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挖掘TCGA数据库分析某一单基因（mRNA）在泛癌中的表达情况，分分钟就是一篇SCI。如下这篇2021年6.5分的SCI：
其图如下：泛癌表达+差异表达+生存分析。
我们调制了万能代码，可以帮助大家5分钟内一键出以上结果图。
对于mRNA的泛癌分析的万能代码，我们之前已经分享了（点击即可下载）。你换一个基因就是一篇SCI。
今天，我们换个角度，用lncRNA做泛癌分析（泛癌表达+差异表达+生存分析）。可谓是创新性十足。
【TCGA数据源文件+lncRNA泛癌分析万能代码（原价5999元）】
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已经给大家准备好了
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你只要用R语言软件打开这个【任意基因在任意肿瘤中的表达量情况（TCGA_lncRNA）.R】代码，傻瓜式运行。一键5分钟之内就可以知道：
1、任何一个lncRNA在任何一种癌症（泛癌）中的表达情况；
2、任何一个lncRNA在任何一种癌症（泛癌）中和其对应的正常组织中的表达情况；
3、任何一个lncRNA在任何一种癌症中的差异表达情况（癌症比上正常组）
4、任何一个lncRNA在任何一种癌症任何分期的表达情况；
5、任何一个lncRNA对任何一种癌症生存分析。
操作如下：
第一步：打开代码。
把这些文件放在一个英文文件夹内，用Rstudio打开代码：
第二步：数据整理：
一键运行到125行之前的代码：
中间就是lncRNA在各个样本中的表达情况整理，临床信息的整理等等。（这里要注意，因为这个代码运行需要很大的R语言内存，但是我给大家解决了这个问题，里面会有一句代码memory.limit(18138)#加大内存条。所以，一般大学生都用的电脑都能跑通这个代码，我目前是普通的win10电脑）。
第三步：单个lncRNA在泛癌中的表达情况：
运行125-131行代码，我这里是看的lncRNA PVT1，所以我就输入y =PVT1。如果你需要看别的lncRNA，你就将PVT1修改为别的lncRNA名字就行，随后就可以将右下角的图片点击export保存为pdf文件图，直接用来投稿：
第四步：看单个lncRNA在泛癌和其对应正常样本的表达情况：
运行139-143行代码就行：
你把y = "PVT1"里面的PVT1改为别的lncRNA就可以看到别的lncRNA表达情况了。
第五步：看单个lncRNA在某种肿瘤和其对应正常样本的差异表达：
运行152-159行代码就行：
这里是看lncRNA在LIHC癌症中的差异表达，你可以将LIHC换成别的肿瘤，将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
第六步：看单个lncRNA在某种肿瘤各个时期的差异表达：
运行190-204行代码就行：
这里是看lncRNA在LIHC癌症中各个时期的差异表达，你可以将LIHC换成别的肿瘤，将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
第七步：看单个lncRNA对某种肿瘤的生存预后：
运行212-243行代码就行：
这里是看lncRNA在LIHC的生存预后，你可以将LIHC换成别的肿瘤，将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
是不是非常简单？赶紧用起来吧：
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那除了代码，2、3、4文件是怎么下载的呢？如下：
首先我们要从生物医学之家（swyxzj.com）进入，随后从UCSC Xena下载pancancer测序后（泛癌测序数据）的标准化基因表达矩阵（下载之后是tcga_RSEM_gene_tpm）和样本临床信息（下载之后是Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp），还要下载基因组注释文件（下载之后是Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz）。
前两者下载方式如下：
下载下来之后解压：
第三份基因组注释文件下载方式如下：
然后加上我们的万能代码就是这样啦：
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