首页 时事 民生 政务 教育 文化 科技 财富 体娱 健康 情感
更多
旅行 百科 职场 楼市 企业 乐活 学术 汽车 时尚 创业 美食 幽默 美体 文摘

你苦苦寻找的孟德尔随机化发文突破口他来了！河北医科大团队“74万队列+氧化应激+多组学”教你拿下这本小众毕业神刊！赶紧码住！

文摘   2024-11-09 17:33   上海  


嘿嘿，很高兴又可以在新的一天和宝子们见面咯！今天给大伙带来的孟德尔随机化思路可厉害了，作者团队通过热点选题——氧化应激+MR分析，轻松拿下JCR 1区期刊！那么咱们废话少说，一起看例文！
来自河北医科大学的张旭团队，选择了氧化应激与特发性肺纤维化作为数据库挖掘地选题，成功在5分自然系期刊《Genes & Immunity》发文！这篇孟德尔随机化文章亮点挺多！我挑选其中值得借鉴的和大家先简要分析分析~
1、多数据库数据集+Meta分析+多组学！作者团队首先从NCBI数据库中收集了4个特发性肺纤维化患者的转录组数据集，随后，还从芬兰数据库、英国生物样本数据库收集了740000名参与者的氧化应激数据！庞大的数据集是文章冲击高分的关键！小伙伴们可以在自己的文章中借鉴！
2、孟德尔随机化分析+共定位分析+潜在药物靶点预测！除了常规的MR分析，作者团队还在文中使用了共定位分析，共定位分析被用于评估各种生化蛋白表达与 IPF 之间的潜在相互作用，是目前遗传分析领域的一大发文利器！PS：想要发高分MR文章却怎么也找不到好方法？欢迎联系我！我在这里等你，无论是研究方向的确定、实验设计的优化，还是生物信息学的深入分析，我都有自己的独门秘籍！

定制生信分析

国自然指导

科研培训


题目：解读氧化应激基因在特发性肺纤维化中的作用：一种多组学孟德尔随机化方法
杂志：Genes & Immunity
影响因子：5.0
发表时间：2024年8月
研究背景
特发性肺纤维化IPF是一种慢性进行性的肺间质性疾病，其发病机制还不十分清楚。研究显示，氧化应激过程（OS）在IPF的发病过程中扮演着重要角色，可通过多种机制诱发肺纤维化，包括直接损害肺细胞、影响纤维相关基因表达以及激活TGF-β等信号通路。然而，迄今尚未有全面系统的研究确定OS基因与IPF的因果关系。本研究采用多组学孟德尔随机化(MR)方法，整合IPF基因组关联研究(GWAS)、基因表达量表型(eQTL)、DNA甲基化量表型(mQTL)等数据，识别与OS相关的潜在致病基因
数据来源
数据类型
数据源
样本量
IPF和对照组肺部转录组数据
NCBI数据库(4个数据集)
144 IPF患者, 143 对照
IPF GWAS数据        
Finnish R9数据库, UK Biobank数据库
2356 IPF患者, 733,920 对照
血液eQTL数据
eQTLGen consortium
31,684 个体
血液mQTL数据
Brisbane Systems Genetics Study, Lothian Birth Cohort
614 + 1,366 个体
肺部eQTL数据
GTEx项目
860 个体
蛋白质QTL数据
Decode Genetics (UK Biobank)
150,119 个体
研究思路
主要结果
1、确定IPF患者中生存相关 DEG的Meta 分析
为了了解 OS 基因在 IPF 中的作用，从 NCBI 数据库中获得了四个包含 IPF 患者 （n = 144） 和对照组 （n = 143） 的 RNA-seq 数据集。随后，作者团队从 GeneCards 中共下载了 1188 个相关性评分为 ≥7 的 OS 相关基因。最后，Meta分析显示，IPF 组和对照组之间 1090 个 OS 基因的差异表达（图1）。其中，排名前五的基因是 FTL 、 EEF1A1 、 ACTB 、 CTSB 和 TXNIP，据报道均与 IPF 或肺癌有关。
图1 IPF 组和对照组之间四个 RNA-seq 数据集的荟萃分析
2、整合血液中 GWAS 和 OS 相关的 eQTL/mQTL 数据
考虑到在 IPF 患者中观察到的 OS DEGs，作者假设与 OS 相关的基因表达可能解释了疾病的因果关系。随后，采用三步 SMR 方法整合 1090 个 OS 相关 DEGs，作者一共得到 916 个 eQTL SNP 基因对。
3、血液甲基化介导的 IPF 致病基因调控基因表达
在三步 SMR 分析中，KCNMA1 被列为优先研究靶标。作者团队的研究表明，与 KCNMB1 相关的 SNP 信号在 IPF GWAS 、 eQTL 和 mQTL 研究的数据中具有显著意义。作者团队发现 DNAm 探针 cg26615853 位于 KCNMB1 上游的增强子区域。该甲基化位点与 KCNMB1 的表达 （beta_SMR = -1.11） 和 IPF 的发生 （beta_SMR = -0.49） 呈负相关，而 KCNMB1 的表达与 IPF 呈正相关（图2A-B）。
图2 三步 SMR 分析，优先考虑血组织
3、整合肺组织的 eQTL 和 pQTL 数据
在血液和肺组织中，基因表达的遗传缺陷不同，可能导致各种 IPF 发病基因。因此，作者团队假设将顺式 eQTL 整合到肺组织，为推测 IPF 发病机制基因提供新的候选靶点。Meta 分析确定了 426 个 cis-SNP 基因对，对应于 426 个 OS 相关基因 （FDR < 0.05）。而SMR 分析显示 448 个肺表达基因在 IPF 中具有潜在因果作用，包括PRKCZ 、TP73 、H6PD 、PGD 等。
4、IPF 和致病基因相互作用的共定位分析
为了从 IPF 与致病基因相互作用的角度进一步研究 OS 基因的作用，作者团队通过共定位分析将 pQTL 汇总统计与 IPF 致病性 cis-eQTLs 整合。根据 SMR 和共定位分析的结果，作者团队确定了三个候选 IPF 致病基因：MPO 、 S1PR1 和 HGF 。作者团队的研究表明，MPO 表达可能对肺细胞有保护作用 （beta_SMR = -0.61）。此外，根据共定位分析，调节 MPO 表达的 SNP 也可能影响 WGS_deCode_vs_Sanger 的功能（图3A），表明 MPO 蛋白活性的降低可能有助于 IPF 的治疗。此外，作者还发现，S1PR1 的表达与 IPF 呈正相关（图3B）。
图3 SMR和共定位分析
5、药物筛选
最后，作者团队从 eQTL 和 IPF GWAS 的共定位分析中搜索 1096 个潜在药物靶点，作者团队一共确定了 5 个药物靶点：LYN 、CRBN、ROCK1、LOXL2和GUCY1B2。其中 4 项是 “已批准”，1 项处于 “临床试验” 阶段。 
文章小结
本研究广泛研究了 OS 基因在 IPF 中的作用，鉴定了 1090 个与该病症相关的 DEGs，包括 FTL 、 EEF1A1 、 ACTB 、 CTSB 和 TXNIP 等关键基因。此外，作者团队还整合 GWAS 和 eQTL/mQTL 数据，作者团队强调了遗传标记和 IPF 之间的潜在因果关系。最后，过整合 eQTL 和 pQTL 数据来识别 IPF 病理基因的方法为未来的研究揭示了新的候选靶点。PS：看完这篇优秀的孟德尔随机化分析，不知道屏幕前的您是否心动了呢？心动不如行动联系我！我第一时间为您提供优质生信选题、分析服务！
报班、生信扫码咨询




 http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwOTc2MzYxNA==&mid=2247581919&idx=6&sn=4ed267edd923af3f3cb6758a00354517
转化与基础研究
生信分析、国自然指导、文章写作、科研培训，欢迎关注咨询~
 最新文章
本科男友吐槽研究生女友沉迷做实验，不爱打扮，网友：不看好恋人学历差距大
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
面上/重点项目801项，省级自科基金拟立项项目公示
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
双院士坐镇的国产Top！10年内IF一路高歌猛涨（5+→21+）！“巨噬细胞+虚拟筛选”强势拿下！复旦大学团队的封神思路赢麻了！
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
妥妥的新思路！恭喜中国医科大学团队“单基因纯生信”发双一区8+！孟德尔随机化+多组学+单细胞+UKB，这工作量还是发低了！
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
杰青优青21项，青年529项，面上354项！省级自科基金立项公示
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
超火热的cGAS-STING信号通路助你拿下国自然！中南大学巧妙结合“炎性小体”发8+！国人超爱的期刊大家也千万别错过！
人工智能辅助课题设计与SCI写作应用培训班【11月25~26日】
正式进入孟德尔+时代！川大华西医院团队：NHANES+孟德尔随机化，纯生信2图3表发Q1区Top！性价比杠杠的!
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
本科生一作、研究生二作、教授母亲三作，浙大奖学金获得者论文被质疑，高校回应！
人工智能辅助课题设计与SCI写作应用培训班【11月25~26日】
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
Adv Sci四连发！要说“乳酸化”不火审稿人都不同意！陆军军医大学李涛团队联合多组学+代谢重编程+铁死亡2个月发14+！
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
国产神刊2分白手起家，连涨11年突破13+，审稿快速！中国医学科学院/北大团队这篇多组学研究，联合靶点筛选，2个多月拿下！
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
科技部：4.45亿！鼓励女性科研人员作为项目（课题）负责人，并积极吸纳女性组员！15项重点专项项目指南发布
人工智能辅助课题设计与SCI写作应用培训班
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
中药复方携“铁死亡”王者归来！常规设计思路也能轻松登上1区Top!
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
AlphaFold3与ChatGPT辅助药物设计及蛋白结构与互作预测
【11月25~26日】人工智能辅助课题设计与SCI写作应用培训班
IF 17.6|山大齐鲁医院马春红/武专昌团队携“棕榈酰化”和“免疫”登上Science子刊！
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
“药食同源”还有多少惊喜？老外都爱上了！中外团队联合：网药+转录组+验证，干湿结合天花板思路拿下中医药领域1区TOP“神刊”！
AlphaFold3与ChatGPT辅助药物设计及蛋白结构与互作预测
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
研究生跟了一个很棒的导师是种怎样的体验？
中草药提取物携“细胞衰老”登上Nature Aging！老外都开始研究中药了，你还在等什么？
中标2025年国自然基金的“保姆式”全年辅导方案
【R语言入门与预测模型构建及机器学习训练营】一对一辅导，包教会
【可送会上门】2025国自然基金撰写与标书工作坊专题研习会
Adv Sci新发!当单细胞+空间转录组遇上了“铁死亡”——创新思路仅凭3+3样本登上顶刊！
AlphaFold3与ChatGPT辅助药物设计及蛋白结构与互作预测
医药加膜片钳与光遗传及钙成像技术研讨会
“16岁中学生获正高职称”，官方回应
肠道菌群又登上Cell“新贵”子刊！江南大学陈卫院士团队这次做的“脑肠轴”是肠道菌群和神经炎症，“多组学”整合分析思路值得细品！
 分类
时事
民生
政务
教育
文化
科技
财富
体娱
健康
情感
旅行
百科
职场
楼市
企业
乐活
学术
汽车
时尚
创业
美食
幽默
美体
文摘
 原创标签
时事 社会 财经 军事 教育 体育 科技 汽车 科学 房产 搞笑 综艺 明星 音乐 动漫 游戏 时尚 健康 旅游 美食 生活 摄影 宠物 职场 育儿 情感 小说 曲艺 文化 历史 三农 文学 娱乐 电影 视频 图片 新闻 宗教 电视剧 纪录片 广告创意 壁纸头像 心灵鸡汤 星座命理 教育培训 艺术文化 金融财经 健康医疗 美妆时尚 餐饮美食 母婴育儿 社会新闻 工业农业 时事政治 星座占卜 幽默笑话 独立短篇 连载作品 文化历史 科技互联网
 发布位置
广东 北京 山东 江苏 河南 浙江 山西 福建 河北 上海 四川 陕西 湖南 安徽 湖北 内蒙古 江西 云南 广西 甘肃 辽宁 黑龙江 贵州 新疆 重庆 吉林 天津 海南 青海 宁夏 西藏 香港 澳门 台湾 美国 加拿大 澳大利亚 日本 新加坡 英国 西班牙 新西兰 韩国 泰国 法国 德国 意大利 缅甸 菲律宾 马来西亚 越南 荷兰 柬埔寨 俄罗斯 巴西 智利 卢森堡 芬兰 瑞典 比利时 瑞士 土耳其 斐济 挪威 朝鲜 尼日利亚 阿根廷 匈牙利 爱尔兰 印度 老挝 葡萄牙 乌克兰 印度尼西亚 哈萨克斯坦 塔吉克斯坦 希腊 南非 蒙古 奥地利 肯尼亚 加纳 丹麦 津巴布韦 埃及 坦桑尼亚 捷克 阿联酋 安哥拉