突发!中山大学宋尔卫/苏士成团队Nature最新研究成果,被质疑!

文摘   2024-11-26 22:04   以色列  
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一、今日推送:
中山大学宋尔卫院士团队发表在Nature杂志上的一篇研究论文《肿瘤环状RNA通过编码隐蔽肽激发抗肿瘤免疫》
肿瘤细胞特异性表达的新抗原是肿瘤特异性抗原(TSAs)的主要来源,TSAs通过细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)诱导适应性抗肿瘤免疫。鉴定或筛选抗原肽是开发各种抗肿瘤免疫疗法的关键一步,包括肿瘤疫苗和工程T细胞疗法等。以前的工作主要集中在蛋白质编码基因组中的非同义突变来鉴定TSAs。然而,很大比例的人类癌症在蛋白质编码基因组中表现出较低的肿瘤突变负荷,只有一小部分突变的蛋白质编码基因具有足够的抗原性以引起免疫反应。因此,探索识别触发T细胞反应的肿瘤特异性抗原肽的替代方法对于有效的癌症免疫治疗至关重要。
该研究提供了证据,表明自然形成的环状RNA可以通过非典型翻译隐抗原肽而具有高度免疫原性。由于恶性细胞中环状RNA的丰度和特异性,环状RNA编码的肽不同于正常组织中普遍存在的线性RNA编码的肽。这强调了当前发现的重要性,即肿瘤特异性环状RNA能够在启动肿瘤抗原特异性T细胞的初始阶段引发抗肿瘤免疫反应,从而增强效应免疫细胞。然而,在自然临床条件下,肿瘤相关DCs的隐抗原呈递和T细胞启动可能会受到免疫抑制肿瘤微环境的阻碍,这可能会抑制抗原呈递细胞的募集、抗原捕获、成熟、抗原交叉呈递和淋巴结迁移。因此,使用由肿瘤特异性环状RNA编码的隐性抗原肽甚至环状RNA本身的治疗性疫苗策略可以促进抗原呈递并刺激适应性免疫,从而有效地控制肿瘤。
可这篇论文却在学界引发了不小的热议!在PubPeer网站上的评论,不乏对该研究的方法和结果提出了质疑
有位名为“Hemieuryale pustulata”的评论者指出:论文中关于circRNA疫苗合成部分存在可疑之处。他们质疑使用T4ssRNA连接酶1和短的互补无间隙DNA作为RNA环化的方法,认为这种方法在理论上是行不通的。
此外,他们还指出,合成的circFam53b IVT起始序列“AAAA”与T7 RNA聚合酶偏好的“GG”转录起始序列相悖。评论者还提到,合成circRNA的数据完全缺失,包括凝胶分析、质量检查和IVT模板序列,这被认为是不专业和不可接受的。
图源:网络
对此,评论者“Compsaraia samueli”也表达了类似的观点,他认为T4 RNA连接酶1不具备使作者所提出的方法能够创建环状RNA的活性。
他们指出,即使是NEB网站也显示,该酶无法在完全互补的RNA-DNA杂交体中催化ssRNA末端的镍连接。另外,他们还提到,作为连接指南的DNA寡核苷酸实际上应该阻止上述的环状RNA的产生。
图源:网络
以上这些对科研究的质疑和讨论,充分展现了科学研究中的严谨性批判性思维的重要性。同时,也反映出学界对于高影响力期刊上发表的研究成果的持续关注和审视,这是保证学术公正、权威的重要环节。每一位科学工作者都扮演着重要的角色,共同推动着科学的发展和进步。
而面对上述种种质疑声,宋院士团队目前尚未做出任何回应----end。


目前,不管你是写标书、做预实验、发纯生信SCI,还是做湿实验。经常遇到:已知一个分子基因在该组织中高表达,但是不知道高表达后是否会导致疾病的发生


如果能知道这个逻辑关系,那对写标书、结合转录组数据单细胞数据发纯生信SCI、做湿实验验证都非常有帮助


孟德尔就可以实现这个操作。所以,小编给大家免费分享:


“组织基因表达量与疾病关系的孟德尔随机化分析资源包(原价5万元)”


一键对任何组织中任何分子、任意疾病进行逻辑关系分析,了解哪个分子升高或者降低会对疾病有什么样的影响。如果你能一次性把所有组织、2万分子、各种临床疾病统一做了。也就是一键明确任意组织中,任意基因与各种疾病的逻辑关系。发个Nature我估计都没有问题。

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资源包分为三步,如下:



第一步是提取gTEX数据中血液组织中CDK11A基因的eqtl数据:



2是来自gTEX数据中血液组织数据,里面包括了任何基因的eqtl数据(你也可以自己在gTEX网站下载任何组织的数据文件)。随后通过运行1_extract_eqtl from tissues.R代码得到CDK11A文件,即CDK11A基因的eqtl数据。操作非常简单,运行代码时你可以输入任何你想要的基因名字:



结果文件就出来了,就可以得到血液组织中该基因的eqtl数据如下:



第二步,基因的eqtl数据过滤(不平衡)。我们给大家准备了各种万能文件,操作也是非常简单。就是改一下工作路径和参考文件的路径和将输入文件改为你自己的:



随后就得到结果文件:



第三步,孟德尔随机化分析。经历前面两步,我们就已经有了血液中CDK11A分子表达量文件,也就是暴露因素。接着比如我要分析它对慢性肾盂肾炎疾病发生的影响。我就从芬兰数据库下载慢性肾盂肾炎疾病这个结果文件(不会下载?点这里,你也可以下载任何一种疾病的结果文件,一样的操作就行),随后打开代码,修改路径,输入文件:



A-J那些结果就出来了:



从表中我们可以看到b小于0,也就是说血液中CDK11A高表达与慢性肾盂肾炎是负相关的。然而P是没有意义的,所以这是阴性结果(小编只是随意拿一个基因而已,你自己做分析,应该是要做转录组学差异分析,或者单细胞分析中差异表达的基因,或者是根据临床经验要进行探索的基因)。做出10个左右的阳性结果,基本SCI就稳了。


如果你是做了转录组的差异分析,或者单细胞数据分析,亦或者是临床样本做了qPCR。再接一个这样的孟德尔随机化分析,分分钟就是一一篇SCI。


总而言之,有了这份资料,你可以知道任何组织中,任何一个基因表达量与疾病的逻辑关系


好了,资料我已经上传到百度云了,大家记得保存起来,想看就看


赶紧保存到自己的百度云盘下载使用吧。


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二、资源免费送:

发高分论文都要附带一张论文模式图自己画一只小鼠、一个细胞可能需要花一整天的时间。但是要是有了可编辑的素材,修改一下颜色和大小,随后组装起来就是一张SCI图:



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生物医学之家CNS插图素材部分截图如下:



这些素材都是用Adobe illustrator绘制的,打开后可以继续编辑修改,这些素材原价是9999元的,现在免费给大家送永久账户。如下免费获取永久VIP账户:


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一、比如我需要用到小鼠插图来描述自己的小鼠动物实验模型,那就直接搜索鼠,有几百张小鼠插图就出现了:



有了VIP账号之后就可以随意下载。下载下来是AI绘制的可编辑图:



可以随意修改颜色:



也可以随意修改大小:



Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:



随后画一条线,示意要D369打药:



随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。



最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。



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还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:



然后修改任何一个你想要修改的元素,比如修改液体的颜色:



也可以将注射器放在背上,模拟皮下注射:



还可以将小鼠变为黑色:



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二、比如我需要绘制细胞机制图。那就搜索细胞:



有了这些素材,分分钟就可以绘制如下这种高分插图:



三、各种Nature插图原图:



下载下来之后每个细微的元素都可以修改:




我们一共上传1万张Nature插图。大家赶紧获取永久VIP账户吧,投稿绘图的时候用得着:


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三、3000+PPT科研绘图素材免费送:

在我们论文投稿时,一张论文图可以很清晰的展现自己的研究思路,让审稿人一目了然。如下面这种图:



很多人都是用PPT绘图的。但是对于没有想象力的初学者来说,一个线粒体、烧杯、细胞核、一个WB的电泳仪、一只老鼠等可能就需要画一天:



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(共12个模块)


大约是3000张素材,原价1999元,各种动物、细胞、病毒、植物、人体组织、生物化学仪器、疾病模型图等都在这里了。所有素材由PPT制作,每个部件都可以进行编辑,可以根据自己需要更改配色,增添内容,任意组合,放大缩小不改变清晰度。


这样我们就可以轻轻松松搞定绘图。以上素材如下即可免费下载:


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那都有哪些素材呢?一共是12个模块素材,具体如下,为了全部截图,所以有点小,大家可以点击下图放大看!


1、传染病学绘图素材:



2、分子生物学图片素材:



3、骨骼绘图素材:



4、疾病风险绘图素材:



5、临床医疗绘图素材:



6、神经学绘图素材;



7、生理学绘图素材:



8、实验室设备绘图素材:



9、细胞生物学与组织学绘图素材:



10、心脏和循环系统绘图素材:



11、医学常用绘图素材:



12、其他医疗绘图素材:



以上就是所有的素材,以后我们用于SCI作图、课题汇报作图、申报基金作图,这些都是能用的到的。大家先下载到电脑收藏起来,以后总用得着!如下免费:






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