为了保证安全运转和出水处理效果，医疗机构污水处理必须设置各种安全装置、监测装置、计量装置等。同时鉴于医疗机构污水的传染性，为减少运行人员对现场的接触，降低传染机会，在医疗机构污水处理工程中需要采用较高水平的自动化设备控制。
属于重点排污单位的医疗机构必须按国家和地方环保部门有关规定安装污水连续监测系统，主要监测指标包括水量、pH值、COD、氨氮、余氯等。医疗机构污水处理系统可根据污水处理工艺控制的要求，对污水指标进行连续监测。监测系统及其安装、验收、运行、污水连续监测系统的数据传输、监测仪器等需要符合相关规范的规定。
医疗机构污水处理系统可根据污水处理工艺控制的要求设置pH测定仪、流量计、液位控制器、溶氧仪等计量装置。
在线监测设备和仪表的设置及自动控制水平需要根据工程规模、工艺流程、管理水平及资金限制综合考虑，总体设置原则如下：
（1）医疗机构污水处理站应在其出口处配置在线余氯测定仪和流量计,流量计可选用超声波流量计或电磁流量计。
（2）采用液氯消毒时，需要设置液位控制仪对消毒污水液位和氯溶液液位进行指示、报警和控制；同时需要设置氯气泄漏报警装置。
（3）根据医疗机构规模，500床以下的医疗机构污水处理系统可只设置液位控制仪，液位控制仪需要采用浮球式、超声波式或电容式液位信号开关；500床以上的医疗机构污水处理系统除液位控制仪外，还宜加设液位测量仪，液位测量仪可选用超声波式或电容式。
（4）采用二级处理工艺的医疗机构亦可设置溶解氧测定仪、pH测定仪等仪表。
医疗机构污水处理系统可按国家和地方环保部门有关规定安装污水连续监测系统。污水连续监测系统的数据传输应符合现行行业标准《污染物在线监控（监测）系统数据传输标准》HJ 212的规定。监测仪器应符合现行行业标准《pH水质自动分析仪技术要求》HJ/T 96、《氨氮水质在线自动监测仪技术要求及检测方法》HJ 101、《总磷水质自动分析仪技术要求》HJ/T 103、《环境保护产品技术要求 电磁管道流量计》HJ/T 367、《化学需氧量（CODCr）水质在线自动监测仪技术要求及检测方法》HJ 377等的有关规定。
应根据工程规模、工艺流程及管理水平确定医疗机构污水处理站的自动控制水平。消毒剂的投加量应根据在线余氯测定仪的测定结果自动控制调整。电动格栅除污机和好氧曝气应实现自动控制，可根据工艺运行要求，采用定时方式自动启停。
应根据工程规模、资金限制及污水传染性确定不同的监测方式，以下几种不同监测方式供工程设计时参考。
就地控制。在电控箱及现场按钮箱上控制，不设在线测量仪表，只设水位信号开关，利用水位信号开关自动启、停水泵。
常规集中监控。分为两种方式，一是在总电控柜上集中监控，不另设独立的集中监控柜；二是设独立的集中监控柜（台）。
可编程逻辑控制器（PLC）监控。分为两种方式，一是在总电控柜内设PLC控制器，PLC控制器用于工艺设备的自动控制，各种设备在总电控柜上集中控制；二是设独立的现场控制柜。
计算机监测。采用小型PLC控制器及微型计算机集中监测。该种方式只适用于个别较大型、工艺较复杂、有维护管理条件的工程。
较大规模、工艺较复杂的医疗机构污水处理系统宜设独立的集中控制室，或与总电控柜房间（配电室）共用。传染病、结核病专科医疗机构的控制室应与处理装置现场分离，减少操作人员与现场的接触。
医疗机构污水处理工程供电宜按二级负荷设计，供电等级应与医疗机构建筑相同。低压配电设计应符合现行国家标准《低压配电设计规范》GB 50054的相关规定。供配电系统应符合现行国家标准《供配电系统设计规范》GB 50052的有关规定。工艺装置的中央控制室的仪表电源应配备在线式、不间断供电电源设备(UPS)。建设施工现场供用电安全应符合现行国家标准《建设工程施工现场供用电安全规范》GB 50194的有关规定。
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