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这是入门实验的最后一节，之前的1-9参考：
GROMACS分子模拟基础实验教程(9)-进行正式动力学模拟
第10步-分子动力学模拟结果分析
-rw-rw-r-- 1 asp asp 10865 May 24 22:36 mdout.mdp-rw-rw-r-- 1 asp asp 1301288 May 24 22:36 md_0_1.tpr-rw-rw-r-- 1 asp asp 815052 May 24 23:53 md_0_1_prev.cpt-rw-rw-r-- 1 asp asp 815052 May 24 23:53 md_0_1.cpt-rw-rw-r-- 1 asp asp 12524284 May 24 23:53 md_0_1.xtc-rw-rw-r-- 1 asp asp 2337499 May 24 23:53 md_0_1.gro-rw-rw-r-- 1 asp asp 69912 May 24 23:53 md_0_1.edr
10.1、trjconv优化轨迹
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -centergmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu nsxmgrace rmsd.xvggmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu nsxmgrace rmsd.xvg rmsd_xtal.xvg10.3、gyrate计算回旋半径Rg
蛋白质的回旋半径Rg可衡量其紧密程度，如果蛋白质的折叠很稳定, 其回旋半径Rg将保持一个相对稳定的值。如果蛋白质去折叠, 那么它的Rg将随时间变化。
gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvgxmgrace gyrate.xvg
当然这些只是基础入门分析，对于蛋白质结构或模拟体系，我们还可以分析很多指标，如：通过PCA主成分分析主要的动力学特性、通过Dynamite做大尺度协同运动分析、DynDom动态结构域分析、分析溶剂可及性表面面积、氢键的数量、范德华接触数量、二级结构元件数量、RMSF等等……根据实际研究对象进行选择和分析。
更多实验前的基础准备，可以参考如下链接：
基础准备4-Ubuntu16版Linux下编译安装Gromacs2020
基础准备5-Linux7.6编译安装Gromacs2018版并行版
今天的分享就到这里了
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