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2024年8月,PubPeer论坛上对中国医科大学附属盛京医院多篇论文的质疑引发广泛关注。这些论文涉及该院多个科室,包括:泌尿外科、胃肠营养外科、口腔颌面外科、超声科、妇产科、骨科和消化内科,主要被质疑的原因是图像重复使用,部分论文与已发表文章存在多图重复的情况,疑似与“论文工厂”相关。以下是八月份被质疑的文章清单,可能并不完整:
1. 泌尿外科论文
2023年5月评论人Hoya camphorifolia指出:
从左上角顺时针,依次为:
本文图 4F(下图) 图 5K 来自 "Long Non-coding RNA MIR570MG Causes Regorafenib Resistance in Colon Cancer by Repressing miR-145/SMAD3 Signaling" (Wei et al 2020) 图 5E 来自 "Long Non-coding RNA CCAT1 Acts as an Oncogene and Promotes Sunitinib Resistance in Renal Cell Carcinoma" (Shan et al 2020)
[左] 本文 图5D(下图) [右] 图 4F 来自 "Fangchinoline targets PI3K and suppresses PI3K/AKT signaling pathway in SGC7901 cells" (Tian et al 2015)
两条条带出奇地相似。此处已调整为相同的比例:
图 4F 来自 "Ursolic acid suppresses the biological function of osteosarcoma cells" (Pei et al 2019),也与以上图像高度相似
2024年8月评论人Hoya camphorifolia质疑以下流式细胞图重复:
本文图2C,5B(下图
图 4F,G 来自 "Sulfated polysaccharide of Sepiella maindroni ink targets Akt and overcomes resistance to the FGFR inhibitor AZD4547 in bladder cancer" (Shan et al 2019)
图 2C, 3C 来自 "The role of Zeb1 in the pathogenesis of morbidly adherent placenta" (Li et al 2019) 图 6B 来自 "miR-489 promotes apoptosis and inhibits invasiveness of glioma cells by targeting PAK5/RAF1 signaling pathways" (Wang et al 2019) [已撤稿]
2. 胃肠营养外科和社会服务部合作论文
2022年8月评论人Hoya camphorifolia发布:
2022年8月2日本文被撤稿:
应作者的请求,《Cancer Management and Research》的编辑和出版方决定撤回该已发表的文章。作者提出了对图4中的多张迁移和侵袭图像重复的担忧。具体如下:
图4A中的MCF-7细胞30 µM处理组似乎与图4B中的MCF-7细胞30 µM处理组图像重复。 图4B中的MCF-7细胞DMSO处理组似乎与图4B中的MCF-7细胞10 µM处理组图像重复。 图4C中的MDA-MB-231细胞DMSO处理组似乎与图4D中的MDA-MB-231细胞30 µM处理组图像重复。 图4C中的MDA-MB-231细胞10 µM处理组似乎与图4C中的MDA-MB-231细胞30 µM处理组,图4D中的MDA-MB-231细胞DMSO处理组,以及图4D中的MDA-MB-231细胞10 µM处理组图像重复。
作者无法对图像重复的原因提供令人满意的解释,也无法提供研究的原始数据。编辑同意作者的请求撤回该文章。
我们的决策依据了关于出版伦理和完整性的政策以及COPE的撤稿指南。
撤回的文章将继续在线保留,以维护学术记录,但每一页都会添加“已撤稿”的数字水印。
通讯作者Lin Guo回复道:
在检查我们的文章时,我们发现迁移和侵袭实验中的部分图像存在重叠。
我们积极与期刊编辑进行沟通,并告知编辑在《Oxymatrine通过PI3K通路抑制乳腺癌细胞的增殖和侵袭》(Cancer Manag Res. 2019 Dec 13;11:10499-10508. doi: 10.2147/CMAR.S221950)一文中,手稿的图4b、c、d存在问题。这些问题是由于作者不小心插入了视野部分重叠的图像导致的。我们对原始数据进行了全面检查,发现部分原始图像在放置时没有准确标注。作者选择了细胞簇清晰且数量可以精确计数的图像。在选择过程中,部分图像不适当地展示了。我们检查了原始数据,重复实验的结果和三个独立视野的观察结果表明迁移和侵袭能力有显著差异。结果与手稿中的结果一致。
我们向编辑提供了图4中收集的所有迁移和侵袭细胞图像以及本研究收集的所有western blot图像。
尽管图像重叠的问题对研究的结论和解释影响不大,但出于严谨的科学研究态度,我们决定撤回该手稿。
在与编辑沟通后,编辑同意了我们的撤稿申请。
我们再次感谢编辑们的辛勤工作。
2024年8月评论人Hoya camphorifolia再次指出:
此外,该结果与无关作者的论文共享。
本文图2B(下图)
图 4B 来自 "miR-495 inhibits the growth of fibroblasts in hypertrophic scars" (Guo et al 2019):
此电子表格可能相关:https://docs.google.com/spreadsheets/d/18lMMuUHWj-a4LAYcw1JF-zItpYU_DxeeRU-ss4XHS6A/edit?usp=sharing
3. 口腔颌面外科论文
论文1
2023年5月评论人Hoya camphorifolia指出本文结果与以下论文图像高度相似:
从上到下依次为:
图4A 来自 "miR-627-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by targeting PTN" (He et al 2019) 本文图 4B 本文图 5A
从上到下依次为:
图 4A 来自 "miR-627-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by targeting PTN" (He et al 2019) 图 4B from He et al,2019 本文图 5A 本文图 5B
[左]图 2D 来自 "Sulfated polysaccharide of Sepiella maindroni ink targets Akt and overcomes resistance to the FGFR inhibitor AZD4547 in bladder cancer" (Shan et al 2019). [右] 本文图 3D
两条条带在水平翻转后重叠。下方左侧是对齐的图像,右侧是高对比度版本,以强调相似的背景纹理。
通讯作者Liping Zhang对此回复道:
亲爱的Hoya camphorifolia,
感谢您指出我们的问题。我们会尽快核实原始数据,如果发现任何问题,我们将尽快联系杂志以寻求解决方案。
再次感谢您的批评。
评论人Hoya camphorifolia指出以下流式细胞图和western blot图像同样存在问题:
[左] 本文图 4A,B [右] 图 2E,F 来自 "Naringin targets Zeb1to suppress osteosarcoma cell proliferation and metastasis" (He et al 2018)
图 2A,B 来自 "Naringin suppresses the growth and motility of hypertrophic scar fibroblasts by inhibiting the kinase activity of Akt" (Song et al 2018)
绿色框内的图像与[顶部一行]与来自 "Effect of THBS1 on the Biological Function of Hypertrophic Scar Fibroblasts" (Jiang et al 2020) 的图4D相匹配.
图3C 来自 "Oxymatrine suppresses the growth and invasion of MG63 cells by up-regulating PTEN and promoting its nuclear translocation" (He et al 2017)
图 4C, D and 6C 来自 "miR-141-3p is a key negative regulator of the EGFR pathway in osteosarcoma" (Wang et al 2018)
以下western blot图像存在重复:
从左到右依次为:
图 5B 来自 "miR-548d-3p inhibits osteosarcoma by downregulating KRAS" (Chen et al 2019) 图 1G 来自 "miR-141-3p is a key negative regulator of the EGFR pathway in osteosarcoma" (Wang et al 2018) 本文图 4C
绿色框标记的条带也出现在[右侧]"Organic Gallium Treatment Improves Osteoporotic Fracture Healing Through Affecting the OPG/RANKL Ratio and Expression of Serum Inflammatory Cytokines in Ovariectomized Rats" (Wang et al 2018)的图4E中,且在该处进行了水平翻转。
2024年8月该评论人进一步发现:
从左到右依次为:
图 1F 来自 "MiR-411 suppresses the development of bladder cancer by regulating ZnT1" (Liu et al 2018) 图 5B 来自 "miR-548d-3p inhibits osteosarcoma by downregulating KRAS" (Chen et al 2019) 图 1G 来自 "miR-141-3p is a key negative regulator of the EGFR pathway in osteosarcoma" (Wang et al 2018) [已撤稿] 本文图 4C
论文2
2024年8月评论人Hoya camphorifolia指出:
[左] 图 5A 来自 "The tumor suppressive roles of ARHGAP25 in lung cancer cells" (Xu et al 2020) [右] 本文图 3B
对照组条带在水平翻转和轻微缩放后惊人地相似。
2024年9月该评论人进一步发现:
[左]本文图 S1 [右] 图 6A 来自 "Electroacupuncture Promoting Axonal Regeneration in Spinal Cord Injury Rats via Suppression of Nogo/ NgR and Rho/ROCK Signaling Pathway" (Xiao et al 2019)
4. 超声科和妇产科合作论文
2024年8月评论人Hoya camphorifolia指出本文免疫组化和western blot结果多图与已发表论文高度相似:
[左] 图4A 来自 "miR-194 is a negative regulator of GEF-H1 pathway in melanoma" (Guo et al 2016) [右] 本文图4F
[左] 本文图 4E [右] 图 5A 来自 "miR‑593 inhibits proliferation and invasion and promotes apoptosis in non‑small cell lung cancer cells by targeting SLUG‑associated signaling pathways" (Wei et al 2019)
[左] 本文图 4B [右] 图 5B 来自 "miR‑489 promotes apoptosis and inhibits invasiveness of glioma cells by targeting PAK5/RAF1 signaling pathways" (Wang et al 2019) [已撤稿]
[左] 本文图 3A [右] 图 3F 来自 "Effects of mild intrauterine hypoperfusion in the second trimester on memory and learning function in rat offspring" (Yin et al 2020)
5. 妇产科论文
2024年8月评论人 Hoya camphorifolia 指出本文流式细胞图与其他论文结果高度相似:
以下是本文图2C和3C
图6B 来自 "miR-489 promotes apoptosis and inhibits invasiveness of glioma cells by targeting PAK5/RAF1 signaling pathways" (Wang et al 2019) [已撤稿]
图2C, 5B 来自 "LncRNA HAND2-AS1 exerts anti-oncogenic efects on bladder cancer via restoration of RARB as a sponge of microRNA-146" (Shan et al 2021)
图 4F,G 来自 "Sulfated polysaccharide of Sepiella maindroni ink targets Akt and overcomes resistance to the FGFR inhibitor AZD4547 in bladder cancer" (Shan et al 2019)
6. 骨科和消化内科合作论文
2024年8月评论人Aphilanthops foxi指出:
本论文与另一篇论文有几个明显的相似之处:
1. Yin et al "MiR-135-5p promotes osteoblast differentiation by targeting HIF1AN in MC3T3-E1 cells"
2. Zhou et al "MicroRNA-1-3p enhances osteoblast differentiation of MC3T3-E1 cells by interacting with hypoxia-inducible factor 1 α inhibitor (HIF1AN)"
相似之处包括但不限于:
1. 研究HIF1AN在MC3T3-E1细胞中的作用
2. 使用完全相同的错误引物扩增snRNA U6(这些引物实际上是针对SNRNP27信使RNA的)
3. 结构上的相似性。例如,类似的图1A面板,具有完全相同的时间点;图2/3的Western blot面板相似,具有相同的泳道顺序和相同的目标蛋白。
该评论者进一步指出:
这篇文章是迄今为止已被确认的超过150篇论文之一,这些论文报告在扩增U6 snRNA(一种非编码RNA)时使用了不恰当的引物,通常将其作为定量PCR实验中的“管家基因”。最常见的情况是,材料和方法部分列出的引物实际上针对的是信使RNA(如LSM5、LSM6、SNRNP27或POU6F1/2),而不是U6。此外,这些文章的特点是使用了相同的错误引物序列,尽管没有发现共同的商业来源,也没有任何一篇原始文献被普遍引用为错误序列的来源。
由于不同研究团队(有些案例甚至跨越十多年)独立犯下相同的错误——将snRNA U6误认为信使RNA并设计出完全相同的错误引物(考虑到每个目标有数百或数千种可能的引物组合)——的可能性极低,因此这些文章可能存在其他共同因素。
我在许多属于该组的论文中观察到以下一种或多种情况。请注意,并非所有论文都具备这些特征,且部分论文可能不符合任何一项:
1. 大多数论文描述了microRNA、lncRNA和/或circRNA对特定“轴”或通路的调控。
2. 许多论文除了U6外,还存在qPCR引物问题。
3. 许多与miRNA相关的论文没有描述miRNA特异性cDNA生成步骤,这是测量miRNA所必需的前提,或者在引物层面显示出对miRNA特异性检测的混淆。
4. 许多论文只选择了一个或两个目标(如miRNAs的信使RNA靶标或circRNAs的miRNA靶标)进行研究,几乎没有任何合理的解释,尽管预测软件可能返回数百或数千个可能的目标。
5. 一些论文不合理地报告在不存在相应miRNA的生物体和/或组织中测量和操纵了该miRNA。例如,在啮齿动物的心脏中研究一种灵长类特异性或胎盘特异性的miRNA。
6. 一些论文已被撤回,许多论文在PubPeer上有非引物相关的评论,许多评论与图像重复问题有关。
7. 许多论文遵循某些人认为可辨认的图形和/或图像面板的模式,或方法与插图的常见应用。
7. 骨科论文
2023年5月评论人Hoya camphorifolia指出:
从左到右依次为:
图 4D 来自 "miR‐627‐3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by targeting PTN" (He et al 2019) 图 4C 来自 "MicroRNA‐506‐3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by suppressing RAB3D expression" (Wang et al 2018) 本文图 3C,D
图 4A,B 来自 "Apigenin inhibits growth and migration of fibroblasts by suppressing FAK signaling" (Wang et al 2019)
本文图3E,F [左] 图 1H,I 来自 "Apigenin inhibits growth and migration of fibroblasts by suppressing FAK signaling" (Wang et al 2019) [右] 图 4A, 5B 来自 "miR-627-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by targeting PTN" (He et al 2019)
[上] 图 5D 来自 "Sulfated polysaccharide of Sepiella maindroni ink targets Akt and overcomes resistance to the FGFR inhibitor AZD4547 in bladder cancer" (Shan et al 2019) [下] 图 5B 来自 "MicroRNA-506-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by suppressing RAB3D expression" (Wang et al 2018)
[左] 图 4B 来自 "MicroRNA-506-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by suppressing RAB3D expression" (Wang et al 2018) [右] 图 4A 来自 miR-627-3p inhibits osteosarcoma cell proliferation and metastasis by targeting PTN" (He et al 2019)
[上] 本文图 6C [下] 图 5F 来自 He et al (2019)
从左到右依次为:
本文图 5B 图 1G 来自 "miR-141-3p is a key negative regulator of the EGFR pathway in osteosarcoma" (Wang et al 2018) 图 4C 来自 "MicroRNA-141 suppresses growth and metastatic potential of head and neck squamous cell carcinoma" (Zhao et al 2019)
2024年8月评论人Hoya camphorifolia指出:
从左到右依次为:
图 1F 来自 "MiR-411 suppresses the development of bladder cancer by regulating ZnT1" (Liu et al 2018) 本文图 5B 图 1G 来自 "miR-141-3p is a key negative regulator of the EGFR pathway in osteosarcoma" (Wang et al 2018) [已撤稿] 图 4C 来自 "MicroRNA-141 suppresses growth and metastatic potential of head and neck squamous cell carcinoma" (Zhao et al 2019)
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