2025年1月23日发表在《科学》杂志上的一篇论文描述了这种名为CASTER的新方法。
由加州大学圣地亚哥分校电气工程师领导的研究人员已经开发出一种更好的方法来对整个基因组进行比较分析。这种方法可以用于研究不同地质时间尺度上不同物种之间的关系。
这种新方法有望解开关于进化如何塑造当今基因组以及生命之树如何组织的发现。2025年1月23日发表在《科学》杂志上的一篇论文描述了这种名为CASTER的新方法。
CASTER准备为生物学家提供比最先进的比较全基因组更可扩展的方法。考虑到现存和灭绝物种的基因组测序数量呈爆炸式增长，这一点尤为重要。所有这些基因组都可以通过系统基因组分析进行比较研究。CASTER提供了可解释的输出，这将帮助生物学家不仅了解物种关系，而且了解整个基因组的进化史。
“自21世纪初以来，无数研究都声称可以进行‘全基因组’系统发育重建；然而，这些都是基于分散在基因组中的亚采样区域，仅占任何给定研究中每个完整基因组的一小部分。加州大学圣地亚哥分校的电子工程教授Siavash Mirarab是《科学》杂志上这篇新论文的通讯作者，他说：“在使用复杂模型分析所有基因组位置的同时，似乎是遥不可及的。让我兴奋的是，我们现在可以利用广泛可用的计算资源，利用跨物种排列的每个碱基对，进行真正的全基因组分析。”
“达到这一里程碑需要许多学科的共同努力，包括统计学、计算机科学和生物学，”这篇新《科学》论文的第一作者Chao Zhang说。他在加州大学圣地亚哥分校完成了生物信息学和系统生物学的博士学位。他现在在哥本哈根大学任教。
参考文献
CASTER: Direct species tree inference from whole-genome alignments
