越来越多的证据表明，在肿瘤细胞中特异性表达的新抗原可作为免疫治疗有效而安全的靶点，可引发强烈和特异性的抗肿瘤免疫反应。传统的肿瘤相关抗原治疗效果有限，并有自身免疫反应的风险，而肿瘤特异性新抗原在设计癌症疫苗方面具有显著优势。各种疫苗形式都利用了这些新抗原，例如肽、核酸（DNA/mRNA）和树突状细胞疫苗。
mRNA疫苗凭借开发周期短、可扩展性好、高成本效益和高效性等优势获得了越来越多的关注，这也使其成为癌症疫苗研究的主要候选疫苗类型。业界的最新进展引入了一种新型的新抗原疫苗，称为多价新抗原疫苗，这是一种增强亚单位疫苗新抗原免疫原性的有效策略。疫苗开发中的序列设计对于提高疫苗的免疫原性和安全性至关重要，但从多种肽组合和同义密码子集合中选择最佳序列是一大挑战。
一、NeoDesign的架构
库构建
图2. 库构建的流程。
最优路径过滤
图3. 最优路径过滤的流程。
连接子添加
λ评估
图4. λ差异分析和λ评估中的预测模型框架。
二、NeoDesign的应用结果评估
综上所述，这项研究提出了独特的算法和概念，例如构建肽的可选库和定义的决策函数，并系统地尝试了解决疫苗序列设计面临的挑战。NeoDesign中的所有内置工具都是根据文献证据和经验比较精心选择的，通过最大限度地减少连接子的使用、简化蛋白质结构和避免功能结构域，解决了现有工具存在的重大缺陷。
此外，该工具为最佳蛋白质序列提供了一个推荐的λ参数。推荐的λ参数可以应用于LinearDesign，并在最佳蛋白质序列的mRNA序列设计中实现mRNA稳定性和蛋白质表达之间的平衡。NeoDesign为多种新抗原疫苗的设计和优化提供了基础序列框架，包括mRNA、DNA、树突状细胞和肽疫苗。该研究为mRNA疫苗设计的进一步发展提供了有价值的见解和建议，从而为癌症免疫疗法做出了重大贡献。
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