手把手教你将Western blot 蛋白条带拉直、定量?用于SCI投稿:

文摘   2024-10-28 21:36   以色列  

免费资源:

一、国自然类:


1 2023历年国自然标书全文

3 国自然项目答辩PPT

5 标书写作模板

7 GraphPad 9安装包

2 2018-24年国自然清单

4 基金插图素材(可编辑)

6 近10年国自然标书全文

二、SCI生信+实验类:

1 160套SCI实验操作视频

3 Meta分析范文+教程

5 泛癌分析万能代码

7 130套SCI实验视频

9 单细胞数据挖掘课

11 统计分析万能模板

2 100个SCI实验Protocol

4 miRNA预测靶基因代码

6 动物实验操作视频汇总

GEO/TCGA数据挖掘课

10 SCI写作万能模板

三、科研绘图类:

PPT科研绘图素材合集

3 Adobe illustrator绘图素材

5 动物实验矢量图素材

7 PS修各种SCI实验图视频

资源共享群

PPT科研绘图插件VIP版

4 各种实验仪器矢量图素材

6 细胞实验矢量图素材

AI科研绘图视频课

10 亲交友微信群

一、今日推送:

做过Western blot的同学就知道下图的流程,看完此文,你将学会整个WB图片处理(拉直、定量)、做如下A、B两个图,用于SCI投稿:



首先,我们做WB实验,随后将膜放到机器上用Image Lab软件进行曝光,将不同曝光时间产生的SCN图片文件保存到电脑上。


但是我们经常会把这些不同曝光时间的SCN图片文件copy到自己的电脑上,然后再选择一张美观一点的SCN图片文件转换为图片,用于投稿


所以,上述整个流程做出A和B图,我们自己的电脑一共需要3款WB必备软件】。


第一,我们自己的电脑需要安装一个“Image Lab软件”。才能将美观的SCN图片文件转换为Tiff图片,用于作图。


第二,我们自己电脑还需要安装一个WB条带定量拉直软件,这个软件是科研必备软件,它可以对条带进行定量和拉直:



第三,我们需要一个WB量化之后做柱形图的GraphPad软件



所以说,做好WB,我们一定需要这三款软件。3款WB神器免费分享给大家(原价1899元):


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那怎么用这3款软件完成WB作图呢?小编来教大家:


一、WB曝光时SCN图片文件转换为Tiff图片:


如下方式直接用Image Lab(此次资源里面包括了Win和Mac的安装包)打开一张背景低、条带平的SCN图片文件,并保存(左上角按钮)为tiff图片,这样就ok了。



二、WB蛋白条带定量、拉直


1、WB条带定量。接上,Image Lab导出图片之后,四个泳道,我感觉内参不平(所以我需要量化它,并调整内参):



那我们将这张图片拖到WB条带定量拉直软件(此次资源包里面包括了Win+Mac的安装包)中,打开这张图:



a. 把图片转化成灰度图片:Image>Type 选16-bit:



b. 消除背景影响:Process>Subtract Background. 选择50基本可以。



c. 框中条带:如下选择你需要定量的条带:



d. 选择条带,如下操作后点击YES:



e. 可视化条带:



后跳出可视化页面:



f.框出想要量化的孔:如下操作,按住电脑的shift键,然后用鼠标划线:



g.定量:选择量化棒,用鼠标点击每一个框:



随后会跳出量化的结果:



导出为Excel即可。同时,这个值除以原始上样量就是浓度了,随后我们再用一个统一的值除以浓度,就是调整后的每一个孔道的上样量了:



此外,定量之后,我们还可以用量化图做目的蛋白的柱形图,如下计算好目的蛋白的值和内参的值,目的蛋白除以内参就是量化值:



我们可以看到实验组的WNT4蛋白量明显高于对照组。


2.拉直。


还是一样,我们用WB定量拉直软件打开弯曲的WB图片:



随后沿着弯曲的线划线:



再用鼠标双击Segmented line选项,设置线段的宽度至包含所有条带:



点击菜单栏Edit-Selection-Straighten,倾斜的WB条带立刻被拉直,并保存为新的图片:



三、WB量化柱形图:


给大家分享的Graphpad安装包是Win版的,自带激活的,是我们机构批量授权的,永久免费使用的。那我们接着上述做图,我们打开Graphpad,如下:



将我们的值复制进去:



如下点击出图:



再双击修改颜色就行:



最后如下点击非配对T检验进行差异分析



结果是四颗星:



再把scale bar加上:



最后导出投稿就行:



好了以上就是做WB的3款必备软件,科研必备!


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二、资源免费送:

那现在孟德尔发文速度最快,也最简单,因为很热门。拿一篇简单的孟德尔随机化论文给大家看看,如下。分析肺组织中各种lncRNA表达量与肺癌的因果关系的研究,就是一篇中华牌论文:



非常简单,5分钟可以搞定。最终说明了肺组织中3个lncRNA的表达水平与肺疾病有着因果关系



有了这个思路,你还做什么基因敲降、过表达对疾病的影响?直接孟德尔分析不就行了吗?值得注意的是,我们加大难度,发高级SCI,按照这个套路可以分析:任意组织任意基因的表达水平任意疾病的因果关系。分分钟就是一篇Nature。


所以,今天我们要给大家免费分享一套资源【基因表达水平与疾病的因果关系孟德尔随机化分析发SCI实操课,非常简单,代码也是万能的,你一键就可以得到:49个组织中任意基因的表达水平与任意疾病的因果逻辑关系。有了这个结果,分分钟就是一篇Nature。资源如下:


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课件,有代码,有实操,有参数讲解,非常适合想极速发表SCI的同学。资源中包括了所有组织的原始数据(小编都已经给大家下载好了,不用因为网速不好做不了孟德尔啦),课程是基于本地数据进行孟德尔随机化分析的。


实操视频如下:



所有的孟德尔随机化本地分析需要的原始数据如下(部分截图):



代码也是齐全的(部分截图):


总而言之,有了这个课程和代码和原始数据,你一键就可以得到:49个组织中任意基因的表达水平与任意疾病的因果逻辑关系。有了这个结果,分分钟就是一篇Nature。


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更多免费资源:

三、科研绘图类:

1 GraphPad绘图模板

50套R绘图万能代码

直装版PS+AI安装包

医学统计分析R版

9 单样本RNAseq分析

11 SnapGene序列比对

13 Endnnote安装包

15 R语言绘图模板

17 中文版RNAseq教程

19 Image J图片处理视频

21 更多资源在更新中.....

2 600套PPT模板

4Origin绘图模板

SPSS统计分析模板

8 铜铁死亡分析代码

10 m6A甲基化分析代码

12 qPCR计算模板

14 英文简历模板

16 R各种统计分析模板

18 46套生信分析代码

20 Sigma plot绘图软件和视频

四、生信和写作类:

1 ChIPqPCR引物设计

3 过表达引物设计

零代码复现6分SCI教程

零代码复现4分SCI教程

WGCNA分析课程

11 GO分析傻瓜式教程

13 GSEA分析傻瓜式教程

15 渐变火山图傻瓜式教程图

17 GEO+TCGA数据挖掘课

19 41GB的生信分析+实验资源

2 shRNA设计

4 Crispr-csa9素材

零代码复现5分SCI教程

8分SCI零代码复现步骤

10 超全生信数据库使用教程

12 KEGG富集分析教程

14 Meta分析范文+实操课

16 交集基因筛选高级教程

18 生信软件合集

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