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文摘   2024-07-01 09:55   江苏  

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一、分子模拟理论概述以及安装GROMACS

1、分子模拟微信群+160页GROMACS入门实验讲义-长期有效

2、蛋白质结构与动力学模拟的方法与工具概述

3、分子动力学模拟理论概述

4、分子动力学模拟的主要步骤

5、分子模拟基础-获取Gromacs软件

6、Ubuntu16编译安装Gromacs2020

7、Linux7.6编译安装Gromacs2018并行版

8、Gromacs在线示例教程

9、能在Windows上跑Gromacs模拟吗

10、Gromacs动力学模拟结果分析常见指标

11、Ubuntu下一条命令安装GROMACS软件

12、结构生物学和分子模拟相关专业书籍介绍

13、五种方式安装GROMACS分子模拟软件

14、使用bioconda一键安装gromacs


二、GROMACS分子模拟入门实验-全流程
GROMACS实验教程 (1)、运行环境准备
GROMACS实验教程 (2)、生成蛋白结构拓扑
GROMACS实验教程 (3)、检查和理解拓扑文件
GROMACS实验教程 (4)、定义容器并加水
GROMACS实验教程 (5)、为模拟体系添加离子
GROMACS实验教程 (6)、体系能量最小化
GROMACS实验教程(7-8)、nvt与npt平衡
GROMACS实验教程 (9)、进行正式动力学模拟
GROMACS实验教程(10)、模拟结果分析  
水中的溶菌酶GROMACS模拟入门简明步骤-v4


三、实验室生信服务器管理技能系列

1、生信IT基础技能1-批量操作Linux服务器
2、生信IT基础技能2-配置MySQL数据库服务
3、生信IT基础技能3-多台Linux共享公共数据
4、生信IT基础技能4-构建内网yum源服务器
5、生信IT基础技能5-把Docker用起来
6、生信IT基础技能6-搭建实验室或个人网站
7、生信IT基础技能7-搭建实验室的ftp服务器
8、搭建实验室gitlab代码库  

9、查看生信Linux服务器配置性能的实用命令


四、操作中补充的技巧和小问题参考

1、Ubuntu16下使用xmgrace图形界面说明
2、Linux小技巧-配置一个好用的命令行显示头

3、新版GROMACS2023对相关包的版本要求

4、获取linux环境--使用win10内置Linux
五、蛋白质结构相关理论和工具
1、蛋白质结构模型质量评估
2、DynDom蛋白质模型动态结构域
3、蛋白质结构域分析DynDom官方演示例子

六、其他参考资料
1、在阿里云上使用Gromacs进行分子动力学模拟
2、在阿里云上使用AutoDock Vina进行药物筛选
3、计算机辅助药物设计作用与展望

         

 


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