scplotter | 这些超赞图形,它都可以绘制,赞!!

文摘   2024-11-04 11:56   江苏  
  • 前言

    • 一、「scplotter」-简单、高效的单细胞测序数据可视化绘制
    • 二、可视化学习圈子是干什么的?
    • 三、系统学习可视化
    • 四、猜你喜欢

前言

我们的数据可视化课程已经上线啦!!目前课程的主要方向是 科研、统计、地理相关的学术性图形绘制方法,后续也会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增,这点绝对良心!

我们第一个数据可视化交流圈子也已经上线了,主要以我的第一本书籍《科研论文配图绘制指南-基于Python》为基础进行拓展,提供「课堂式」教学视频,还有更多拓展内容,可视化技巧远超书籍本身,书籍修正和新增都会分享到圈子里面~~

参与课程或者圈子的你将获取到:学员答疑、可视化资源分享、可视化技巧补充、可视化业务代做(学员和甲方对接)、副业交流、提升认知等等。

「scplotter」-简单、高效的单细胞测序数据可视化绘制

最近,在给我们的R语言数据可视化课程新增内容时,发现了一个超赞可视化图表绘制工具-「scplotter」,它能够一键绘制出令人惊叹的出版级别的可视化作品,特别是单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的图形,下面就简单介绍一下吧~~

scplotter 能做什么?

scplotter 是 R 语言中一个用于单细胞测序数据可视化的工具,它能够帮助研究人员快速、有效地绘制单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的图形。

可通过如下方式进行安装:

remotes::install_github("pwwang/scplotter")
# or
devtools::install_github("pwwang/scplotter")

plotthis 可视化案例

由于这个工具包集成了多个绘图函数,一键式绘制图表样式,这里直接给出起绘制的可视化结果~~

  • 单细胞图形
CellDimPlot(pancreas_sub,
  group_by = "SubCellType", reduction = "UMAP",
  add_density = TRUE, density_filled = TRUE, density_filled_palette = "Blues",
  highlight = TRUE
)

其他单细胞图形样式:

  • 细胞统计图形系列
CellStatPlot(ifnb_sub, group_by = "stim", plot_type = "circos")

CellStatPlot(ifnb_sub, plot_type = "sankey", group_by = "stim", alpha = .6)

其他样式



  • 集群树图
data(ifnb_sub)
ClustreePlot(ifnb_sub, prefix = "RNA_snn_res.")

  • 其他可视化案例

scplotter 包还可以绘制多种其他统计图形案例,由于较多,这里直接给大家展示结果,如下:

更多关于scplotter工具包中的其他使用语法和绘图函数,感兴趣的同学可阅读:scplotter工具包官网[1]

更多好看的商业图表绘制案例,可以参与我们的商业图表绘制教程

可视化学习圈子是干什么的?

可视化学习圈子是书籍「科研论文配图绘制指南-基于Python」一书的学下圈子:主要通过以下几个方面,给大家带来比纸质书籍更丰富的学习内容:

  • 视频教学,和读者零距离互动交流
  • 及时修正勘误和定期新增绘制知识点
  • 拓展衍生,绘图知识点远超书籍本身
  • 直播视频+拓展资料+答疑,学习更高效

「PS」:我们直播教学内容为课堂式教学,原作者带着大家对书籍一章、一节、一页的进行教学。而且直播的视频都会通过剪辑后整理成课程,圈子中的同学可以免费、反复观看。当然,新增内容和定期答疑,直播也是如此。

  • 为何会有这个书籍学习社群?无门槛的微信群难免会鱼龙混杂,问题和质量都无法得到保证,而且一些关键问题经常被淹没,且没有沉淀价值。

  • 随着添加我微信的人日益增多,向我提问的人也越来越多,随便回答一下就太不负责任了;不回答也不是很好;如果都仔细回答,我也有自己的工作并且确实很忙,真的有点心有余而力不足!所以我才会建立这么一个渠道来沉淀我的可视化技巧和分享经验,以及给大家提供一个坚持学习的平台。

微信扫码下方二维码即可参与我们的书籍学习圈子啦:

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系统学习可视化

当然,在学习数据可视化的道路上,你也有很多问题得不到解答,也可以加入我们的可视化课程(可视化系列课程推文)后,在学员群里和大家一起谈论,一起进步,或者直接向我提问。如果我觉得你的问题很具有普适性,我会把它写成文章发布在公众号上,让更多人看到,有关我们数据可视化系列课程的服务内容,可以参考下面的 阅读原文

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参考资料
[1]

plotthis工具包官网: https://pwwang.github.io/scplotter/。

DataCharm
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