CRISPR文库:死鬼,快来试一下,包你满意!

文摘   2024-04-15 18:45   北京  

什么?隔壁实验室的师妹不仅找到了靶点还发了一篇很高分的文章!她是怎么做到的?秉着不懂就问的原则,闪现到她面前问个究竟。


她说多亏了那个工具筛选出了大量候选靶点,效率很高,实验数据也得心应手!

谜底揭晓了,这个工具是CRISPR文库,原来它这么好用啊。


CRISPR文库是基于CRISPR/Cas9技术建立的高通量基因筛选方案。


通过构建含有多条靶向不同基因的sgRNA文库,经慢病毒包装并转染、确保每个细胞只进入一个病毒后,使不同的sgRNA序列与Cas9蛋白被整合到不同细胞基因组中,并分别对细胞基因组进行编辑,以此获得含有各种不同基因敲除的细胞pool;结合特定的功能筛选方式对细胞pool富集,通过NGS测序以及生物信息学分析获取富集细胞群中所携带的sgRNA信息并找出差异基因。



相比cDNA文库与RNAi文库,CRISPR/Cas9具有多功能性、低噪声、高敲除效率和较小的脱靶效应的优势,是大规模基因功能筛选的首选平台。


很想追热点,但全筛外包好像经费不允许,那买质粒or病毒自己筛?但工作量太大了...

不不不,现在好消息来了!

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CRISPR-iScreen™是源井生物自主研发的一项创新技术,旨在实现高效的CRISPR筛选。该技术为科学家提供了一种高效、精准的工具,可应用于基因功能研究和药物靶点筛选。

自主研发高效感受态


使用自主研发的文库特制感受态细胞,更易捕获外源DNA,转化效率高且突变风险低,确保文库质粒扩增质量,覆盖度>99%,均一性<10。


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独家Cell Pool制备工艺,实现文库Cell Pool规模化和标准化生产,做到批间差异小、重复性好,Cell Pool文库覆盖度高达99%。




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一站式文库构建筛选服务

1. 文库构建

针对某个物种,每个基因设计3-6条sgRNA,采用高通量芯片合成sgRNA,再将合成的sgRNA通过Gibson组装克隆到慢病毒载体中。

源井服务亮点:

①红棉CRISPR基因编辑系统:高通量自动化设计gRNA,确保gRNA特异性和切割效率。

②确保高转化效率:使用自主研发的超级感受态,并采用电转的方式提高转化效率,严格把控长菌数量≥500X,确保转化效率。保证文库覆盖度>99%、均一性<10。

2. 病毒包装与转导

将质粒文库包装成慢病毒,并以低MOI(一般标准<0.3)感染靶细胞,保证一个病毒颗粒感染一个细胞。细胞文库中包含的细胞的数量一般为全部sgRNA数量的200-1000倍。

源井服务亮点:

③丰富的慢病毒包装经验:确保病毒滴度和纯度及混合质粒病毒包装过程的均一性。

④近100种Cas9稳转株现货:省去Cas9病毒感染环节,文库筛选周期缩短3-5周。

3. 细胞筛选

将全基因组敲除细胞库分成两份,其中一份作为实验组施加筛选压力,如:病毒侵染,药物治疗等;另一份作为对照组。根据耐药性、增殖能力、存活能力等表型筛选细胞。

源井服务亮点:

⑤经验丰富平台完善:丰富的细胞培养经验和完善的下游表型分析平台,可以提供多种细胞筛选服务。

4. NGS测序与数据分析

将实验组和对照组的细胞分别抽提基因组,PCR扩增sgRNA片段,进行NGS测序,并进行生物信息学分析。

5. 基因功能验证

通过CRISPR/Cas9敲除单个候选基因,或进行过表达/回补实验,进行基因功能验证。

源井服务亮点:

⑥CRISPR-U™细胞基因编辑平台:已在超200种细胞上积累5000+成功案例,提供基因功能验证服务,保证交付KO纯合克隆。


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