我国在绩效审计的实践中，取得了一些成绩，但同时也出现了很多问题，下面具体分析并提出一些建议。
（一）绩效审计的理论研究还存在着很多问题
首先，理论研究及其成果缺乏系统性。多数学者还只是注重于对绩效审计某一方面的研究，如经营审计、管理审计，而没有把绩效审计作为一个整体加以研究。仅从一个角度或者侧重于某一方面进行研究，就可能造成各个理论要素之间的不协调、理论研究的不连贯以及理论成果的不系统。而且研究的广度、力度、深度不够，从现有的成果看，就事论事的多，对方法、手段、目的等研究较少，且大多是在常规审计理论之前冠以“绩效”二字，再加入一些财务管理方法、经济活动方法等。
对此，我们应深入研究，学习和掌握绩效审计的总体要求和细节部分，以取得富有见地、积极有用的理论成果。同时，应当坚持理论与实际相联系，规范与实证相结合，感性与理性相统一，以改进充实研究方法，进而保证和提高理论成果的水平和质量。
其次，研究力量及其后劲不足。对政府审计和内部审计而言，绩效审计应是其未来的重要领域和发展方向之一。通常，理论研究应当适当超出或齐头并进，否则会影响实践的发展。目前，理论界重视会计而轻视审计的倾向，已经严重影响到审计的发展，最终会影响到会计的发展。对此，我们认为应引起有关部门的高度重视，并着力采取有效措施加以解决，尤其是高等院校及审计界要共同努力创造条件，培养和培训一批绩效审计的理论研究队伍，以充实现有及后备研究力量。
再次，研究方向存在“偏科”、“挑食”现象。目前，大多数的研究是关于企业经济效益的审计问题，其他类型的绩效审计研究比较少见。从目前的现实角度看，探索研究及推广实施绩效审计宜以政府审计为主，但从长远的发展观点看，内部审计应担任更重要的角色。我们认为，目前多数的理论研究仅停留在政府审计所从事的绩效审计上，这是不够的。还应积极推动并大力加强关于内部审计和民间审计如何从事绩效审计的理论探索。内部审计协会和注册会计师协会应充分发挥其组织推动研究的积极作用，以使各类审计组织的绩效审计工作齐头并进，均衡发展。
（二）对绩效审计缺乏正确的认识
由于法制观念等诸多的影响，自觉接受监督的观念不强，对绩效审计的认识差距大，有人认为，绩效审计是一种高深的、与目前的财务收支审计千差万别的审计工作，实施绩效审计的难度很大，或者认为开展绩效审计的条件尚未具备，目前不适宜开展绩效审计。有些人则抱着无所谓的态度，认为绩效审计就是作些分析，搞一些服务。由于我国民主法制建设滞后，对粗放型的发展模式见怪不怪，人们对绩效审计的关注不普遍，意识不强，以绩效为核心的经济运行与社会发展机制尚未建立起来，一些审计机关对如何开展绩效审计感到模糊，对绩效审计的目标、内容等方面一知半解，对绩效审计路子怎么走很不明晰。而审计人员面临新的任务，容易产生畏惧的情绪，怕目前掌握的知识无法胜任绩效审计工作等，这些都是对绩效审计认识不到位、不准确的表现，会影响绩效审计的推行，影响绩效审计的质量和效果。这就要求我们首先解决思想问题，要明确常规的审计与绩效审计是一个有机联系、发展递进的过程，绩效审计不是高不可攀的，不能过于神秘化。
（三）开展绩效审计缺乏一套完整的法律规范
1.实施绩效审计缺少具体的法律法规依据。我国现行的审计法规，《审计法》只是总则中对绩效审计作出总括式的规定，而其他审计法规中对绩效审计涉及的内容也比较少，有的是针对财务收支及效益方面的审计作出规定，也只略提一两句。目前为止，没有一部专门针对绩效审计的法规。开展绩效审计缺乏充分、具体的法律依据，大大增加了审计风险，应在《审计法》或相关法律、法规中对绩效审计法律地位，职能范围，审计内容，审计的规程，审计的移送处理，审计机关、被审计单位和其他有关单位在绩效审计中具体权利和义务，以及有关单位和个人的法律责任以法律形式固定下来，只有这样才能在最大程度上保障政府审计的独立性和权威性，为绩效审计的开展提供有利的法律环境。
2.开展绩效审计缺乏相应的规范指导。目前，在审计署制定颁布的众多的具体准则、实施办法中，尚未有诸如绩效审计准则（或实施办法）之类的审计规范。在绩效审计实施的程序、审计准备、审计实施、审计取证、审计结论的质量要求和控制，以及审计成果的运用等方面缺乏规范和指导，使开展绩效审计工作存在一定随意性、降低了绩效审计质量。
（四）一些社会经济因素制约了绩效审计的发展
1.当前我国法制处于不断健全和完善的阶段，整个经济社会的管理水平不高，财经领域中弄虚作假、挤占挪用、贪污腐败等违法违规情况比较普遍，在某些领域还比较严重。查错纠弊、惩治腐败、促进规范和管理仍然是审计机关的首要任务。这既是政府和人民对审计工作的期待和要求，也是现阶段审计工作服务经济发展的需要。因此，目前的行政事业绩效审计还应以揭露问题为主，重点揭露管理不善、决策失误、擅自决策所造成的严重损失浪费和国有资产流失等问题，发现大案要案的线索。这在审计目标上制约了财务审计向绩效审计的转变。
2.目前我国的审计体制是行政型审计监督体制，实施审计的主体实际上仅是政府下的一个机关。把审计放在行政框架内，由于审计机关的人财物等权利均由地方政府掌管，不可避免地影响了审计监督的独立性。目前县市财政体制改革仍然处于不断完善的过程中，政府管理经济的“越位”问题尚未得到有效的解决，一些属于竞争性的投资项目或专项支出项目，仍是由政府决策、实施和管理。而这些项目往往又是绩效审计重点，审计人员不可回避对政府决策、实施和管理情况进行评价。现在实行的经济责任审计，委托审计的有党的组织部门、有政府及其工作部门，由于没有法律上的明文规定，出现了政党不分、政企不分，职责不明，多头委托，审计机关穷于应付的情况。
3.会计信息失真是我国经济管理中存在的突出问题，无论财政收支审计还是绩效审计的结论都是建立在真实的会计数据之上，没有真实会计数据为基础的绩效审计犹如无源之水。为此，审计机关在开展绩效审计中，不得不把大量的精力放在会计信息真实性审查上，这在审计力量上制约了绩效审计的开展。当前会计及经济信息不真实，重大违法违规、业绩虚假等问题都比较普遍，有的还比较严重，管理不善乃至混乱的现象极为普遍，权利失控、权利寻租和权利创租的情况屡见不鲜。这些问题的存在，不仅导致政府职能低、成本高，而且使经济和社会公共资源配置失当、管理失度、利用度低。
这就要求在进行绩效审计中要务实，在制度和体制上花工夫，真正形成独立、公共、透明、有效和责任追究的审计体制，在政府对资源配置、管理、利用方面是否合理、有效、科学作出明确规定，进一步划分政企职责，避免出现责任不清、职责不明、目标不定位的情况。并且要突破过去的审计模式，在制度层面上对绩效审计予以规范，并且从预算编制、申报、执行和监督等全过程跟进，建立一套完善有效的监督机制。
（五）审计结果的运用上存在着很大的困难
1.从目前财政收支审计的审计结果落实情况来看，除了强制性的审计决定得到较好的执行外，涉及纠正错误、健全制度、加强管理方面的审计意见落实效果不佳，甚至有的审计单位只作表面文章，敷衍了事。
2.目前除了审计署和个别省市初步实施了审计结果公告制度外，大部分地方审计机关尚未建立审计结果公告制度。即使对外公布审计结果，公布的形式也较为单一，依靠社会舆论方面的力量促进审计结果落实仍然有限。
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