《新世纪福音战士》中的“人类补完计划”是一个复杂而多层次的概念，它涉及到作品中对人性、存在以及宇宙本质的深刻探讨。在《新世纪福音战士》的世界观里，一种名为“使徒”的生物体不断袭击人类，威胁着地球的安全。这些使徒被认为是亚当分裂出来的生命形式，它们试图回归到亚当之树，从而完成某种形式的生命循环或进化。人类补完计划最初的一个目标就是通过与莉莉丝的接触，激活最终教条区域内的力量，以此对抗使徒并保护人类免受灭绝。
根据设定，所有人类的灵魂都源自于莉莉丝，而肉体则来自于亚当。这种二元论导致了人类内心的不完整和孤独感。人类补完计划旨在将所有人的灵魂重新融合回莉莉丝，消除个体之间的隔阂，让每个人都能体验到与他人无间的联系，解决由分离带来的痛苦。这被视为是一种精神上的救赎，能够治愈人类内心深处的创伤。更深层次地讲，人类补完计划追求的是一个没有个人边界的世界，在那里所有的思想、记忆和经验都被共享。这意味着创造一个全新的存在状态——所有人作为一个整体存在，不再有你我之分。从这一角度来看，计划试图超越现有的社会结构和个人身份概念，构建出一个基于共同意识的新世界秩序。
从更加哲学性的视角来看，人类补完计划还反映了对于进化的思考。它暗示着当前的人类形态可能只是暂时的状态，通过补完过程可以达到更高层次的存在方式。这是一种超脱物质束缚、进入纯粹精神层面的转变，类似于宗教中的天国理想。需要注意的是，《新世纪福音战士》并没有明确表示人类补完计划是唯一正确的解决方案；相反，该作通过对不同角色的选择及其后果的展示，鼓励观众反思关于自我牺牲、群体利益和个人幸福之间复杂的平衡问题。因此，虽然表面上看人类补完计划似乎是为了全人类的利益而设，但其实际效果及道德正当性在整个故事中都是被质疑的对象。
根据作品设定，人类补完计划旨在通过将所有个体意识融合成一体来解决人类面临的一系列问题，包括使徒带来的威胁以及人类内心深处的孤独感。这一过程理论上能够消除痛苦、冲突及隔阂，创造一个没有悲伤的世界。然而，这种统一意味着放弃个体性——即每个人独特的思想、记忆和经历都将消失，被一种共享的存在所取代。
最直接地反映了人类补完计划反人类的一面在于它试图抹去人们之间的差异，把所有人变成同质化的存在。这实际上是否定了构成我们作为独立个体价值的核心要素。尽管该计划声称是为了全人类的利益而设计，但其实并没有真正征求过大多数人的意见或同意。从某种角度来看，这是一种极端形式的社会工程学实验，忽视了个人意愿与选择权。
虽然计划宣称可以带来和平和谐的新世界，但这基于一个过于简化且理想化的假设——即所有人都愿意牺牲自我以换取集体幸福。然而，在现实生活中，不同人对于“幸福”的定义千差万别，强行统一只会导致更多矛盾和不满。最终而言，人类补完计划质疑甚至否定了自由意志的价值。如果每个人都只是更大整体的一部分而失去了作出自己决定的能力，那么所谓的‘新世界’也就失去了其意义所在。
《新世纪福音战士》中的“人类补完计划”虽然打着拯救世界的旗号，但在本质上却是一种极端手段，企图通过对个体性的彻底摧毁来达到所谓的大同社会。这样的构想不仅违背了人类社会多元化发展的自然规律，也忽略了每个人作为独立生命体所拥有的不可替代的价值。因此可以说，这个计划实际上是站在了传统意义上人性化理念对立面的位置上。
