10分以上最好投的期刊，没有之一！川大华西团队这篇单基因研究带你真实体会一下“研究做的好不如期刊选的好”！

文摘 2024-11-07 09:07 上海

10分以上的期刊能有多好投？单基因研究三种图就能拿下，你说好投不好投呢？今天带来的这本神仙期刊就是International Journal of Surgery，最新IF12.5！中科院二区，JCR Q1；年发文量358篇，中国学者排名第一；平均审稿周期6-12周（网友经验）。

别看它是个外科杂志，对生信也很友好的。今天带来的是华西医院魏鑫团队近期发表在该期刊上的一篇单基因研究：99%生信分析+1%的临床样本验证，3张图拿下了12+！惊不惊喜意不意外？！

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题目：CASZ1的表观遗传修饰与透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和预后相关

杂志：International Journal of Surgery（IF：12.5）

发表时间：2024.9

研究背景

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾细胞癌的主要形式。蓖麻锌指1 （CASZ1）基因参与了不同癌症类型的不良预后。然而，CASZ1在ccRCC中的特异性活性改变和相关的多组学特征仍不清楚。

研究思路

为了探索CASZ1的表达，评估其预后意义，帮助ccRCC患者的治疗决策过程，作者利用TCGA、GEO和HPA数据库收集临床病理数据、预后信息、基因组、甲基组学和免疫组学数据。此外，癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库提供了药物敏感性的信息。

研究结果

RCC中CASZ1的表达明显降低

首先，使用来自TCGA数据库的数据，在泛癌RNA水平上评估CASZ1在肿瘤和正常组织中的差异表达。与相应的正常组织相比，CASZ1在所有主要RCC亚型中的表达均显著降低。使用GEO数据库中的三个微阵列数据集验证CASZ1在ccRCC肿瘤标本中的表达模式。使用来自HPA数据库的石蜡包埋样本，检测了CASZ1在RCC和邻近正常组织中的蛋白水平表达模式。结果显示，大部分肿瘤组织区域无阳性表达，阳性表达面积百分比明显低于邻近正常组织。CASZ1在肾癌组织中蛋白水平下调，与mRNA水平的研究结果一致。

不良的预后和不利的临床病理特征与CASZ1低表达有关

通过检查临床病理特征研究了CASZ1失调在RCC中可能的功能参与。基于RCC组织学类型分层，CASZ1 mRNA表达水平与临床病理特征呈负相关。通过对TCGA数据库中CASZ1 mRNA表达与总生存率（OS）的关系分析发现，与CASZ1高表达亚组相比，ccRCC中CASZ1低表达亚组的OS较差，但CASZ1表达对pRCC和chRCC的OS无影响。

CASZ1在ccRCC中的下调与高甲基化密切相关

作者检查了TCGA数据库，以寻找DNA甲基化调控在CASZ1下调中的潜在功能。结果显示，KIRC和KIRP肿瘤组织中CASZ1的CpG聚集甲基化水平分别显著高于正常组织。此外，发现了几种DNA甲基化相关酶的表达与ccRCC中CASZ1基因的表达之间存在良好的相关性，包括TET2、TET3和TET1。然后，作者使用瀑布图基于TCGA 450k DNA甲基化芯片的测序数据，直观地显示了甲基化水平与基因亚区之间的关系。获得了一些高水平甲基化的CASZ1相关探针。在333个ccRCC样本中，所有探针的甲基化水平与CASZ1基因表达呈负相关。表明CASZ1的低表达可能归因于与CpG岛相关的甲基化改变。最后，作者研究了预后与这些探针甲基化水平之间的关系。研究结果显示，这些探针的高甲基化亚组预后比低甲基化亚组差。总的来说，这些发现表明CASZ1相关的甲基化修饰与基因调控以及RCC患者的预后之间存在明确的关联。

探讨ccRCC中不同CSAZ1表达模式的潜在治疗策略

作者专注于研究CASZ1低亚组和CASZ1高亚组之间的转录组差异，以确定每种亚组的可能治疗方法。为此，作者首先使用TCGA数据库分析比较了CASZ1-low和CASZ1-high亚组的差异表达基因。研究结果显示，与CASZ1高亚组相比，CASZ1低亚组中有101个基因上调，3774个基因下调。富集分析显示，CASZ1-low亚组中大部分上调基因富集在“药物代谢-其他酶”和“补体和凝血级联”等通路中。

此外，通过比较免疫浸润和评估免疫检查点的表达，作者研究了免疫功能的差异CASZ1高表达组和低表达组之间的状态差异。分析显示，与CASZ1-low亚组相比，CASZ1-high亚组具有更高的T细胞CD8+初始细胞百分比，并且CASZ1-high亚组具有更高的免疫检查点。然后，使用TIGER工具对PD-1治疗数据集RCC-GSE67501_anti-PD-1进行数据分析。结果显示，PD-1治疗反应良好的患者CASZ1表达水平明显高于治疗反应较差的患者。因此，认为CASZ1高表达的患者更适合免疫治疗封锁疗法。

然后作者研究了高和低CASZ1表达亚组之间化疗反应的潜在差异。结果发现CASZ1低表达的ccRCC患者可能适合苏尼替尼和阿西替尼。

文章小结

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