cifkit程序:高通量cif晶体文件分析程序

学术   2024-11-14 13:36   北京  
https://github.com/bobleesj/cifkit

cifkit 是一个旨在为处理大量 .cif 文件(数量可达数万个)提供一套经过充分测试的实用函数和变量的工具包。

cifkit特点:

  • 配位几何:cifkit 提供可视化每个位点配位几何的功能,并提取每个多面体的基于物理的特征,如体积和堆积效率。
  • 原子混合:cifkit 提取键对级别的原子混合信息,这些任务如果使用像 VESTA、Diamond 和 CrystalMaker 这样的图形界面工具将需要大量手动操作。
  • 过滤:cifkit 提供预处理功能。它系统性地解决了来自数据库的 CIF 文件中常见的问题,如不正确的循环值和缺失的分数坐标,通过标准化并过滤掉格式不正确的文件。它还会对原子位点标- 签进行预处理,将类似 ‘M1’ 这样的标签转化为 ‘Fe1’,以处理含有原子混合的文件。
  • 排序:cifkit 允许根据配位数、空间群、晶胞、最短距离、元素等属性复制、移动和排序 .cif 文件。

使用实例1:

from cifkit import Cif

cif = Cif("your_cif_file_path")
site_labels = cif.site_labels

# Loop through each site label
for label in site_labels:
    # Dipslay each polyhedron, .png saved for each label
    cif.plot_polyhedron(label, is_displayed=True)

使用实例2:

from cifkit import CifEnsemble

ensemble = CifEnsemble("your_folder_path_containing_cif_files")
ensemble.generate_structure_histogram()

cifkit下载链接:

https://github.com/bobleesj/cifkit

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