育。然而,多项研究报道了关于m6Am分子功能的各种相互矛盾的模型,从mRNA的稳定和不稳定到翻译的增强和抑制。m6Am的作用机制尚不清楚,这主要是由于缺乏已知的m6Am“阅读器”,可以特异性地结合到m6Am来调节其功能。
机理模式图(图源自Molecular Cell 
在这项研究中,作者发现核富集的过早裂解因子II (PCF11)是一个m6Am阅读器。脊椎动物PCF11同源物似乎通过发展识别和结合m6Am的蛋白质结构域,与脊椎动物mRNA中m6Am的出现共同进化。作为转录终止子,PCF11可与RNA Pol II CTD尾部的磷酸化丝氨酸 2(S2P)结合,解离延伸的RNA Pol II,从而诱导切割和多聚腺苷酸化(CPA)以及转录终止。
研究发现m6Am将PCF11隔离到新生RNA的转录起始位点(TSS),远离TSS-近端RNA Pol II,从而抑制PCF11过早解离RNA Pol II。这促进了RNA Pol II的加工和m6Am修饰RNA的全长转录。因此,m6Am能够通过屏蔽RNA Pol II免受PCF11的独特机制来调节转录,同时m6Am在神经母细胞瘤治疗过程中介导分化的作用。综上所述,这项研究不仅首次鉴定了m6Am的特异性阅读蛋白及其功能,还在机制层面提出了不同于常规表观转录组学范式的特例:RNA修饰与其阅读器蛋白结合后会激活该蛋白的功能。
研究人员通过漫画形式生动呈现了m6Am的作用机制,其灵感来源于中国经典神话《西游记》。在某一章节中,悟空为救师父攻击黄眉怪。然而,还未等悟空出手,黄眉怪突然祭出“法宝人种袋”,将悟空困在其中。这个场景巧妙地映射了该研究中m6Am的作用机制:m6Am的阅读蛋白PCF11犹如悟空,试图结合RNA聚合酶II上的磷酸化丝氨酸2(S2P),类似于悟空(PCF11)攻击黄眉怪(Pol II)手中的狼牙棒(S2P)。然而,在这一过程中,m6Am如同“人种袋”, 将PCF11吸引至新生RNA上的m6Am位点,使其无法接近RNA聚合酶II S2P。


原文链接:
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.10.004

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