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5+超级“水刊”从预警到Top，成功逆袭！天津医科大学团队瞅准时机，多组学+PCR两个月轻松拿捏！临床快速发文捷径在此！

文摘   2024-11-04 08:52   上海  


预警期刊还能逆袭成Top期刊？敢想？Life Sciences就办到了。这本期刊的“刊生”可真是跌宕起伏，2020年被中科院预警，2023年就荣升Top期刊！
该期刊目前影响因子5.2，收录临床方面的分子、细胞和功能基础的文章。
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目前，国人文章占比第一，而且投稿可以选择传统模式，免费哦~
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题目：利用多组学数据对B7家族的预后、免疫浸润和免疫治疗反应进行的综合泛癌评估
发表时间：2024.9

研究背景

B7分子(B7s)是有效的免疫监视肿瘤细胞的重要协同信号。虽然以往的研究已经探讨了B7家族与癌症之间的关系，但大多局限于特定的基因或癌症亚型。
研究思路
研究利用多组学数据探讨B7s表达(B7s exp.)与TCGA肿瘤预后、临床病理特征、体细胞突变(SMs)、拷贝数变异(CNVs)、免疫特征、肿瘤微环境(TME)、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷、免疫检查点基因(ICG)和药物反应性的潜在相关性。此外，在不同的验证数据集中评估了B7s exp.与免疫治疗(IT)性能之间的关系。随后，基于膀胱癌(BLCA)中的B7s exp.， CNVs或SMs进行了免疫浸润分析(IIA)，并通过RT-PCR进行了验证。    
研究结果
B7F在泛癌中的表达
首先，作者对B7F基因在不同癌症类型中的表达模式进行了分析。泛癌组织(PCT)中B7-H3和B7-H5的表达水平显著升高，其次是B7-2、B7-H1和B7-DC。
随后，作者比较癌旁组织和肿瘤组织中B7的表达水平。在泛癌中，B7-H3水平增加。
进一步采用Spearman相关检验对PCT中B7F成员配对间的相关性进行分析。37对基因直接相关，16对基因负相关，2对基因不相关。B7-DC分别与B7-1、B7-2、B7-H1呈显著正相关。    
B7F在泛癌组织中的生存分析
作者利用33个TCGA肿瘤的基因表达谱来研究B7表达与患者预后的关系。随后，使用单因素Cox比例风险模型评估了B7和33种癌症类型，证明了多种癌症类型中B7F成员和OS时间之间的关联。采用同样的方法分析B7基因在DFS、PFS和DSS方面的预后。B7-H3水平升高是各种癌症类型患者的显著危险因素，与较差的预后相关。    
在泛癌中分析B7F的拷贝数(CN)改变，突变和表达
cBioPortal工具用于研究不同癌症类型中B7F基因的突变、CNVs和SNPs。在ICGC/TCGA数据集中，24.52%的泛癌样本显示了B7基因的改变，包括突变、扩增、深度缺失和各种遗传变化。
其中CNV是最主要的变异类型，显著高于基因突变，扩增是最主要的变异类型。在23种癌症中，成熟B细胞肿瘤主要表现出突变，黑色素瘤和结肠癌显示混合的突变和扩增作为主要改变，胶质瘤显示出相似的突变、扩增和深度缺失频率。扩增主要见于非小细胞肺癌、乳腺癌和子宫内膜癌等。Kaplan-Meier曲线和log-rank检验结果表明，与无基因改变的患者相比，有基因改变的患者的中位预后显著较低。    
B7F exp.与免疫亚型和TME的关系
由于肿瘤类型之间的显著异质性，作者研究了先前定义的肿瘤免疫亚型之间是否存在遗传度的差异。这6种不同的免疫亚型包括:伤口愈合(C1)、IFN-r优势(C2)、炎症(C3)、淋巴细胞衰竭(C4)、免疫沉默(C5)和转化生长因子优势(C6)。不同的B7F成员在6种免疫亚型(c1 ~ c6)中有不同的表达模式，提示其可能作为癌症免疫亚型的诊断生物标志物。
此外，作者使用ESTIMATE软件计算了肿瘤组织的免疫分级和基质分级。观察到B7成员的多个水平和免疫/基质评分显著相关。而且作者在TCGA数据集中的泛癌中研究了各种免疫细胞类型(包括ctl、NK细胞和T细胞NK)的浸润状态与个体B7F exp.之间的潜在关联。    
B7F与干性指数、TMB、MSI在肿瘤中的相关性分析
作者使用RNAss和DNAss来检测不同癌症中B7F基因和肿瘤干性指数之间的联系。结果一致地证明了RNAss和基因水平之间的负相关关系，表明B7 exp.的升高与较低的肿瘤干性评分、降低的肿瘤干细胞活性和增强的肿瘤分化相关。此外， BLCA中B7F exp.和DNAss之间存在广泛的相反关系。
作者还研究了泛癌患者的TMB、MSI和B7基因水平。B7 exp.在COAD(直接相关)、HNSC(负相关)、LUSC(负相关)、TGCT(负相关)和UCEC(直接相关)中与MSI显著相关，随后在DLBC、OV、READ和SKCM中也观察到。此外，ILDR2在ACC中的表达水平和B7-H6在CHOL中的表达水平与MSI呈显著正相关，而B7-H7在DLBC中的表达水平以及B7-2和B7-H1在TGCT中的表达水平与MSI呈显著负相关。这可能意味着B7F与癌症的相关性越高，越有可能引起MMR基因启动子区高甲基化或编码区突变，从而导致功能丧失。在不同的CTs中，ILDR2, READ中的B7- h1，以及SARC中的B7-2, B7- h1, B7- 1和B7- dc与TMB的B7指数有统计学意义的相关性，并且只有一种相关性。    
B7F基因与药物敏感性的相关性分析
作者利用CellMiner数据库评估DS和B7表达之间的潜在联系。结果显示了显著的相关性。不同B7表达水平与不同药物敏感性之间存在关联。
B7F exp.在多个独立免疫治疗队列中的作用
作者在不同的癌症验证队列(IMvigor210_BC, GSE111636_BC, GSE78220_Melanoma, GSE67501_RC, GSE176307_BC)中研究了B7F exp.和免疫治疗效能之间的关系。观察到ILDR2水平与抗PD-L1治疗的客观结局强相关，IMvigor210队列中有应答者的ILDR2水平较高。    
B7F表达与BLCA免疫亚型及临床病理特征的关系
作者对TCGA队列中5种免疫亚型的B7 exp.水平进行了比较。研究结果显示，大多数B7F成员的表达水平在C1-C4和C6亚型之间存在显著差异。值得注意的是，B7-H3水平在除C6外的所有亚型中最高，而B7-1、B7-2、B7-H1和B7-DC在C2亚型中的水平高于其他亚型。此外，作者研究了B7 exp.与BLCA患者临床病理特征之间的关系，包括免疫亚型、乳头状或非乳头状状态、肿瘤分级、临床分期、TNM分期、年龄和性别。    
BLCA患者B7F指数与TME的相关性研究
探讨B7表达与BLCA TME内6种原发性IC浸润的相关性。观察到B7-1, B7-2, B7- DC和B7- h1的水平与B细胞含量呈轻度负相关，而与ctl, Ths, MΦ，PMNs, DCs呈实质性直接关系。
验证B7-H3在BLCA中的表达
对HPA数据库的分析表明，与邻近的正常组织相比，BLCA肿瘤组织中的B7-H3蛋白水平增加，这与之前的结果一致。随后，对一组20个BLCA 肿瘤组织和相应的邻近正常组织的B7-H3水平进行了RT-PCR验证，进一步证实了与邻近正常组织相比，肿瘤组织的B7-H3水平升高。    
文章小结
B7F基因，尤其是B7-H3，对人类肿瘤有重要影响，并有望成为多种肿瘤预后评估、免疫治疗策略和药物开发的潜在生物标志物。但仍需在后续研究中进一步验证这些发现。
这篇文章分析量比较大，但是分析思路还是很简单的，验证实验部分也只是用了一个PCR。泛癌分析除了工作量大还真没什么缺点。小伙伴们可以考虑复现一篇哦，这个杂志免费审稿快，发文量大，非常合适哦~担心数据量大自己的电脑驾驭不了的宝子可以试用一下咱们云生信平台的服务器，让你轻松驾驭海量数据。当然，如果你目前还不能熟练掌握这些生信分析方法，可以直接滴滴我，专业的团队可以帮你轻松搞定各种分析。
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