36岁,国家杰青!复旦大学附属肿瘤医院,江一舟:

文摘   2024-11-10 23:01   美国  

热门免费资源:

一、国自然类:


1 2023历年国自然标书全文

3 国自然项目答辩PPT

5 标书写作模板

7GraphPad 9安装包

2 2018-24年国自然清单

4基金插图素材(可编辑)

6近10年国自然标书全文

二、SCI生信+实验类:

1160套SCI实验操作视频

3 Meta分析范文+教程

5泛癌分析万能代码

7 130套SCI实验视频

9单细胞数据挖掘课

11统计分析万能模板

2100个SCI实验Protocol

4 miRNA预测靶基因代码

6动物实验操作视频汇总

GEO/TCGA数据挖掘课

10 SCI写作万能模板

三、科研绘图类:

PPT科研绘图素材合集

3Adobe illustrator绘图素材

5动物实验矢量图素材

7 PS修各种SCI实验图视频

资源共享群

PPT科研绘图插件VIP版

4 各种实验仪器矢量图素材

6细胞实验矢量图素材

AI科研绘图视频课

10 亲交友微信群


一、今日推送:

2024年8月23日,国家自然科学基金的评审结果揭晓,其中国家杰出青年科学基金项目433项。在医学界,获得这一荣誉的科学家通常已经是各自领域的领军人物。来自复旦大学附属肿瘤医院的江一舟教授。

出生于1988年,不仅荣获过“国家优秀青年科学基金”(简称“优青基金”),还在2024年荣获了“杰青基金”。

01
个人简介

职位:复旦大学附属肿瘤医院副院长、乳腺外科副主任医师、研究员。
导师:师从复旦大学附属肿瘤医院外科主任邵志敏教授。
经历:2011年开始专攻乳腺外科,2015-2016年在美国普林斯顿大学访问研究。
研究领域:乳腺癌、乳腺良性肿瘤的手术治疗和综合治疗。





02
科研成果

2024年,江一舟已经以第一作者或通讯作者发表高水平论文多篇。

1月,在Cell Research杂志发表研究论文。

利用多组学数据全面描述中心队列(n=260)、癌症基因组图谱队列(n=34)和四个免疫疗法队列(n=109)中的瘤内异质性(ITH)。研究结果表明,高瘤内异质性与患者生存率低和免疫治疗耐药有关。其中,锌指蛋白689(ZNF689)缺乏是瘤内异质性形成的关键因素。




2月,在Nature Cancer杂志发表的研究论文。是基于中国癌症基因组图谱项目,对大规模乳腺癌队列(n = 773)进行多组学分析,揭示中国乳腺癌患者的临床和分子特征。






现在,不管是干实验还是湿实验,R语言+单细胞是必备的科研技能,可以不做实验直接分析数据发SCI。也可以分析数据后将其放在自己的湿实验中,相互佐证。不管是发SCI,升学还是求职,这一套技能一定是刚需。


所以,今天我们给大家免费发送的是:


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一共包括了两套课程:



一、R语言全套课程(必学会,极速精通):共37节课,让你极速精通:



二、模仿18篇CNS学单细胞数据分析(理论+实战):


学完R语言后,就用R去分析单细胞数据。该课程一共分为8天的课程,直接跟着18篇CNS学单细胞数据分析,看CNS怎么分析的,一步一步实战教你。




第一天 

1、Python系统讲解、R语言系统讲解。

2、以Nature文章为例系统讲解单细胞数据质控、归一化处理、PCA降维、聚类、tSNE、UMAP可视化

Nature:Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells (2022.04.13-第三批学员为文章一作)

3、系统讲解多个样本整合、细胞亚群注释三种方法以及手动注释【Cell

4、非负最小二乘回归的单细胞注释【Nature


第二天 单细胞蛋白活性、代谢活性推断

1、利用VIPER算法来定量单细胞蛋白的活性

Cell:Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages

2、单细胞推断代谢活性【Cancer Discovery

3、 展示不同分组marker基因【Circulation

4、多个重复的细胞类型比例展示 【Cell


第三天 差异分析 富集分析 通路活性

1、AUCell | 分析单细胞测序数据中不同基因集(通路)的活性【Nature Medicine

2、Differences in pathway activities scored per cell by GSVA【Nature Medicine

3、利用OR比值查看不同处理组的各单细胞亚群的分布差异【Science

4、各个细胞类型的差异基因统一展示 【Cell

5、单细胞测序不同分组的相同cluster差异程度3维PCA展示以及差异热图展示【Cell

6、圈图展示富集结果【Nature Medicine


第四天 拟时间 单细胞CNV

1、CytoTRACE进行拟时间分析【Cell

2、Diffusion Pseudotime Analysis diffusion component【Cell Stem Cell

3、基因表达量随PC1轴的变化 【Cell

4、TCSeq分析基因随时间的变化【PNAS

5、Monocle2 和Monocle3系统讲解【Nature

6、单细胞染色体拷贝数变异【Science


第五天 RNA动力学

1、velocyto.R 分析RNA速率【Nature

2、使用Reticulate在R中运行scVelo来确定动态变化过程驱动基因【Nature Biotechnology

3、将velocity 与PAGA联合分析【Nature

4、Dynamo分析RNA速率【Cell

5、PHATE对单细胞数据降维【Nature


第六天 转录调控网络 细胞互作

1、CellPhoneDB v.3.0系统讲解细胞互作和个性化作图展示【Nature Genetics

2、NMF鉴定不同的生物学功能【Cell

3、Mfuzz、 BioNet调控网络构建

Cell:Molecular Choreography of Acute Exercise(第五批学员为文章一作)

5、使用SCENIC进行转录调控网络分析和核心驱动基因鉴定【Nature Medicine

6、不同cluster的异质性确定【Cancer Cell


第七天 多组学联合

1、scRNA-seq和bulk RNA-seq数据联合分析推断细胞类群互作网络【Cell

2、以Nature文章为例系统讲解单细胞空间转录组数据分析【Nature

3、以Nature文章为例系统讲解scRNA-seq与scATAC-seq联合分析【Nature Genetics

4、CITE–seq对单细胞转录组和膜蛋白进行定量分析【Nature Medicine


你得认真过一遍视频,然后将代码好好保存,以后自己分析单细胞数据得时候就可以分析啦。比如umap图用哪个代码,RNA速率分析用哪个代码,轨迹分析用哪个代码,等等:


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此外,先给大家看看机器学习发SCI有多简单,作者利用公开数据集和机器学习算法,预测了炎症性肠病(IBD)患者冠状动脉疾病(CAD)的病变进展风险。总共就6个步骤:1. 差异表达基因(DEGs)鉴定,2.加权基因共表达网络分析,3. 基因富集分析及通过蛋白质互作网络鉴定差异表达基因,4.通过多种机器学习方法识别中心基因,5. 关键生物标志物的评估、确定及筹码图构建,6.关键生物标志物及诊断模型的评估:


难的是什么,不会写代码,不会个性化分析。没关系,我们给大家免费分享。只要你按照这个视频和代码,换一个疾病,分分钟就是一篇SCI。今天,给大家免费分享的是:


”非肿瘤列线图诊断模型机器学习联合WGCNA筛选生物标志物实操课(原价12399元)”

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课程如下:



套路非常简单,难得的是这一套代码,只要你换一个疾病,按照这个实操和代码操作,就是一篇SCI。非常适合零基础想极速发表SCI的同学。


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二、免费资源:

顶级CNS插图如下:



但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。


所以,今天小编给大家免费赠送:


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”


生物医学之家CNS插图素材部分截图如下:



这些素材都是用Adobe illustrator绘制的,打开后可以继续编辑修改,这些素材原价是9999元的,现在免费给大家送永久账户。如下免费获取永久VIP账户:


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免费发送1万个永久VIP账户,有了这个账号之后,你可以无限、永久下载生物医学之家的CNS插图素材。共有1万张素材,囊括了各种生物、人体组织、细胞、病毒、植物等。素材首页如下:



一、比如我需要用到小鼠插图来描述自己的小鼠动物实验模型,那就直接搜索鼠,有几百张小鼠插图就出现了:



有了VIP账号之后就可以随意下载。下载下来是AI绘制的可编辑图:



可以随意修改颜色:



也可以随意修改大小:



Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:



随后画一条线,示意要D369打药:



随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。



最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。



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还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:



然后修改任何一个你想要修改的元素,比如修改液体的颜色:



也可以将注射器放在背上,模拟皮下注射:



还可以将小鼠变为黑色:



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二、比如我需要绘制细胞机制图。那就搜索细胞:



有了这些素材,分分钟就可以绘制如下这种高分插图:



三、各种Nature插图原图:



下载下来之后每个细微的元素都可以修改:




我们一共上传1万张Nature插图。大家赶紧获取永久VIP账户吧,投稿绘图的时候用得着:


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更多免费资源:

三、科研绘图类:

1 GraphPad绘图模板

50套R绘图万能代码

直装版PS+AI安装包

医学统计分析R版

9单样本RNAseq分析

11 SnapGene序列比对

13 Endnnote安装包

15 R语言绘图模板

17中文版RNAseq教程

19 Image J图片处理视频

21 更多资源在更新中.....

2600套PPT模板

4Origin绘图模板

SPSS统计分析模板

8铜铁死亡分析代码

10m6A甲基化分析代码

12qPCR计算模板

14英文简历模板

16 R各种统计分析模板

1846套生信分析代码

20 Sigma plot绘图软件和视频

四、生信和写作类:

1 ChIPqPCR引物设计

3过表达引物设计

零代码复现6分SCI教程

零代码复现4分SCI教程

WGCNA分析课程

11 GO分析傻瓜式教程

13 GSEA分析傻瓜式教程

15 渐变火山图傻瓜式教程图

17 GEO+TCGA数据挖掘课

19 41GB的生信分析+实验资源

2 shRNA设计

4 Crispr-csa9素材

零代码复现5分SCI教程

8分SCI零代码复现步骤

10 超全生信数据库使用教程

12 KEGG富集分析教程

14 Meta分析范文+实操课

16 交集基因筛选高级教程

18 生信软件合集

辛苦整理,全文无任何广告!

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