免费资源:
一、国自然类:
5 标书写作模板
2 2018-24年国自然清单
4 基金插图素材(可编辑)
5 泛癌分析万能代码
7 130套SCI实验视频
9 单细胞数据挖掘课
11 统计分析万能模板
2 100个SCI实验Protocol
10 SCI写作万能模板
9 资源共享群
10 相亲交友微信群
1、滑动查看qPCR引物设计步骤:
2、qPCR的+2^-△△Ct计算万能模板:
在临床上,比如我们收集了3个患者和3个正常人的样本(两组独立样本),然后做Wnt4基因和内参基因GAPDH的qRT-PCR定量,得到CT值。
接着我们要比较这个WNT4基因在哪个组里面表达高,哪个低。也就是目的基因减去内参基因,计算它们的2^-△△Ct,并且分析出有没有统计学意义。
那应该怎么做呢?今天我们给大家整理了无脑操作的:
“qPCR计算万能模板+GraphPad软件”
如下免费获取:
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第一步、计算2^-△△Ct:先打开第一份模板,输入CT值(CT值是你自己机器上测得的哦,CT或者CP),自动得到2^-△△Ct,如下:
(a)Ct:表示的是循环阈值,基因和管家基因(内参,一般是β-Actin或者GAPDH或者α-tubulin等,具体内参根据组织或者细胞而定)有其对应的Ct值;
(b)△Ct:表示的基因Ct值减去管家基因Ct值(即:△Ct =Gene△Ct- Housekeeping gene Ct);
(c)△Ct平均值(对照组):一般选择对照组的△Ct的均值;△△Ct:基因的△Ct值减去参考Ct(即:△△Ct =△Ct- 对照组△Ct平均值);
(d)2^-△△Ct:即取底数为2,指数为-△△Ct即为(2^-△△Ct),在excel中输入方法(英文状态):“=power(2, -△△Ct)”;
第二步、差异分析并做图:(统计方法的选择,不懂的同学可以收藏这张流程图),从上面我们知道是两独立样本t检验分析。所以,这里我们先安装graphPad软件:
一键安装,什么都不用管,就是永久免费使用的。安装好后有英文和中文两个版本:
随便你用。那安装好软件后我们就打开,然后输入数据:
输入数据后,我们选择非配对两独立样本t检验:
然后我们就知道有四颗星:
然后我们回到图形页面,选择个体图:
并且一键配色:
并且一键添加统计学P值:
这个时候我们的图就可以复制然后粘贴到PPT中用来汇报了,一家人整整齐齐:
然后老板想看你原始数据的时候,双击即可跳转出graphpad原始数据页面:
如果这个数据可以,那我们投SCI的时候,我们就可以在graphpad页面导出emf矢量图:
再把emf拖动到ai组图中:
就可以编辑任何一个元素,组装成SCI投稿需要的图啦:
好了,这一套资源都给大家整理好了,免费获取:
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此外,看下面这篇NC的论文,整合GWAS和eQTL数据,从SNP水平出发分析哪些基因的表达变化会导致某些疾病的发生就是一篇NC:
非常简单。因为还很热,所以很好发。所以小编今天教大家一键完成这个孟德尔分析,得到:49个组织中任意基因的表达水平与任意疾病的因果关系,发一篇Nature。
小鼠实验都不用做了,直接就知道该组织中该基因增加是否会导致疾病的发生。下面看操作:
一、snp提取:
先去(49个组织的eqtl数据,该数据来源于GTEX数据库,我们已经给大家处理好了,能直接读取和提取数据)下载自己想要的组织的eqtl数据,随后将我们给大家的代码和该文件放在同一个文件夹下,如下:
打开代码后,一键运行(修改你的工作路径和读取文件名就行),运行完代码后就可以得到每个基因的eqtl数据,一个all_genen文件,和每一个基因会有一个文件夹(正常情况下,血液中会提取到1万多个基因有snp,也就是会有1万多个文件夹,我这里仅仅显示3个基因3个文件夹给大家看看),如下:
二、提取影响基因表达量的snp:
那我们提取了基因的snp之后,我们要知道哪些snp会影响该基因的表达量。如下(需要你修改工作路径哦):
这里使用连锁不平衡参数(R平方>0.2和遗传距离为100kb,有些SCI是用0.1,有些是0.2,所以我这里选用的0.2)筛选影响每个基因表达水平的SNP。一键运行后,你就会得到snp影响基因表达量的基因文件,如下示例A3GALT2_expo_rt.txt文件就是说明A3GALT2基因的SNP是可以影响A3GALT2表达量水平的(这只是示例,实际上基因snp能影响该基因表达量的应该有大几千个,运行时间大约为24小时,普通电脑也可以运行的):
这些_expo_rt.txt结尾的基因文件就是我们后面用来做孟德尔随机化分析的文件(我这里仅用A3GALT2_expo_rt.txt作为示例演示)。
二、孟德尔随机化分析:
接下来,我们要看影响了A3GALT2表达量的SNP能不能导致我们疾病的发生。对于疾病文件的选择,你可以从芬兰数据库中选取任意疾病做后续的分析(芬兰数据库R10的数据我们都给大家整理好了,一共2408种疾病,点击即可下载)。
我们从R10下载自己任意想要的疾病数据即可,比如我要下载上图里面的数据,复制链接到网页就自动下载了:
我这里以我们前面得到的A3GALT2_expo_rt.txt的SNP对心源性哮喘finngen_R10_ALLERG_ASTHMA.gz为例(我这里仅以这个基因为例,真实上你会得到几千个基因的文件夹,该代码是循环的,一键批量运行的):
一键运行代码,你就可以该血液中基因表达量增加是否会导致过敏性哮喘的发生:
就搞定了,对于结果的解读,非常简单,如果你不懂。小编给你准备了这份中文文献:
一模一样的操作,他们只是做了lncRNA与肺腺癌的因果关系。有了我们这份代码和工具你可以做任何组织中任何基因与任何疾病的因果关系,你也可以照着模仿写作,结果出的好就是一篇5-10分的SCI。结果不好就跟上面一样发篇中文的。
好了,总结一下,你只要有了我们给大家分享的代码和工具就能天下无敌。你如果能一次性分析完(GTEX数据库中有49个组织,芬兰数据库R10中有2408个疾病,49乘以2408。一个组织一个疾病跑一次代码,你如果想一次性做出来,你需要跑117992次代码),我觉得发篇Nature都是可以的。
一键eqtl孟德尔随机化分析代码和工具免费分享给大家:
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顶级CNS插图如下:
但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。
所以,今天小编给大家免费赠送:
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生物医学之家CNS插图素材部分截图如下:
这些素材都是用Adobe illustrator绘制的,打开后可以继续编辑修改,这些素材原价是9999元的,现在免费给大家送永久账户。如下免费获取永久VIP账户:
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一、比如我需要用到小鼠插图来描述自己的小鼠动物实验模型,那就直接搜索鼠,有几百张小鼠插图就出现了:
有了VIP账号之后就可以随意下载。下载下来是AI绘制的可编辑图:
可以随意修改颜色:
也可以随意修改大小:
Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:
随后画一条线,示意要D369打药:
随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。
最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。
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还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:
然后修改任何一个你想要修改的元素,比如修改液体的颜色:
也可以将注射器放在背上,模拟皮下注射:
还可以将小鼠变为黑色:
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二、比如我需要绘制细胞机制图。那就搜索细胞:
有了这些素材,分分钟就可以绘制如下这种高分插图:
三、各种Nature插图原图:
下载下来之后每个细微的元素都可以修改:
我们一共上传1万张Nature插图。大家赶紧获取永久VIP账户吧,投稿绘图的时候用得着:
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