第一，劳动合同未能对船员形成有效保护
据调研数据显示，与航运公司签订劳动合同、上船协议、劳务合同或派遣协议的船员约85%，仍有近15%的船员仅以口头形式与船东达成上船服务协议。
同时近35%的船员对合同约定的自身权益和义务缺乏充分沟通，其中31.6%的船员在签订劳动合同时，仅粗略浏览合同文本，对合同的具体条款未能充分理解；4%的船员甚至对所签署的合同完全不了解。
低等级船舶对船员工资的合同约定一般使用总工资或总收入，工资的构成无基本工资、绩效、补贴和社保等必要内容，一旦发生劳资纠纷，船员必将陷入维权难的境地。
第二，船员休息休假未有效执行
随着国内沿海船舶海事劳工条件检查的实施，目前航运公司和船舶基本都按照《海船船员值班规则》要求明确了最低休息时间，但在具体执行中，因沿海船舶靠离泊作业频繁，为应对公司和各主管部门检查，超过50%的船员无法得到充足休息。
同时，小型船舶配员较少，如100总吨或220千瓦以下的船舶，各部门仅配备1名高级船员，基本无法保障船员的休息时间。
同时，随着船员市场化的发展，公司自有船员比例大幅减少，形成“上船拿钱、下船断粮”的海上劳动关系，法定意义上的“带薪年休假”工资一般都是打包分摊到每月在船总工资内，船员的休息休假存在严重的形式主义。
第三，人员遣返和医疗未有效普及
一是船员对所能享受的遣返权利不了解。《公约》对船员遣返权利有较为明确的规定，但据调研显示，有近20%的船员对自身所能享受的遣返权利不甚了解，70%的船员不掌握其有权得到遣返的最长服务时间。另外有超过10%的劳动合同或协议未明确遣返权利和义务。
二是中小船舶船上医疗保障能力较差。在浙江海事局2021年海事劳工条件检查情况统计中，涉及船上和岸上医疗方面的缺陷达617项，占总缺陷数的11.74%，单项缺陷量排名第3位。据调研数据显示，大量船员不了解任职期间医疗费用支付原则，其中22.55%的船员反映其在船期间所产生的医疗费用由个人承担。
第四，船上工作生活环境未有效改善
在2021年浙江海事局对沿海船舶的海事劳工条件检查统计中：
一是涉及起居舱室和娱乐设施方面的缺陷达1 598项，占总缺陷数的27.41%，单项缺陷量排名首位。特别是老旧船舶，受制于船舶吨位和船龄限制，大量舱室被挪作他用或破坏性改造，纠正难度极大，且难以大幅度改善。
二是涉及船员职业健康和安全保护的缺陷占总缺陷数的21.54%，单项缺陷量排名第2位。大部分公司，尤其中小航运企业提供劳动鞋、服、帽以及手套数量不足，品质偏差。
第五，船东责任和船员社会保障未有效落实
一是船东责任的落实力度需进一步加强，部分航运公司，特别是中小航运公司对《公约》重视程度不够，相关制度建设还未能满足履约需要，硬件投入更是与《公约》标准相距甚远。
二是国有大型航运企业应按照规定为自有的船员缴纳社保、医疗保险、工伤保险等，但是部分民营航运公司大多雇佣社会自由船员，由于各地社保政策不统一，跨省市社保系统并未完全覆盖联网，从而导致缴纳社会保险转移手续繁琐甚至缴纳断档，船员出于经济利益考虑不愿意缴纳社会保险。其中，很多航运公司是以工资的形式补偿船员各类保险，要求船员自己缴纳保险，而实际上这部分船员大都未缴纳保险，一旦发生工伤、医疗等事故船员就难以得到相应赔偿。
