近年来流行的“酵素”是个日语词汇，在规范的中文里，它有个正式的名字——酶。目前发现的酶除极少数是核酸以外，绝大多数属于蛋白质（由氨基酸构成的大分子化合物）。酶是大多数生命活动中不可缺少的催化剂，各种酶的缺乏往往都会带来健康问题。
然而，自制“酵素”的质量不可控正是它的风险所在：
一方面，酵母菌在发酵过程中氧化分解，产生酒精，即醇类，所以在家庭自制“酵素”过程中，如果酒密封不好，就会产生乙醇、乙醛和甲醛，对人的健康危害很大；
其次，自制水果“酵素”会产生霉菌。自制“酵素”密封瓶里往往存在一类碳水化合物，会产生霉菌，霉菌中的展青霉素，是一种神经毒素，会对人体造成危害；
第三，家庭自制“酵素”密封瓶里的水果以糖类为主，而且氧气不充分，里面的糖分就会自我发酵产生大量的乳酸。如果肺功能不好或是酒后吃的话就会排不出去，会感到全身酸软、精神萎靡等。
另外有不少网友在家里自制“酵素”时还发生了容器爆炸的事件。轻则厨房一片狼藉，重则被爆炸气体或容器所伤。
目前并没有足够的科学依据证实“酵素”对于美容、降低三高，或者提高免疫力有直接帮助。甚至由于在自制过程中有大量糖的加入，使得发酵产物存在较高的热量，无益于减肥。
至于有些人拿所谓环保“酵素”当作清洁剂使用，是有一定的科学道理的。“酵素”中具有活性的蛋白酶、脂肪酶是可以帮我们分解衣物或餐具上残留的血渍、汗渍、油渍。但如果对发酵液中的微生物管控不当，包括致病菌在内的有害微生物则更容易滋生。
