重点学科方面
医院深化学科内涵，培育一大批重点专（学）科。其中国家重点学科、国家临床重点专科14个，省重点实验室1个、省临床医学中心2个、省医学创新中心4个、省工程技术中心1个、省工程研究中心3个、省医学重点学科10个、省临床重点专科33个、省级质控中心12个、省专病诊疗中心8个。风湿免疫科、生殖医学科、运动医学与成人重建外科专科综合排名全国前十。
人才建设方面
医院高度重视人才工作，坚持引育结合，形成了一支在全国有影响力的领军人才和专家学者队伍，现有国家级人才111人、省级重点人才478人。其中中国科学院院士1人、柔性引进院士1人、海外院士4人、长江学者3人、国家杰青4人、万人计划领军人才2人、国家“千人计划”专家1人、国家百千万人才工程2人、国家优青4人、万人计划青年拔尖1人，国家有突出贡献中青年专家7人、享受国务院政府特殊津贴50人。担任中华医学会分会主委、候任主委和副主委、中国医师协会分会会长、候任会长、副会长11人，担任江苏省医学会分会主委、候任主委和副主委、江苏省医师协会分会会长、候任会长、副会长86人。
医疗服务方面
医院秉承疑难危急重症诊疗中心定位，不断拓展医疗新技术，干细胞临床研究走在全国前列，严重脊柱侧弯矫形、骨关节置换及修复国际领先，体外受精联合胚胎移植技术（IVF）、消化内镜诊疗技术、达芬奇手术机器人治疗、小切口治疗复杂心脏病和心脏大手术技术、肿瘤免疫治疗、间质性肺疾病治疗技术等国内外领先。四级手术占比超40%，病例组合指数（CMI值）最好成绩1.41。卒中中心、房颤中心、心衰中心、胸痛中心、创伤中心、孕产妇急危重症救治中心“六大专病中心”齐头并进。医院连续三年荣获国家卫健委全国“人民群众满意的医疗机构”称号。
科研创新方面
医院高水平建设南京鼓楼医院临床医学研究院、南京鼓楼医院转化医学研究院，搭建了江苏省肿瘤新技术医学中心、江苏省医学分子技术重点实验室、符合国际质控认证的多中心生物样本库、国内领先的临床GMP级干细胞中心和临床专科实验室、具有国际水准的I期临床试验研究中心，拥有40余所南京大学及南京市研究所和研究中心。近五年，获得纵向科研课题1368项，各类科研经费约14亿，获得国家科技部、国家基金委重大重点项目53项。连续三年国家自然科学基金立项数超过100项。近五年，全院获得各类科技成果121项，其中国家、省部级科技成果奖31项，获得国家技术发明二等奖1项、江苏省科学技术一等奖6项。近五年，发表大于10分的SCI论文440余篇，在最新的自然科学指数（Nature INDEX）中国医疗机构排行榜中，鼓楼医院位居全国医疗卫生机构第12位、江苏省医疗机构第一。在2023年度中国医学科学院科技量值（STEM）排行榜中排名第35位。
教学培训方面
医院是国家住院医师规范化培训基地、专科医师规范化培训基地、临床药师培训基地、全科医师规范化培训基地能力建设基地，教育部临床综合能力训练中心，江苏省全科医师规范化培训示范基地，并入选国家临床医学教学培训示范中心；建立国内首个以岗位胜任力为导向的住培模式，率先建成较完整的院校教育、毕业后教育、继续医学教育三阶段一体化医学教育培训体系；拥有6个一级学科博士点、19个二级学科博士点、11个一级学科硕士点、32个二级学科硕士点，在院研究生2000余名，住培专培学员近350名，每年接受全国进修医师近千名。
国际交流方面
医院积极开展多种形式的国际交流活动。与美国华盛顿大学、英国剑桥大学血管再生实验室、捷克科学院等研究机构，哈佛大学及贝斯以色列达克尼斯医疗中心、以色列舍巴医学中心、斯洛文尼亚马里博尔大学医学中心、捷克莫托尔大学医院等医疗机构签署友好交流协议及合作备忘录等，不断开拓对外交流合作资源。实现国际医疗机构互访常态化，与美国约翰斯·霍普金斯大学合作开展住院医师规范化培训师资研修项目，成立中-非神经外科医生培训基地等，承办哈佛医学院专家中国行巡讲等大型外事活动。
社会责任方面
医院始终坚持公立医院公益性，圆满完成汶川地震救治、H7N9禽流感防治等各项应急保障任务，被列为全省紧急医学救援基地。新冠肺炎疫情期间，鼓楼医院坚守城市疫情防控前线，派出1万多人次驰援上海、武汉、新疆以及省内外的兄弟城市，展现了应有的使命担当，时任国务院副总理孙春兰同志专门批示给予了高度肯定。医院每年有多位医护人员志愿到非洲等地开展帮扶合作，其中，第27期援桑给巴尔医疗队被国家卫健委授予“全国援外医疗工作先进集体”。此外，医院加快推进区域分级医疗体系构建，组建南京鼓楼医院集团，目前包括21家医疗单位；并与38家基层医疗单位和社区卫生服务中心建立了区域协同医疗合作模式，28个学科牵头组建了专科（病）联盟，成员单位738家，帮助受援医院全面提升综合水平。
运营管理方面
医院落实医改任务，加强精细化管理，异地就医联网结算、药品耗材管理、分级诊疗体系构建等走在全国前列。建立医疗、服务、管理“三位一体”的智慧医院系统，在省内首批通过信息互联互通标准化成熟度五级乙等以及电子病历系统应用水平六级评审。运营管理实现“两升两降”，医院总收入、医疗服务收入占比“双提升”，门诊、住院次均费用增幅“双降低”。
党的建设方面
医院以党的建设统领全局，成立中共南京鼓楼医院委员会党校暨国家卫生健康委党校培训基地、中共南京市委党校（南京市行政学院）现场教学基地，深入开展党史等专题学习教育，并坚持“支部建在连上”，实施党建、业务“双带头人培养”工程，实现党建工作与学科发展、医疗业务、对口帮扶、医德医风等工作深度融合。
医院先后荣获全国医院管理年先进单位、中国研究型医院建设示范单位、全国改善医疗服务示范医院、全国人民群众满意的医疗机构、全国援外医疗工作先进集体、全国医院后勤管理创新先进单位、中国最佳医院管理团队奖等百余项奖项和荣誉，三元联动安宁疗护工作模式荣获亚洲医院管理卓越奖。
