1️⃣ 背景介绍 📖
研究背景
抗微生物耐药性（AMR）是一个全球公共卫生的重大挑战。食品生产系统，尤其是植物源性食品，在AMR传播中扮演着重要角色。通过16S rRNA基因测序和宏基因组枪法测序，该研究分析了甘蓝样品的微生物多样性和抗生素耐药基因（ARGs）。研究表明，不同地区的微生物群组成及ARG分布存在显著差异。
问题描述
- 农业实践与耐药基因的关联
传统化肥的使用与大肠杆菌细菌中ARG的高发生率相关，而不同的施肥方法影响显著。 - 储存条件对微生物群的影响
储存条件（温度、是否清洗等）显著影响微生物动态，高温储存促进了Klebsiella pneumoniae的生长。
研究目的
本研究旨在揭示食品生产系统（特别是植物源性食品）如何促进AMR传播，探讨农业实践和储存条件对ARG及相关微生物群的影响。
🎯 核心研究问题
- 区域间甘蓝微生物群及ARG分布如何变化？
- 传统农业实践如何影响ARG的传播与发生率？
- 不同储存条件下甘蓝微生物群的动态变化机制是什么？
- 如何通过优化农业和食品储存实践降低ARG传播风险？
🌟 研究意义
理论意义
- 微生物与ARG的生态关联
揭示食品微生物群如何影响抗生素耐药性基因的动态变化。 - ARG传播的调控机制
提供关于食品储存和农业实践如何影响AMR传播的新见解。
实际意义
- 农业优化
为改善农业施肥和食品储存方式提供理论依据，以减少ARG在食品链中的传播。 - 公共卫生改进
提高食品安全性，减轻由耐药菌传播引起的公共卫生压力。
🧪 研究设计
样本采集与处理
- 样本来源
从韩国两个主要甘蓝生产地区（光州和骊州）采集了60份样本，每地区选取3个农场。 - 处理方法
甘蓝样本使用缓冲蛋白胨水预处理，随后进行细菌分离、DNA提取和浓缩。
实验设计
- 区域对比
比较不同地区的微生物群组成及ARG分布。 - 储存条件实验
研究不同温度和清洗条件对甘蓝微生物群动态的影响（例如4℃冷藏与30℃常温）。
数据分析
- 基因组测序与注释
使用16S rRNA基因测序分析微生物多样性，并通过宏基因组枪法测序进行抗生素耐药基因的鉴定。 - 生物信息学分析
通过SILVA数据库对序列进行分类比对，并使用OmicsBox工具进行功能注释。
🌟 预期成果
- 区域间差异
传统农业实践可能导致ARG的区域差异性分布。 - 储存条件影响
发现储存条件对微生物群动态变化及ARG传递的显著影响。 - 食品安全策略
提出降低ARG传播风险的农业和食品储存优化措施。
💡 未来展望
应用前景
- 农业应用
推广低ARG风险的农业施肥实践。 - 储存优化
开发适合植物源性食品的低风险储存方法。
研究拓展
探讨更多食品中微生物与ARG的关系。 评估跨地区不同农业系统对ARG传播的影响。
