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一、农产品增值税适用税率为9%（一般纳税人）
注意：像以粮食为原料加工的速冻食品、方便面、玉米蛋白粉等，以及熟制的水产品和各类水产品罐头，精制茶、水果罐头、中成药、酸奶等不属于“农产品”范围。
二、农产品免税的情况
1. 销售自产初级农产品
2. 农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品
3. 采取“公司+农户”经营模式销售畜禽
4. 制种企业在特定生产经营模式下，生产销售种子
5. 从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜
6. 部分鲜活肉蛋产品
三、凭票抵扣
1. 一般纳税人开具的增值税专用发票；
2. 海关进口增值税专用缴款书；
3. 从按照3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票；
4. 农产品收购发票或销售发票
很多人对农产品销售发票比较陌生，这里解释一下：
农产品销售发票是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票，不包括批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票和小规模纳税人开具的增值税普通发票。
四、核定扣除
农产品增值税进项税额核定扣除，是指为加强农产品增值税进项税额抵扣管理，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，而是采用一定的进项税额核定方法进行抵扣。大部分地区采用投入产出法核定农产品增值税进项税额。
依据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条：
“纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”
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农产品收购发票 是指收购企业从农产品生产者个人手中收购其自产农产品，由于生产者自身无法开具发票，而由收购企业“自己给自己”开的一种发票。
收购发票其实样式就是增值税普通发票，特点是发票左上角会打上“收购”两个字。自己给自己开票抵扣，这就是这个收购发票的特色，所以当然也管控非常严格，否则虚开就会泛滥。
取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额
农产品收购发票进项税额=买价×9%就是进项税额
以上图为例：
可抵扣税额=1000*9%=90元
入库不含税金额（原材料金额）=1000-90=910元
相关优惠政策
依据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条：
“纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”
也就是说，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率，比一般规定的9%扣除率，再加计1%的扣除率。
当月可加计扣除税额=（当期生产领用农产品抵扣税额÷9%）*1%
案例：甲公司是一家木头加工企业。8月向农民收购原桉木50吨，单价200元，我公司开具收购票给农民总金额为10000元，现金支付货款。假如8月份生产领用50吨，用于木头加工生产。
1.收到发票时
借：原材料 10000-900=9100
应交税费-应交增值税-进项税额 10000*9%=900
贷：库存现金 10000
2. 领用原材料
借：生产成本-基本生产成本-直接材料 9100-100=9000
应交税费-应交增值税-进项税额（加计扣除） 900÷9%*1%=100
贷：原材料 9100
3.产品入库
借：库存商品 9000
贷：生产成本-基本生产成本-直接材料 9000
4.本月该批原桉木可抵扣税款=900+100=1000元
农产品销售发票 农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。跟上面农产品收购发票不同的是，这类农业生产者是单位性质，可以自行开具发票，所以无需再由收购者代开，发票左上角没有“收购”二字。
一般纳税人销售自产的农产品，开具免税的增值税发票，购进方按照9%抵扣；
注意：纳税人在开具时税率应当选择“免税”，而不是“0%”，虽然免税和零税率都不征增值税，但两者的意义不同，纳税人要注意两者的区别。
农产品销售发票进项税额=买价×9%就是进项税额
进项税额的计算抵扣跟收购发票相同，不再赘述。
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