自2003年起，哈密市中心医院逐步与新疆医科大学建立紧密联系，先后挂牌实习医院、教学医院等。2008年签约成为新疆医科大学第一附属医院协作医院；2013—2015年在其多领域专家助力下通过三甲评审；2017 年正式挂牌新疆医科大学附属哈密市中心医院，开启合作新篇章；2020 年“省部共建中亚高发病成因与防治国家重点实验室哈密市工作站”落户助力科研；2021年与新疆医科大学第一附属医院签订医疗集团联合体合作协议，确立临床技术指导、人才培训等多方面深度合作。在新疆医科大学第一附属医院与哈密市中心医院合作共建深化进程中，有力推动了医院技术水平与服务能力的持续提升。
