前些时间，我在 BioAnno 上遇到一位分享了许多插件的小伙伴。后来发现他主要是用 Java 在做开发，很有意思。一般我用 Java 开发 TBtools 插件我就直接上脚本源码。而这位小伙伴另辟蹊径，搞定了 exe 编译和分析。这个技能和方法很不错，值得学习。为此，我邀请他写了一个教程，希望对感兴趣的朋友也有帮助。
CJ-陈程杰
前期准备
l安装java8-11：https://blog.csdn.net/JunLeon/article/details/122623465
l安装java编辑器IntelliJ IDEA：https://www.jetbrains.com/zh-cn/idea/download/other.html
l安装exe4j：https://blog.csdn.net/MoMozzzzz/article/details/124500607
lJava入门：个人比较推荐《JAVA开发实战经典》
主要流程
1.IntelliJ IDEA新建java项目，编写脚本，测试
2.导入第三方库（可选）
3.将java项目打包为jar文件
4.使用exe4j将jar文件打包为exe文件
5.使用TBtools的plugin creator将exe文件制作为插件
Java安装
一般安装java8-java11之间的版本即可，不要安装过高的版本，否则很可能会出现不兼容的问题导致报错，因为高版本的JDK往往对脚本编写方式进行了优化，本意是方便写代码，但这些新的代码编写方式往往无法被之前的版本识别
Java编辑器IntelliJ IDEA
写java脚本推荐使用社区免费版的IntelliJ IDEA，个人感觉非常好用。里面有许多实用的快捷键，并能自动进行脚本检查，发现许多不易察觉的错误并自动给出多种解决方案，大大提高了写代码的效率，还可以很方便的将第三方库导入到自己的项目，并一起打包成.jar文件。感觉就像用pycharm写python脚本一样顺手，但缺点是占用电脑内存比较高。
安装exe4j
按流程安装即可，需要手动激活一下，网上一搜就可以发现许多公用的密钥
https://blog.csdn.net/MoMozzzzz/article/details/124500607
开始操作
1.新建java项目，编写脚本：
编写一个简单的得到反向互补序列的脚本：
个人比较喜欢用kimi辅助编程（https://kimi.moonshot.cn/）
import java.io.*;public class DNAReverseComplementFASTA {public static void main(String[] args) {String inputFilePath =args[0]; // 输入FASTA文件路径String outputFilePath = args[1]; // 输出FASTA文件路径try {// 读取FASTA文件并获取反向互补序列String reverseComplementFASTA = getReverseComplementFASTA(inputFilePath);// 将反向互补序列写入新的FASTA文件writeFile(outputFilePath, reverseComplementFASTA);System.out.println("Reverse complement FASTA has been written to " + outputFilePath);} catch (IOException e) {e.printStackTrace();}}public static String getReverseComplementFASTA(String filePath) throws IOException {StringBuilder reverseComplementBuilder = new StringBuilder();try (BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(filePath))) {String line;while ((line = br.readLine()) != null) {if (line.startsWith(">")) {// 如果是描述头，则直接添加到结果中reverseComplementBuilder.append(line).append("\n");} else {// 如果是序列，则计算反向互补序列String reverseComplement = getReverseComplement(line);reverseComplementBuilder.append(reverseComplement).append("\n");}}}return reverseComplementBuilder.toString();}public static String getReverseComplement(String dna) {StringBuilder reverseComplement = new StringBuilder(dna.length());for (int i = dna.length() - 1; i >= 0; i--) {char base = dna.charAt(i);switch (base) {case 'A':reverseComplement.append('T');break;case 'T':reverseComplement.append('A');break;case 'C':reverseComplement.append('G');break;case 'G':reverseComplement.append('C');break;default:throw new IllegalArgumentException("Invalid DNA base: " + base);}}return reverseComplement.toString();}public static void writeFile(String filePath, String content) throws IOException {try (BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(filePath))) {bw.write(content);}}}
红框中的args[0],args[1]这些就是脚本需要接收的命令行参数，这个在最后制作TBtools插件时会用到。
导入第三方库（可选）
先将下载的第三方库（一般是.jar结尾的文件）复制到自己的项目下，在IntelliJ IDEA中右键这个文件，选择最下方的 添加为库 就好了，这里以java中的统计学包apache commons math3为例进行演示：
将项目打包为jar文件
脚本写好之后，需要将java项目打包为jar文件，可以参考下面这个链接：
https://blog.csdn.net/weixin_45118229/article/details/134492142
构建好之后会在这个目录看到一个jar文件：
个人比较喜欢直接在IntelliJ IDEA里面将java项目打包为jar文件，后期熟练了之后只需要鼠标点点点就好了，方便快捷而且不会报错。
得到jar文件之后，一般我会自己在控制台测试一下（win+R；cmd），确认没有问题之后再将jar文件转为exe可执行文件
使用exe4j将jar文件打包为exe文件
可以参考下面这个链接：
https://blog.csdn.net/MoMozzzzz/article/details/124500607
但有两个地方要改一下。由于制作的是命令行参数的程序，而不是GUI程序，因此在第4步要选择下图中的console application：
并在第6步设置最低版本为1.8.0：
顺利得到exe文件之后，一般我也会在命令行界面进行测试，确保没问题之后就可以使用TBTOOLS的plugin creator，将可执行文件整理成TBTOOLS插件了。
使用TBTOOLS的plugin creator将exe文件制作为插件
点击下图这里选择刚刚生成的exe文件：
后面就可以按照官网上的一些教程制作自己的个性化插件了：
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/rzn46gano35stgvo
