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我国古代常用的丹砂、朱砂或石朱砂，学名硫化汞（HgS），其色泽艳红、美丽。新石器时期的仰韶文化层和龙山文化层里均发现“涂朱”（朱砂）遗物。从商朝开始，丹砂被用作颜料。
硫化汞 图源：见水印
1973 年，长沙马王堆汉墓出土的帛书中的《五十二药方》，是现已发掘的中国最古医方，其中有四个药方应用了汞，例如用丹砂、雄黄混合，治疗疥疮等症。
丹砂加热就可以释放出汞。汞是常温下唯一呈液态的金属，东方称之为水银，而西方称之为“快银”（qicksilver）。
这种金属吸引了人们。古代炼丹士希望通过汞的炼制，得到长生不老药。东晋葛洪（283—363）花了很多时间炼汞烧丹，并在《抱朴子》一书记载了汞的提炼方法。
因为汞能溶解黄金等金属制成“汞齐”，所以古人使用汞，从河流的沉积物中提取黄金。汞溶解黄金后，又可以通过蒸馏回收。
9 世纪左右，阿拉伯医生就用汞与动物脂混合，制作成软膏，治疗皮肤和眼睛感染。而西欧通过十字军东征，引进了这种药物。
在黑死病暴发的时候，无计可施的医生们“祭出”了水银熏蒸疗法，让人呼吸水银蒸气来对抗黑死病。
帕拉塞尔苏斯本名霍恩海姆（Hohenheim）。他年轻时（1507 年起）与一些同伴在全欧洲游学，据说到过巴塞尔大学、图宾根大学、维也纳大学、维滕堡大学、莱比锡大学、海德堡大学和科隆大学等，不过，结果却让他很失望。他认为大学没有自己想要学的东西，“一个医生，要做一个旅行者。知识就是阅历……”。帕拉塞尔苏斯认为，客栈老板、理发师和马夫的粗俗语言比亚里士多德、盖伦和阿维森纳（Avicenna，980—1037）的枯燥的经院哲学更有意义和常识。
帕拉塞尔苏斯
1516 年左右，他开始使用帕拉塞尔苏斯（Para-Celsus，Para 指超过）这一名字，因自诩超过了古希腊百科全书式的学者奥利乌斯·科内留斯·塞尔苏斯（Aulus Cornelius Celsus，前 25—50，居住于罗马城）。
帕拉塞尔苏斯把化学和医学结合起来，他还发现了锌（称之为劣等金属），他和追随者们倾向于使用净化药物，特别是汞、锑、铁、砷、铅、铜及其盐类和硫等矿物质，代替传统的复杂草药制剂。
帕拉塞尔苏斯正式给酒精（alcohol）命名，还发现鸦片易溶于酒精。他制成的“朗德姆鸦片酊”长期占据药典的重要位置。
帕拉塞尔苏斯重视化学胜过数学，重视实用化的定量，轻视抽象几何的证明。更重要的是，他把功利的炼金行为提升到哲学层面。帕拉塞尔苏斯主张三要素理论，认为人体中起作用的三要素是：硫、汞、盐，它们分别对应着人的精神、灵魂（给肉体活性的东西）、肉体。
从帕拉塞尔苏斯开始，汞的地位不断提高。汞本来是炼金术中的七种金属之一（金、银、汞、铜、铅、铁、锡）。而炼金术士们渐渐确信汞超越了固态和液态、尘世和天堂、生命和死亡。汞的符号也用来表示占星术中同名的行星——水星（Mercury）。这种金属通常也用蛇来表示。
炼金术的推广不会引发太多汞中毒事件。汞的大面积应用，是因为梅毒的流行。15 世纪末，梅毒在欧洲流行开来，最先被称为“高卢病”，后来有学者称其“源自美洲”，并从美洲找到了灵药愈创木脂（也称“圣木”）。晚期梅毒病人的皮肤大面积溃烂，带给社会恐慌，汞之类的矿物药物被确立为梅毒的标准治疗方法。
帕拉塞尔苏斯是汞治疗梅毒的积极提倡者，他写了多本关于梅毒的书，其中认为汞比愈创木脂治疗梅毒更有效。但他知道汞的毒性作用，据他所说，汞是疾病的源头，当它在体内被外界热量“搅动”时，有三种反应是可能的：蒸馏、升华或沉淀，不同的反应，产生不同的症状。
帕拉塞尔苏斯专门写了一整本专著来研究汞。他描述了几种汞中毒症状，如震颤（“颤抖而不感到寒冷”）、胃肠道紊乱、口腔感染、牙齿发黑。他还提出一种汞中毒的治疗方法，把病人浸泡在一个热的草药浴盆中，热使水银移动，以便从身体中排出。所以，帕拉塞尔苏斯发明了一种汞外用制剂治疗梅毒，以免除口服汞剂量过大而引发的毒性。
炼金术颠覆了希腊以来人工物和自然物之间明确的界限，而炼金术士也从一开始的追寻财富，逐渐转为哲学实践。许多科学家为了寻找世界的本源，或者再现“创世之始”而走上炼金术之路。
牛顿 图源：见水印
科学家牛顿就是著名的一员，他曾于 17 世纪 90 年代一度沉迷炼金术的研究。牛顿年轻时以光学研究成名。于 1665 年发表《显微术》（Micrographia）的罗伯特·胡克（Robert Hooke，1635—1703）是光学领域的权威，擅长机械工程，发明了真空泵、反向望远镜等，还发现了以他名字命名的弹性定律。
在光学理论方面，牛顿和胡克产生了一些争议，所以在 1675 年，牛顿写了一封信给胡克。信中首先赞美了勒内·笛卡儿（René Descartes，1596—1650）与胡克在光学方面的研究成果，紧接着，又写了句传颂久远的名言：我之所以看得更远，是因为站在巨人的肩膀上。
1686 年，牛顿发表《原理》这一巨著，揭示数学微积分及天体运行规律。他在书中骄傲地宣称：“运用这一原理，我在此展示这个世界体系的框架。”不过，牛顿拒绝在这本书中承认胡克在引力定律中的贡献（胡克曾经写信与他探讨引力问题），两人从此交恶。
牛顿为了进一步寻求天体运动的动力本源，大量涉猎玄学领域，并于 1692 年开始，沉迷于炼金术研究。据一份牛顿手稿显示，他所尝试的一项试验是通过汞制作“哲理石”（philosophers′ stone，也翻译为魔法石、贤者石）。在炼金术士心目中，哲理石可以把金属转化为黄金，或者可以制作延长寿命的药物，是炼金事业的“最高峰”。
牛顿的研究记录包括对重金属的气味和味道的描述，表明他亲自口服、品尝过。就在他进行炼金术实验期间，牛顿开始表现出精神疾病的症状，包括失眠、偏执、慢性消化不良、抑郁，以及在信件中的各类不良情绪的宣泄。
并且，牛顿与胡克有矛盾，与戈特弗里德·威廉·莱布尼茨（GottfriedWilhelm Leibniz，1646—1716）更引发著名的“微积分”最先发现权属纠纷。在胡克、莱布尼茨去世后，牛顿对两人仍是不断抨击。后来，通过对牛顿的尸体头发检查，发现其中的汞、铅和其他有毒金属已达到危险水平。据此推测，这些争论有可能是汞中毒引发的长期心理变化的结果。
多弗粉剂这种鸦片制剂的发明者多弗在晚年出版了一本专著，称赞水银是万能的良药，并提倡单独用金属汞治疗疾病，从而又让他获得了“水银医生”（Quicksilver Doctor）的称号。对出现皮肤溃烂的梅毒晚期病人的治疗，多在皮肤疮口涂上汞软膏。因为汞的剂量高，吸收入体后会有唾液增多的副作用，就被人认为“疾病的发酵物在病人口腔中溶化成唾液流出”。多弗的老师、医学权威西德纳姆也相信汞可以通过诱导大量唾液来治愈梅毒。
而汞的呕吐、腹泻等副作用，也被医生认为是在排出有毒的体液。即使在 19 世纪中叶，伦敦另一位著名的医生、药理学先驱乔纳森·佩雷拉（Jonathan Pereira，1804—1853）仍将其描述为疗效的指标。
直到 1905 年植物学家弗里茨·里夏德·绍丁（Fritz Richard Schaudinn，1871—1906）和皮肤病医生埃里克·霍夫曼（Erich Hoffmann，1868—1959）分离出导致梅毒的“梅毒螺旋体”，汞治疗梅毒的副作用才被认为是汞中毒。
贝尔纳迪诺·拉马齐尼（Bernardino Ramazzini, 1633—1714）被认为是职业医学的开创者，他认为汞是造成多个职业健康损害的元凶。
阿拉伯炼金术士贾比尔·伊本·哈扬（Jābir ibn Hayyan，721—815）在 800年左右发现了氯化汞（mercury（Ⅱ）chloride，mercuric chloride）这种化合物。出身法学世家的英国药剂师约翰·高兰（John Gowland，？—1766）以氯化汞为主要成分，发明了“高兰的润肤液”（Gowland′s Lotion）这种药，风靡欧美，用于一切皮肤病，特别是青春痘。因为该产品加热会升华，也称升汞（corrosive sublimate）。
贾比尔·伊本·哈扬 图源：见水印
杰勒德·范·斯维登（Gerard van Swieten，1700—1772）出生于莱顿，于1745 年成为玛丽亚·特雷莎（Maria Theresa，1717—1780，神圣罗马帝国皇后，匈牙利和克罗地亚女王）的私人医生和顾问。他支持大学改革，改善医院，邀请重要的医学专家到维也纳，并被视为维也纳医学“老学派”的创始人。他还是法院图书馆的馆长。作为启蒙运动的代表人物，范·斯维登在反对迷信、破除吸血鬼神话方面发挥了重要作用。
不过，范·斯维登引入了剧毒的氯化汞作为梅毒的治疗方法，他一直很好奇汞治疗产生的唾液是否是梅毒治疗的必要组成部分。为了解决这个问题，他合成了一些汞化物，配制了 0.1% 氯化汞溶液以便口服。
1881 年，罗伯特·科赫（Robert Koch，1843—1910，1905 年诺贝尔生理学或医学奖获得者）报告说，低浓度氯化汞能够有效摧毁在体外检测到的大多数微生物，此后，范·斯维登的溶液和其他类似的配方又成为消毒剂。科赫认为，作为消毒剂，氯化汞比苯酚更有效。苯酚消毒是约瑟夫·李斯特（Joseph Lister，1827—1912）研究的成果。科赫的这一判断，导致更多汞类化合物杀菌剂的研究。羟汞甲基苯甲酸钠（afridol violet）、硫柳汞（merthiolate）和汞溴红（mercurochrome）先后被推向市场。
1889 年，约翰斯·霍普金斯大学（Johns Hopkins University）的艾拉·雷姆森（Ira Remsen，1846—1927）发现了一种红色染料酚磺酞（phenolsulfonphylayin），他的同事约翰·雅各布·埃布尔（John Jacob Abel，1857—1938）等发现，酚磺酞几乎完全通过肾脏排出体外。有医生把它当作一种抗感染药，治疗泌尿道感染。
后来当地的企业汉森韦斯科特和邓宁公司（Hynson, Westcott & Dunning,Inc.，HWD）把酚磺酞当作一种染料推向市场。该公司的化学家经过修饰后，得到含汞化合物——汞溴红，于 20 世纪 10 年代作为消毒剂推向市场。1938 年后，FDA 把它归为“一般认为安全”类别，可以作为非处方药销售。新中国成立后，我国长期使用这一产品，称其为红药水。1998 年 FDA 又认定它需要按新药类别申报，由于成本太高，在美国撤市。
另外，含汞软膏自中世纪开始使用，就出现在所有主要药典中，就连青霉素问世后，它们也没有退出市场，1959 年的英国药典中还包括了含 30% 金属汞的软膏。
1608 年，法国医生让·德·勒努（Jean de Renou，1568—1620）合成了氯化亚汞（mercurous chloride），他在汞的硝酸溶液中加入一种盐，得到氯化亚汞沉淀。一年后，奥斯瓦尔德·克罗尔（Oswald Croll，1563—1609，德国炼金术士、马堡大学医学教授）在自己著作中，推荐口服氯化亚汞消除身体的异味（当时西方流行不洗澡）。后来，它被称为甘汞（calomel），这一名字是由法国医生、化学家泰奥多尔·蒂尔凯·德·马耶恩（Théodore Turquet de Mayerne，1573—1655）命名的，来源于 kalos（希腊语表示美丽）和 melas（希腊语表示黑色，其加入苛性碱后会形成黑色粉末）。
马耶恩原本是法国亨利四世（Henry Ⅳ，1553—1610）的御医，但他热衷于化学疗法，主张用锑和汞治疗疾病，激怒了巴黎医学界，被迫前往英国，成为英王詹姆斯一世的御医。他认为甘汞这种几乎不溶于水的白色无味粉末是其他汞制剂的“替代者”，可以治疗多种疾病。经他的推荐，甘汞很快成为 17 世纪最常开的药之一。它后来成为治疗梅毒的主要药物之一，并被用作泻药（口服）。
很多人认为，婴儿食欲降低、四肢疼痛是由出牙引起的，甘汞被用于解决这一问题，一款名为“斯蒂德曼的粉剂”（Steedman′s Powders）的药品中含有26.3% 氯化亚汞。但它会引起粉红色疾病（pink disease），以掌心和脚掌呈粉红色为特征，会发热、失眠、嗜睡、失去知觉。该病也称“红水肿”，于 1885 年被报道，长期找不到病因。
1948 年，奥地利科学家约瑟夫·沃考内（Josef Warkany，1902—1992）在美国辛辛那提大学医学院研究了粉红病儿童的尿液，发现含有汞。虽然许多医生表示怀疑，但当甘汞从出牙粉配方中去除后，粉红病的发病率明显下降这证实了他的观点。20 世纪 50 年代，含汞的出牙粉陆续撤出市场。
1810 年，英国化学家汉弗莱·戴维（Humphrey Davy，1778—1829）说明了甘汞与升汞的化学组成，但这不妨碍汞制剂的继续流行，更多无机水溶性汞盐也被引入医学领域。直到 20 世纪 60 年代，含有硝酸汞的软膏一直用于治疗皮肤病，包括湿疹、牛皮癣和梅毒疣等。氰化汞的稀溶液被认为比氯化汞的溶液刺激性小，尽管作为消毒剂的效果也可能会降低。
另一种流行的盐是红色的碘化汞，一种天然存在的矿物，通过添加等量的碘化钾形成碘化汞钾。“吉尔伯特的糖浆”（Gilbert′s Syrup）含有 0.05% 的碘化汞，可与碘化钾混合，用于治疗梅毒。直到 1949 年，含有高达 2% 碘化汞的软膏仍保存在法国药典中，用于治疗癣疾。并且氧化亚汞的稀溶液仍被用来洗眼治疗结膜炎，因为它们被认为比氯化汞溶液刺激性小。
在 19 世纪 80 年代，科学家们尝试用有机汞来降低汞的毒性，例如通过缓慢释放汞有机络合物中的汞离子。这是当时为数不多的药物设计方法之一，例如水合氯醛和氨基甲酸乙酯的引入，被设计用作“缓释型”氯仿和乙醇。
在洒尔佛散这种可注射的砷剂药物之后，竞争的企业也上市了一些可注射的有机汞剂。1917 年，拜耳公司推出了拿佛色罗（merbaphen，商品名Novasurol，含苯环、甲基的有机汞剂），同样用于治疗梅毒。
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