南方医院呼吸与危重症医学科创建于1978年，是广东地区最早建科的呼吸科之一，科室最早在全国开展气管镜和慢性支气管炎、肺气肿研究， 如今已发展成为集医疗、科研、教学于一体的综合性区域呼吸医疗中心。科室是国家呼吸临床研究中心核心单位、硕士博士培养点、博士后工作站、国家首批呼吸与危重症医学科专培基地、国家内科住院医师规范化培训基地。
2012年呼吸与危重症医学科被评为广东省首批临床重点专科；2019年获评为广东省首批高水平临床重点专科；2018年获首批PCCM专培基地建设三级医院优秀单位，是国家首批专科医师规范化培训、专科医师规范化进修及3个单项规范化进修基地（介入呼吸病学、肺功能、呼吸康复）；2024年获评国家临床重点专科。
呼吸与危重症医学科有南方医院本部、增城分院、白云分院三个院区，由三个普通病区、RICU病房、惠侨病区、呼吸机治疗中心、呼吸内镜中心、肺功能检查室、慢性气道疾病研究室及睡眠呼吸疾病诊疗室共10个工作单元组成，每年收治患者8000人次，门急诊量逾18万人次。
科室先后参与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期临床研究60余项，相关研究成果在JCO、JAMA、Lancet Respiratory Medicine等顶级期刊发表；主持10余项ITT临床研究；近5年获国家级课题18项，发表SCI论著100余篇；先后获广东省科技进步二等奖2项、三等奖2项，获全军医疗成果奖二等奖1项、三等奖4项，获全军科技进步三等奖3项；主编6部教材，副主编3部教材，参与编写25部教材；以第一发明人身份累计获15项国家级发明专利，获国家级奖项18项、省级16项、市级7项。
截止目前，南方医院共有21个国家临床重点专科（含中医），分别是：消化内科、肾病科、血液内科、普通外科、神经外科、骨科、整形外科、妇科、产科、肿瘤科、病理科、检验科、感染性疾病科、口腔科（牙体牙髓）、神经内科、麻醉科、心血管内科、推拿科、风湿病科、脑病科、呼吸与危重症医学科。
