单细胞数据分析炙手可热，python在单细胞分析里占据的地位也越来越重要。
因为 很多工具是基于python原生态开发的，而且在Python编程环境下运行速度会是R编程语言的10倍以上。 比如转录因子分析，它作为单细胞的3大高级分析，大家应该是不再陌生，我们也多次介绍过：
单细胞转录因子分析之SCENIC流程 （R语言版本，代码运行超级慢）
因为在R里面跑这个，超级耗时，所以我们也介绍了Python版本： 使用pyscenic做转录因子分析 和 没想到自己会放弃conda（docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分析），大家可以按需取用。
据scRNA-tools网站统计，目前的单细胞数据分析的近一千八百个工具中，各种编程语言开发的工具所占比例是：
也就是说，仅仅是会R编程语言有时候会部分高级分析望洋兴叹，而且大量的高分文献在公布他们的代码在github的时候我们也可以很明显的看到必须是R和Python两手抓了，比如2024的NC文章：《Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer》的代码就是：
所以我们开了python单细胞系统学习的课程啦！
正式课程和内测课程的区别
2024年的12月，我们已经面向老学员和老粉丝们开放了内测课程，目前课程已近尾声。内测期间：
我们已完善和改进了课程内容，课表比原来的设计有所更新，细节进行了很多优化。
准备好了详实、友好的学习资料、示例数据和代码、练习和文档等。
配置好的python版本、包库版本+完整代码的jupyter notebook资料，是满满的诚意，真心要教会你！
收集了常见问题文档，学习不可能不遇到问题，我们要学会面对问题并解决问题呀。
团队成员们以文字、图片、语音、拉小群沟通和远程控制等多种方法为大家解决疑难问题，参与内测的同学们也积极沟通和讨论，互帮互助。团队积累了更多解决问题的经验，可以更好地为大家保驾护航！
随便截了几张图，只是我们幕后工作的冰山一角：
(注:截图中有提到服务器，并不是必须的)
经多方调研和团队协调，我们把开课时间定在正月十一，如果你想要提前学习，我们可以为你开放内测课程的回放，相当于你可以拿到两个版本的课程，内测课程的回放+正式课的直播和回放。诚意满满，早报名早学习！
已报名内测课程的老同志们，组织也不会忘了你，如果内测期间因各种原因错过了直播，或者感觉没有学透彻，你可以申请继续参加本次课程，不加钱的，但你要向招生老师反馈原因，并保证这次有充足的时间学习，跟上进度哦。
📅 课程时间
2月8日(正月十一)开始，钉钉线上互动直播课，共10次课。
2月8日(周六)和2月9日(周日)，前2节课程的上课时间是上午9：30~12:00
后面的8节课上课时间是晚上8:00-10:30
🎯 课程目标
熟练使用Python。
掌握单细胞数据分析的全套流程，可以独立分析自己的数据。
具备进阶分析和自定义需求的探索自学能力，和解决问题的能力。
💪基于Python分析单细胞数据的优势
多平台兼容：在win、mac和linux系统上均可使用
计算效率高：比起R语言更省计算资源，自己的电脑可以处理更大的数据，计算速度快，效率高。
可以和R语言结合使用：jupyter notebook里面可以嵌入R语言的脚本，如果你熟练使用R语言，分析结果可以转换为R语言可读取的格式，用R语言的ggplot2画图；也支持读取R语言的Seurat的结果进行后续分析。
gpt很会python：gpt降低了我们的学习成本，写Python的代码正确率高。
可扩展性更强：很多单细胞数据分析的新工具是基于python开发的，还可以衔接Python强大的机器学习和深度学习工具，进阶分析有无限可能！
📚 课程大纲
第1课：Python环境搭建与基础
软件安装（Windows、Linux、Mac）
文件目录管理
Conda环境管理
镜像设置
包/库安装方式
Jupyter Lab安装和使用
第2课：Python编程基础
python语法规则
函数、方法、属性
包、库、模块
变量赋值与数据类型
列表的生成和取子集
字典的生成和取子集
第3课：Python数据处理
列表排序、统计和去重
矩阵的新建和取子集
数据框的新建、取子集和属性探索
推导式
条件语句和循环语句
第4课：数据可视化
seaborn和Matplotlib绘图
plotnine绘图
自定义颜色+配色包
图片设置
拼图和图片保存
第5课：Python进阶
缺失值处理
Apply隐式循环
Groupby完成分组计算
Python综合应用
第6课：单细胞数据分析基础
环境搭建和包库安装
背景知识介绍
Anndata对象构建和认知
质量控制和基因、细胞过滤
降维(PCA、t-SNE和UMAP)
聚类、分群
第7课：单细胞数据注释与可视化
Marker基因的多种可视化方法
基于marker基因的手动注释
任意分组的差异分析及其可视化
提取细胞亚群进行二次分群
第8课：多样本整合和注释
多样本数据读取
用Harmony完成多样本整合
自动注释工具singler
自动注释工具Celltypist
不同格式的原始数据读取与格式转换
第9课：富集分析和拟时序
基因集合的获取
基于基因集给细胞打分
富集分析：ORA和GSEA
拟时序分析工具PAGA和dpt
拟时序分析工具palantir
第10课：高级分析和综合应用
RNA velocity
pySCENIC转录因子分析
数据分析复现
文献应用举例
与R语言的衔接
课程总结
我们的课程已基本涵盖了单细胞转录组分析的方方面面,并且包含了完成这些分析所需要的理论基础和编程基础，并协助解决问题和教你学会解决问题，绝对的管杀管埋，诚意满满！
图片出自:Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview
📢 后续学习和答疑
课程提供录播回放，有效期一年，错过直播也不怕
提供示例数据和代码、课件、练习题，方便复习和实践
生信技能树教学团队自营，可开发票
课程结束后半年内微信群会继续提供课程答疑（答疑结束后学员群也不会解散，继续给大家分享学习资料），还有每月一次的讲师直播答疑哦，不限参与次数和时间，我们偶尔有2020年的学生都还可以参与直播答疑呢，大多数人出师了已经不需要答疑啦！
我们的幕后团队正在持续输出详尽的文字版资料，介绍前沿进展和高级分析，届时大家已经具备了自学能力，打开知识的大门，一切尽收眼底！
📷部分图表
具体的图表数量再多也是有限的，我们更注重的是帮助你搞定基础、方法和规律，授人以渔~
🎓适合人群
生物学、医学、生物信息学背景的学生、医生和科研人员
有单细胞分析需求的公司职员
新手适用，不要求有编程基础，但要求有积极性哈哈
👨🏫 教学团队
生信技能树直播课原班人马：小洁老师、大萌老师及助教老师，拥有丰富的教学经验和海量的资料库、智囊团！
📱 学费和报名方式
学费1599元，已包含10节课程的直播和回放、课后答疑、学习资料等所有费用。
加微信咨询，付款完成后，即可加入微信群和钉钉群，开始做准备工作，拿到内测回放，开启你的python和单细胞数据分析之旅！
🚀 选择生信技能树不仅仅是学到分析方法，参加培训相当于进入生信技能树小圈子，解锁更多学习资料以及学习方法！
