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你可以完成qPCR引物设计+Blast+2^-△△Ct计算+GraphPad柱形图绘制,绘制符合SCI组合图要求的高清美图:
一、qPCR引物设计+引物特异性检验
您是不是也在qPCR引物设计中不知所措:
如何使引物特异性最佳?
遇到多个转录本应该怎样设计引物?
有什么简单方法能一学就会?
在设计qPCR引物时,通常要留意以下几点:GC含量50%-60%、Tm值50℃-65℃且上下游引物尽量接近、引物末端最好是G或C、引物尽量在目的基因的3’ 端、引物尽量跨越内含子、目的基因是否有不同的剪切变体……
这么多要注意的怎么办?!今天小编带大家一起设计qPCR引物,让qPCR引物设计成为你的绝杀技能。下面,我们以人的EGFR(Epidermal growth factor receptor,表皮生长受体因子)基因为例,设计一对可以同时扩增其不同剪切变体的qPCR引物!
首先,通过NCBI查询Homo EGFR的基因结构,这里要注意对比基因名称、种属,确保都要一致。
我们的目的是将不同的转录本都扩增出来,所以需要找到这些转录本的同源序列。可以看到,这个基因有多个不同的转录本,第一个转录本的第8、9个外显子区域是所有转录本的同源序列(红框内的绿色小竖线)。只需要将引物设在第8、9个外显子之间就可以了。
在该页面里继续往下拉,就能找到mRNA序列号,点击即可进入GenBank了。借助Highlight Sequence Features,我们可以快速确定外显子的位置。
点击Highlight Sequence Features后,浏览器的下方就会出现选项,选择查看exon,这样就能快速定位外显子的位置啦。我们确定了第8、9个外显子的位置是1151-1394 bp。
确定位置后,点击Pick Primers,就能直接进入Primer-Blast的页面进行引物设计了。
我们已经查到第8、9个外显子的位置是1151-1394 bp,那在这个区间设计引物,才能保证把所有的转录本都扩增出来。另外需要注意,qPCR的产物大小一般不超过300 bp,并且退火温度设置在57℃-63℃的范围内最佳,跨内含子的设计有助于辨别基因组DNA的污染……设置好这些参数后,我们就可以点击Get Primers啦。
这时,NCBI就会弹出来告诉你,这样的参数选择会扩增到其他剪切变体,我们勾选不同的剪切变体并提交,就可以获得合适的引物对了!
这些引物对的退火温度,都在60℃左右。根据实验目的,选择长度适中、特异性好和引物自身互补较少的引物进行实验,成功率还是相当高的呢!
其实,Primer-Blast除了可以设计引物外,还可以对我们自己设计的引物进行评价。返回引物设计的页面,输入我们设计好的上下游引物,其它参数可以不调整,提交后就可以看到这对引物是否在其它基因上也存在啦,如果全部都显示在我们想要扩增的基因中,说明这对引物的特异性棒棒哒!
相当简单有木有啊~是不是感觉自己已经告别科研小白的身份,瞬间掌握了qPCR引物设计的绝招啦。
二、qPCR的2^-△△Ct计算+作图:
在临床上,比如我们收集了3个患者和3个正常人的样本(两组独立样本),然后做Wnt4基因和内参基因GAPDH的qRT-PCR定量,得到CT值。
接着我们要比较这个WNT4基因在哪个组里面表达高,哪个低。也就是目的基因减去内参基因,计算它们的2^-△△Ct,并且分析出有没有统计学意义。
第一步、计算2^-△△Ct:先打开第一份模板,输入CT值(CT值是你自己机器上测得的哦,CT或者CP),自动得到2^-△△Ct。这个模板可以让你对照组2^-△△Ct变为1,所以你就知道实验组增加/减少了多少倍,如下:
(a)Ct:表示的是循环阈值,基因和管家基因(内参,一般是β-Actin或者GAPDH或者α-tubulin等,具体内参根据组织或者细胞而定)有其对应的Ct值;
(b)△Ct:表示的基因Ct值减去管家基因Ct值(即:△Ct =Gene△Ct- Housekeeping gene Ct);
(c)△Ct平均值(对照组):一般选择对照组的△Ct的均值;△△Ct:基因的△Ct值减去参考Ct(即:△△Ct =△Ct- 对照组△Ct平均值);
(d)2^-△△Ct:即取底数为2,指数为-△△Ct即为(2^-△△Ct),在excel中输入方法(英文状态):“=power(2, -△△Ct)”;
第二步、差异分析并做图:(统计方法的选择,不懂的同学可以收藏这张流程图),从上面我们知道是两独立样本t检验分析。所以,这里我们先安装graphPad软件:
一键安装,什么都不用管,就是永久免费使用的。安装好后有英文和中文两个版本:
随便你用。那安装好软件后我们就打开,然后输入数据:
输入数据后,我们选择非配对两独立样本t检验:
然后我们就知道有四颗星:
然后我们回到图形页面,选择个体图:
并且一键配色:
并且一键添加统计学P值:
如果你觉得1看不到,你可以调整纵坐标将其分段:
这个时候我们的图就可以复制然后粘贴到PPT中用来汇报了,一家人整整齐齐:
然后老板想看你原始数据的时候,双击即可跳转出graphpad原始数据页面:
如果这个数据可以,那我们投SCI的时候,我们就可以在graphpad页面导出emf矢量图:
再把emf拖动到ai组图中:
就可以编辑任何一个元素,组装成SCI投稿需要的图啦:
好了,这一套资源都给大家整理好了,免费获取:
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但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。
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可以随意修改颜色:
也可以随意修改大小:
Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:
随后画一条线,示意要D369打药:
随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。
最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。
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还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:
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