项目管理
从资料归档入手
做科研总绕不开有关数据的问题：刚收完数据，如何整理、备份数据？完成项目、发表论文时，如何公开数据？在项目结束后，如何保存数据？
万一某个步骤出了纰漏，会发生什么呢？
不妨试想一下，你在很多年前发表了一篇论文，却在很多年后收到了一封邮件，希望你能提供当年用到的原始数据。然而，你看了看自己的硬盘——可用空间只剩下了一小部分，储存了几年来不知道多少个实验、多少个项目的数据与文档。光要从这堆文件中找到当年的论文资料，就得花上不小的力气，更别提万一数据已经删除，前面找半天都是白忙活一场。
——早知如此，当初就应该做好项目管理了。
PART 01
什么是项目管理？
那么，科研项目管理会涉及到哪些内容呢？它既涵盖了从课题申请立项、组织实验，到最后产出成果、发表论文等学术科研的基本流程，也包括数据整理、资料归档、材料公开等看似细枝末节，实则至关重要的工作。
优秀的科研项目管理不仅能推动课题如期进行，而且能帮助科研人员减少不必要的麻烦，比如更换设备或保存不当带来的数据丢失，还能方便其他研究人员寻找本项目的相关资料，或进行可重复性研究。
在这方面，周先庚*先生为我们树立了良好的榜样：
*周先庚（1903.08.10-1996.02.04），心理学家，汉字心理学和中国实验及应用心理学的奠基人，中国工业心理学和中国军事心理学的先驱。图经准许转载，来自中科院心理所卫垌圻老师的分享。
这是一份跨越了70多年的珍贵实验档案，是周先庚先生于1949年亲笔写下的实验记录，详细记录了实验的时间地点、主试被试、材料方法、实验结果。尽管历史悠久，但当我们阅读这份手迹，其内容清晰可见、一目了然，还能为后来者参阅。
而如今，资料归档远比周先生的时代容易太多太多，与此同时，作为科研项目管理的重要部分，各大高校、科研院所也越来越强调项目中的资料汇总、存档与公开等工作。
中国科学院关于学术论文数据提交汇总的通知
PART 02
数字化时代的资料归档
那么，在数字化时代，我们该怎么做？
数字化时代的资料归档不应当仅局限于保存实验资料，更重要的是以更简易、更清晰的组织层次，以网络为载体，让研究变得更公开、更透明，让其他研究人员也能轻松找到我们的实验资料，明白我们的资料组成，真正践行Open Science。
接下来将为大家介绍两种资料归档的方案—— TIER与BIDS。
1. TIER
TIER，全称为 Teaching Integrity in Empirical Research。
Project TIER旨在给定标准化的项目资料的分类归档方案，进而提高研究的透明度、可重复性。
在最新推出的TIER Protocol 4.0中，一个项目文件夹需要包括五个主要部分：
（1）The Read Me File
Read Me File是整个项目文档的用户指南。当他人想查看项目文件夹时，他们需要先阅读Read Me File。它必须具备3个部分：实验使用的软件与平台信息，项目文档大纲，如何复现该研究。
（2）研究报告/论文
（3）数据
数据文件夹中必须包含原始数据（Input Data）、预处理后的数据（Analysis Data）；另外可以根据项目负责人的需要，添加中间数据（Intermediate Data）。
（4）脚本
脚本文件夹需要包括四类内容：
a）预处理脚本：在正式分析前，对数据进行预处理时所使用的命令。
b）数据附录脚本：数据附录中呈现的图表、描述性统计数据所使用的命令。
c）分析脚本：实验论文、报告中呈现的图表和其他计算输出所使用的命令。
d）主脚本：按照完整的数据处理与分析的顺序，运行以上脚本时所使用的命令。
（5）输出
输出文件夹需要包括：结果、数据附录。二者分别存放相应的图形、表格或将在报告中呈现的其他结果。
根据TIER Protocol 4.0，最后得到的完整项目存档目录如下：
此外，TIER还可以搭配Open Science Framework（OSF）一起使用。
OSF是一个免费、开放的平台，它的功能包括：
（1）提供一个受到认可的预注册平台，并进行项目公开；
（2）提供免费的数据存储空间，可以直接按照TIER对项目进行管理和归档；
（3）可以进行多人远程协作；
（4）与其他开源的平台无缝结合，比如github。
2. BIDS
TIER给理工、社科类项目提供了清晰的资料归档方案。然而，在心理学、认知神经科学等领域，研究者们常常会收集神经影像及行为数据，这类数据包含多种多样的数据类型，既不能完美契合TIER的归档方案，长久以来又没有像TIER一样广泛认可的归档方案。于是，BIDS应运而生。
BIDS，全称为 Brain Imaging Data Structure，是针对是神经影像及行为数据而提出的资料命名与归档方案，目前最新版本为v1.8.0。
在BIDS中，通用的文件夹层次结构有四个主要级别（左图），它们是：
Project-Subject-Session-Datatype
除了顶级project文件夹外，所有子文件夹的名称都具有特定的结构。右图是此层次结构的示例：
BIDS需要为数据添加注释，注释是指与数据直接关联的元数据，包含以下几个方面：
（1）数据集来源
（dataset_description.json）
dataset_description.json是一个顶级文件，提供有关数据集来源、资金和引文信息的详细信息。
（2）数据集描述（README）
README文件是一个顶级文本文件，提供数据集的实际概述。对于数据的用户来说，全面的分析README至关重要。
（3）Subject注释（participants.tsv和participants.json）
participants.tsv文件是顶级制表符分隔值文件，提供主题信息，例如年龄、性别和惯用手。数据集中的每个主题都应在中具有一行participants.tsv。
participants.json是一个顶级文件，每种类型的元数据都在participants.tsv的列中提供，participants.json提供有关列数据的性质。
（4）Session注释
在Session级别，可选的sessions.tsv和sessions.json文件可用于添加适用于整个会话的注释。
（5）Scans/run注释
在扫描或运行级别，可选的scans.tsv和scans.json文件可用于添加适用于整个运行的注释。
标准的BIDS数据归档目录如下：
由于神经影像的技术多样，包括EEG、fMRI等，它们的数据内容存在差异。为此，BIDS为不同的脑成像数据制定了不同的数据归档方案，具体可查阅文末的“BIDS入门说明”链接。
与BIDS配套使用的数据公开平台为OpenNEURO。
与OSF的功能类似，OpenNEURO是一个在线的神经影像数据共享平台，研究人员可以在这里分享、查找和分析神经影像数据集。这个网站也提供了一些教程和工具，帮助研究人员处理和分析神经影像数据。
以下是OpenNEURO的基础使用方式：
进入OpenNEURO官网后，可以点击上方的SEARCH版块查看已上传的数据集，并可以通过左侧的筛选栏，筛选出自己需要的数据集。
关于下载数据集，OpenNEURO主要提供了两种下载方式：
一种是下载完整的数据集。它可以选择由浏览器下载，也可以根据数据集的情况，选择S3、Node.js、DataLad、shell script等方式下载。
在下载完整的数据集时，由于数据集通常比较大，一定要保证自己拥有足够的存储空间。
另一种是根据自己的需要，下载数据集的部分内容：
如果需要上传自己的神经影像数据，则可以点击UPLOAD版块，选择要上传的数据集目录。
系统会按照BIDS自动检查文档目录，如果上传的数据集不符合BIDS的要求，则会指出其中不符合要求的部分：
选择符合BIDS要求的数据集后，填写元数据信息，同意OpenNEURO平台条款，即可上传自己的数据集。
PART 03
Tips
这篇文章简要介绍了两种常用的资料归档方案，大家如果对它们感兴趣，可以点击文末的网站链接了解更多有关科研项目管理的内容。
以上内容，希望能帮助大家更系统、更高效地完成资料归档与科研项目管理。
从资料归档入手，跟杂乱的数据文件夹说拜拜吧！
相关网站链接：
TIER：
https://www.projecttier.org/
OSF：
https://osf.io/
BIDS官网：
https://bids.neuroimaging.io/index.html
BIDS入门说明：
https://bids-standard.github.io/bids-starter-kit/folders_and_files/folders.html
OpenNEURO：
https://openneuro.org/
【End】
文字：Yilei 排版：Iris 审核：Iris,Haiyan | |
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