前述,我更新了一个功能《GSAman | 批量导出基因结构与支持证据截图,超快速大规模筛选成为可能!》。这个功能可以基于:
用户输入的一系列染色体区间;
或用户输入的 GFF3/GTF 文件(一般是筛选出某些感兴趣的基因或者转录本对应的注释,GSAman会自动按照基因为单元处理)
于是,假定我们有几十个感兴趣的基因,我们想看看注释靠谱不靠谱,那么我们就可以直接快速看。大体如下
看看图片还是很快的。而且还可以当教程....要知道,如果一个一个等着加载,还是非常麻烦的,如果是小笔记本。现在,你可以在大型工作站上导出一个晚上的图,那么完全可以导出几万张..... 筛选出要矫正的再逐个处理呗....
昨晚和早晨,办公室远程电脑不知道为啥就咔嚓了。于是我就没法干活了。只能瞎想。折腾了有的没的,也尝试了一些想法,想提供更好的区间分享和查看服务。but,我失败了。不过我突然转念一点,为什么 GSAman 支持 BED 输入,和 GFF3/GTF 输入?我就不直接支持一下用户的 基因ID列表或者转录本ID列表输入呢?
不是很蠢吗?为什么要让用户做多余的操作,如果 GFF3/GTF 输入只是为了截取基因对应的图?用户直接输入 ID 列表不好吗?
好了好了,远程找小伙伴搞定之后,我花了十来分钟....搞定。
以后就方便了,比如.....
写在最后
到底,我们提供更好的工具,其实是为了让更多人做出更高质量的发现,或者只是少走一些弯路,节省一些时间,也节省一些经费。