肾是人体的重要脏器之一，为人体先天之本。对此，中国传统医学与当代西方医学各有不同认识。西方医学认识的肾，只是中国道医学所指肾的显态部分，即解剖学上具泌尿功能的可见之肾，把肾与膀胱、输尿管、尿道称为“泌尿系统”。而传统中医把内肾之窍的外肾定为“生殖系统”。认为泌尿之肾与生殖系统是相互独立的两个系统。
道医学所指的肾，不但包括解剖学上所指的泌尿之肾，还包括无形有质之肾——命门，即“内肾”。肾的主要生理功能是藏精，主生长、发育与生殖。《仙经》曰：是以人未有此身，先生两肾……命门天一生水。《灵枢•本神》云：“生之来，谓之精。”由是可见，肾藏先天之精。《素问•上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之。”又可见，肾且能藏后天之精。
肾藏精之功能主要体现在内肾和下丹田。内肾和丹田在解剖学上是不存在的，是古人在修身慧观中发现的隐态生理组织。《景岳全书》指出，“北方黑色，入通于肾，开窍于二阴。是可见北门之主，总在乎肾，而肾之政令，则总在乎命门。”《类经图翼》曰：“肾藏者，主先天真一之气，北门锁钥之司也。而其所以为锁钥者，正赖命门之闭固，蓄坎中之真阳，以为一身生化之原也。《天轮地煞图》明确标示，丹田为气海，丹田之元气为肾水，坎宫真水，肾水真元气海之谓。”
内肾主生殖。《难经•三十九难》云：“其左为肾，右为命门。命门者，诸精神之所舍也。男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通。”此说明人体的生殖机能在于命门中真火能量的强弱。命门为元气之根，水火之宅。脏腑之阴阳皆以命门之元阴元阳为根本，命门之元阴元阳即为肾阴肾阳。无怪乎有人把内肾喻为人体内最大的一座“大型水力发电站”。生殖之精的分泌和贮藏，由肾气和其所分化的肾阴和肾阳控制和调节。现代研究证实，肾阴肾阳是有物质基础的。肾虚可造成下丘脑——垂体——腺轴等各环节功能紊乱。而下丘脑、垂体、性腺与生殖功能密切相关。
肾在后天的生理功能，主要是排出体内的代谢产物，包括对人体有害的毒性物质；产生多种激素，参与调节血压和造血等生理功能；调节水、电解质，以及酸碱的平衡等等。这些功能对人体十分重要，如果这些功能受损，将危及人体生命。内丹修炼所用乃生殖肾之先天。“人体结丹与脏腑气化的关联在于肾……修炼内丹的过程，实际上是一个养肾的过程。它是肾脏中所生之精（指生殖之精）通过心意在体内气化结丹的过程。”（玉昆子）由肾所净化的血液，可看作后天之水。后天之水可化生后天之精，而后天之精又是先天元精产生的保障。《先天派诀》说：“……下通任脉至脐下一寸三分，下通睾丸宫，为生阳精之府，延嗣之经。……阴精经过睾丸，即含有精虫。精虫内含之气名曰先天祖气。”我们知道，睾丸所生之精乃未成形之精子细胞，需经过附睾、输精管等促其成熟，方可成为具有活动能力的精子。由此可见，通过适当的火候，可使睾丸内的阳精化为先天之阳气，此即为炼精化气功夫的主要体现。
“精”在中国传统文化和医学中是一个重要概念。其具有广义和狭义之分。广义之精，泛指一切精微物质，包括人体内肾所藏的精气、脏腑之精、水谷精微、气、血、津液。《管子•内业》曰：“凡物之精，此则为生，下生五谷，上为列星，流行于天地间……精也者，气之精也。”此说明精充于自然界。《素问•金匮真言论》曰：“夫精者，身之本也。”狭义之精，是指人体肾所藏的精气中的一部分具有生殖能力的物质，亦称为“生殖之精”。就人体而言，精又分为先天之精和后天之精。先天之精的一小部分禀受于父母的生殖之精，大部分是在16岁之前，由体内的先天生理机制从天地中获取。后天之精的一部分来源于水谷之精气，一部分来源于空气中清气转化之宗气。再就是脏腑生理活动中，化生的精气通过代谢平衡后的富余部分，通过经气的反馈传导而藏之于肾。
《黄帝四经》曰：“静则平，平则宁，宁则素，素则精，精则神。至神之极，见知不惑。”此说明只有在慧观而见素的前提下，才能观察到人体内的精宝。黄帝同时指出：“故能至素至精，浩弥无形，然后可以为天下正。”此说明精是有质无形的。
有些人认为，气为阳，精为阴。这只是在特定情况下，以清浊对待而言。由天人相应之理，秋冬为阴为体，春夏为阳为用。秋冬应肺肾，春夏应肝心。春夏所生发之阳正是秋冬所收藏之阳。冬应肾主藏。由此意义而言，肾所藏之“精”当为阳气，“精”可看作是阳气的一种蓄积状态。对此，张介宾先生曰：“不知精即水也，水即阳也。若以水火言，则水诚阴也，火诚阳也；若以化生言，则万物之生，其初皆水，先天后天，皆本于是，而水即阳之化也。何以见之？如水在五行则生于一天，水在六气，则属乎太阳，此水之为阴否？又若精在人身，精盛则阳强，精衰则阳痿，此精之为阴否？再若养生家所重者唯曰纯阳，纯阳之阳，以精言也。精若渗漏，何阳之有。”黄元吉先生曰：“精生即阳生。……要知人无精则无气无神，亦犹灯之无油则无火无光也。”（见《乐育堂语影》）
因为事物具有层次性，同一层次中之事物又可有不同之性状，故而事物就表现出复杂性。“精”当然也是如此。丹道中，由后天精到先天精的转变，其中也有诸多层面。《道窍谈》指出：“初基以后天为妙用，然有可用之后天，即有不可用之后天。……从可用者依次言之，第一曰后天，第二曰后天中之先天，第三曰先天，第四曰先天中之先天。”黄元吉先生曰：“夫人身之精，不经火煅，概属后天交感浊精。……似此烹炼一番，将那后天有形之精忽然化为无精。（见《乐育堂语录》）”这里所指的“后天有形之精”，即为可用之后天。而后天精与先天精之区分标准即为有欲无欲。”精炁神三者，虽有先后之名，实无先后之别，不过有欲无欲之分而已。”（见《道门语要》）可用之精的从属转归在于心神。精乃气之精，精与气紧密相连。下手筑基时， 后天神与气交合而化生出阳精，此阳精即为后天可用之精所化，属后天之先天。人若动欲心，则情动而神动，神动而气随之，神气相合而化精。此精乃交媾之精，属不可用之后天。可见阳精与交媾之精均为神气所化生，但二者却有云泥之别，其原因即在于神之清静与否，生化为顺为逆。
炼精化炁之“精”非后天之精，乃先天之无形无相的吾人之原始总能力也。藏于五脏六腑，四肢百骸，融贯一身。无念、观照化为轻清之阳炁。此无形之精分为三种层次，一、性精。神动之性阳生也，此精属内，属心神之范围，又谓离中真阴也；二、命精。命阳生也。属彼属炁之范畴，肾中真阳，坎内阳炁也。三、元精。亦即元炁、元神也。三者本为一体，一而三，三而一。一者为混元，为体，三者为分灵，为用。其为先天真阴真阳交合而后产生的生机妙用，丹经谓为“一点”、“一黍”，吾人一个完完全全的太极本体也。神在是，炁亦在是，其初萌动时，至微至细，叫做精，到腾发后，叫做炁。念动、情动化为后天形质之精。诸如汗、泪、涕、津、唾、生殖交感精等等。其中生殖之精与其他后天形质之精有所不同。生殖之精不但含有来自虚空之先天之气，还含有秉承于父母的具有遗传作用的全息信息因子，或者说先天之生命基因。以其来自后天之父母，又称其为后天中的先天。禀受于父母的先天之精炁是性命本源之物。所谓“天性之谓命，天命之谓性”即此。在后天，精气神是有区别的，精就是精，气就是气，神就是神。
丹经中，常见到“阴精”一词。其有多种义指。一指形成精子之前的气状物质。如“气穴在动静二脉之中心……人之血液至此窍化为白色，名曰阴精”。（见《先天派诀》）二指涕唾津液血气等有形之精。如“阳里阴精质不刚，独修一物转羸尪。”（见《悟真篇》）三指除目光以外的人身精华物。四指大脑泥丸、垂体所分泌的津液。如“脑中阴精，化为甘露神水。”（见《乐育堂语录》）五指先天之元精。如“此真阴真阳，会合成一，即是阴精。”（见《乐育堂语录》）
食物是人体后天精的重要来源。而后天精中藏有先天炁。《素问•阴阳应象大论》曰：“味归形，形归气，气归精，精归化。”《素问•六节脏象论》曰广天食（同‘饲’）人以五气（炁），地食（饲）人以五味。”《灵枢•本神》曰：“天之在我者德也，地之在我者炁也。”熊春锦先生认为：“地炁，就是信德能量为主体的能量物质。其实，地炁就是元炁，严格地说，就是我们体内的元炁。……人类间接获得炁的功能，主要是依赖于进食五谷菜蔬。”（《老子人法地思想揭秘》）赵避尘先生曰：“……果内有形之物，皆天地阴阳气化生，则所食的物品全是阴阳气之变相。当然，食物仍可化为先天阴阳真气。”（见《先天派谈》）可见，通过进补食物，可为身体补充后天精气乃至先天精炁。当然，进补食物时，应根据自身情况而对食物有所选择。
食物在人体内，除一部分被吸收和排出外，另有一部分留滞体内，滋生流弊。《丘袓秘传大丹直指》曰：“人吃五谷诸味，浊化为渣，清化为津，津又化为阴精，阴精不炼，便作怪想淫欲。只用丹田自然之风，吹动其中真火，火在下而水在上，水得火蒸，自然化炁而上腾，蒸透一身关窍，是为炼阴精而化真炁也。”当然，真正炼化阴精成为真炁，需有一定内修功夫为基础。若心纯神足，身中真息开通，则可炼化阴精。使阴精化气，气化凡甘露，凡甘露化血，血化精，精化真炁，而成玉液之药物。此即炼阴返阳也。
