使用Origin，就可轻松绘制漂亮的热图

学术 2024-10-02 17:58 山东

图文撰写 | 超级super栋

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介绍

热图是作为生信中一种常用的数据表现方法，可以简单地聚合大量数据，同时会使用一种相对应的渐变的颜色条带来展示数据。这种方法可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低，但由于太直观了，所以热图在数据表现的准确性并不能保证，也就是体现出来一个大概程度。一般情况下的使用场景是展示各种基因或者是RNA在不同的样本中的表达量，然后从整体来观察其表达模式。

软件

Origin 2019b 32Bit

图文教程

这里我用Excel里面的=RAND()函数随机生成了一个矩阵。每一行为样品，每一列为不同的基因在不同样品里面的表达量。

数据处理

大家都知道，转录组测序得到的基因表达量有多个，各个数据之间的差异是很大的，那么我们是需要首先要对基因在各个样本中的表达量进行归一化。为什么这么做呢，因为数据从最小值到最大值之间的范围太大，需要的色阶范围就很大，哪有这么大的色阶范围来描述呢，所以，我们要进行数据归一化，方便热图的展示。

现在常见的有两种方法：第一种呢，是对基因在样本中的表达量取对数；另外一种是z-score方法，其中以第二种应用更为广泛。所以我们用Z评分方法来进行数据归一化。

1. 打开Origin2019，输入数据

2. 选中所有数据，使用Z评分进行归一化处理

3. 然后我们的数据就自动在一个sheet生成了

4. 然后我们在下面右击新建一个sheet，输入数据，用这个数据作图

热图

1. 选中数据，选择热图选项

2. 那么最基本的热图就做出来了，我对字体和个别标签进行了调整，就得到了下图

3. 如何更换颜色呢？我们双击图层，选择填充颜色

4. 这里呢，可以双色填充，也可以多色填充。这里我们使用从黑到红色填充。

5. 看看效果

带标签的热图

1. 如果我们想要绘制带标签的数据图怎么办呢？在上面原图的基础上，双击图层，设置标签

2. 第二种办法，就是在作图的时候，直接选择使用带标签的热图进行作图就可以了

3. 然后重复上述操作就可以了

聚类分析的热图

1. 聚类分析的热图要使用到Origin里面的APP功能，首先我们先下载热图所需要的APP,这里我已经下载好了

2. 选中数据（这里我们使用原始数据就行），点击APP

3. 设置，将数据进行标准化（归一化），聚类进行行和列均可

4. 生成图谱，调整各个标签

5. 这就是本节讲的使用Origin做热图的教程，你学会了吗？

在线绘图工具

这里提供几个在线绘图工具，大家可以去探索发现。小工具有小工具的优点，快捷，迅速。大家看自己的选择吧，就可以！

1. Heatmapper

http://www.heatmapper.ca/expression/

2. ShinyHeatmap

http://shinyheatmap.com

3. Morpheus

https://software.broadinstitute.org/morpheus/

4. Clustergrammer

http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/

怎么样？学会了吧？

不难吧！赶紧来试试吧！

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用PPT跟Cell子刊学机制图

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AI（illustrate）完成的彩图

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GraphPad Prism绘制的小提琴图

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GraphPad Prism绘制带散点的柱状图

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