本科生一作！山东农业大学在国际著名期刊（IF=16.6）发表研究成果，构建目前世界最大的植物环形RNA数据库
学术
2024-09-14 13:52
法国
近日，山东农业大学信息科学与工程学院孙晓勇教授团队在《Nucleic Acids Research》database issue在线发表了题为“PlantCircRNA: A comprehensive database for plant circular RNAs” 的研究论文。山东农业大学信息科学与工程学院在读硕士研究生和树天与本科生邴建皓为本文并列第一作者，孙晓勇教授为本文通讯作者。环形RNA（circRNAs）代表了一类独特的非编码RNA分子，这类分子通过一种特殊的反向剪接过程形成，其中3′端的下游供体与5′端的上游受体相连，从而构成闭合的环状结构。circRNAs广泛分布于真核生物之中，由于其结构上的稳定性，它们在调控基因表达以及参与多种生物功能上扮演了重要角色。同样地，在植物中，circRNAs也发挥着关键的调控功能，影响着包括根、茎、叶、花和果实等器官在内的生长发育过程。为了促进学术界对植物中circRNAs的研究，研究团队系统地分析并挖掘了94种不同植物的数据，建立了迄今为止全球最大的植物环形RNA数据库——PlantCircRNA。网址：https://plant.deepbiology.cn/PlantCircRNA/PlantCircRNA作为一个包含大量数据的平台，它基于对39,245个RNA-seq样本的综合分析，不仅整合了先前开发的AtCircDB和CropCircDB数据库，还对不同组织特异性及各种环境压力条件下的环形RNA进行了系统性的注释。此外，该平台还根据81篇已发表的文献资料，对已知的植物环形RNA进行了补充注释，并引入了用于评估数据可靠性的检测评分（detection score）算法。PlantCircRNA作为当前最全面的植物环形RNA信息平台，对于推动植物circRNAs的研究具有显著的应用价值。该研究得到了国家自然科学基金面上项目的资助，学校超级计算中心提供了算力支持。https://doi.org/10.1093/nar/gkae709![]()
