如何用电泳做SNP基因分型？
学术
2024-11-18 22:58
广东
SNP分型大部分需要荧光读取的大型设备。例如扫描工作站和荧光定量PCR。大部分之前做SSR电泳体系的实验室，重新建立实验体系成本高，耗费精力。固德生物现在推出只用电泳就可以使用的SNP检测体系GEL-ARMS。不要荧光扫描，电泳直观观察，成本可控。GEL-ARMS分子标记是一种创新的SNP或InDel基因分型技术。其引物组由5条引物构成，包括两个通用的接头引物(adapter primers),两个等位基因特异的ARMS引物(amplification refractory mutation system)和一个通用的反向引物。其中两个通用的接头引物(AP-1和AP-2)长度不一，其中AP-2序列中有4bp碱基插入(5'-XXXX-3’);两个等位基因特异的AMAS引物(ARMS-1和ARMS-2)由等位基因特异性序列(Allele-specificsequences,AS-sequences)和5'端特异的接头序列(Tail1和Tail2)组成。GEL-ARMS基因分型结果
PCR直扩+电泳做SNP检测：油菜叶片用固德生物DNA直扩裂解液研磨后上清稀释15倍，配合固德生物GEL-ARMSTM SNP分子标记检测试剂，PCR后做8%PAGE电泳进行基因分型。（此方法用普通PCR+电泳设备就能大规模做SNP分析，不需要荧光定量PCR仪。适合SSR转SNP方法。转型简单，成本底）![]()
本试剂包含两个通用的接头引物(adapter primers)(AP-1和AP-2)，Taq酶，镁离子，dNTP，buffer等。根据特定SNP位点设计两个等位基因特异的AMAS引物(ARMS-1和ARMS-2)并加接头序列(Tail1和Tail2)，以及一个通用的反向引物合成即可。![]()
图1 GEL-ARM引物设计原理
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