今晚 | iMeta 讲坛 | TBtools/GSAman | “用户视角”的生物软件开发与社区维护 | 31日19:00

文摘   2024-10-31 09:01   海南  


iMeta 讲坛十二

“接地气的”生物软件开发与社区维护-“用户视角”

01

报告人简介

陈程杰 副研究员

中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

陈程杰,博士,就职于中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,副研究员。研究方向为凤梨属作物遗传育种,手段为生物数据整合分析和生产级应用开发,内容为菠萝优异经济性状的高效精准聚合。主要参与完成了菠萝"铂金级"参考基因组与注释,解析其果皮与叶片颜色调控机理。项目期间开发并对外分享了TBtools、GSAman、EasyCodeML等软件,得到广泛认可。以第一/通讯作者身份在Molecular Plant/Science Bulletin/Journal of Integrative Plant Biology/New Phytologist等期刊发表论文10余篇(封面论文4篇),总SCI论文合为40余篇,H-index=20,i10-index=30,总被引次数~1.2万次。连续入选爱思唯尔2022和2023年度“中国高被引学者年度榜单”(园艺方向),2022和2023年度全球前2%顶尖科学家。

02

报告简介

一个本硕博纯园艺学背景的科研人员,计划介绍他如何一步又一步地在生物软件开发这个副业上越走越远,以至于多数人只知道他参与开发的TBtools、EasyCodeML、sRNAanno、GSAman、SapBase、sRNAminer、SynGAP等软件,而忘了他其实只是一个想找到“更好吃的菠萝”的青年科研人员。除此之外,他还要介绍他又是如何一步一步抽身开来,建立BioAnno社区实现“用户自托管”,最终继续专心种菠萝的经历。

03

主持人简介

赵齐 副研究员

中山大学肿瘤防治中心

赵齐,中山大学肿瘤防治中心副研究员,博士生导师。中山大学肿瘤防治中心生物信息平台骨干,肿瘤微生态平台负责人。中国抗癌协会肿瘤标志物专业委员会青年委员,中国抗癌协会肿瘤胃肠病学专业委员会青年联盟委员。长期从事肿瘤基因组研究,在生物信息学模型构建和软件平台开发、消化系统肿瘤基因组大数据分析、分子标志物挖掘及转化研究等方面积累了丰富的研究经验。近些年以通讯/第一作者(含共同)在包括Cancer Cell(2023), JAMA onco(2019), Cell Rep Med(2023), Nature Communications(2022, 2024)等杂志上发表SCI论文40余篇(2篇ESI高被引),主持包括国自然面上、青年基金、广东省面上等共6项基金项目。作为核心骨干参与教育部重点研发、国自然重点项目和国际合作项目各一项。独立/合作开发并发布开源生物信息学软件10余个,获颁软件著作权3项,授权专利6项。


个人主页:https://www.sysucc.org.cn/node/4746

04

报告时间和链接

报告时间:2024年10月31日 星期四 19:00

腾讯会议:894-6678-1896

会议链接:https://meeting.tencent.com/dm/pqpprRSMExHr

注意事项:腾讯会议室有100人限制,人满请扫描海报右上角二维码观看直播

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期刊简介


iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百千华人科学家合作出版的开放获取期刊,主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述,重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行!发行后相继被Google Scholar、ESCI、PubMed、DOAJ、Scopus等数据库收录!2024年6月获得首个影响因子23.7,位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848),微生物学科2/161,仅低于Nature Reviews,同学科研究类期刊全球第一,中国大陆11/514!

iMetaOmics” 是“iMeta” 子刊,主编由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授担任,是定位IF>10的高水平综合期刊,欢迎投稿!

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出版社iMeta主页:

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