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本文来源：桑格谈投稿
Nucleic Acids Research（NUCLEIC ACIDS RES，NAR）是Oxford University Press旗下的聚焦生化与分子生物学领域期刊，主要出版核酸和与核酸代谢、相互作用相关的蛋白质的前沿研究成果。CiteScore评分32.30，在分子生物学杂志中排名前2%，是该领域的顶刊。该期刊虽然非一区期刊，但是在领域内影响非常大，专业度认可高，对原创文章要求创新性较高。
https://academic.oup.com/nar
Nucleic Acids Research于1974年创刊，期刊ISSN为0305-1048，EISSN为1362-4962，出版商为AOxford University Press，是一本支持OA的半月刊。
高级执行编辑
Julian Sale
Email：jesnar@mrc-lmb.cam.ac.uk
机构：MRC分子生物学实验室，Cambridge, UK
领域：DNA损伤、表观遗传、免疫与癌症生物学
Barry Stoddard
Email：stoddnar@fhcrc.org
机构：Fred Hutchinson癌症研究中心，Seattle, WA, USA
领域：天然和工程基因靶向蛋白、蛋白质和酶工程、DNA限制性和修饰酶、结构酶学
2022年的IF为14.9，今年预测IF为16.56，中科院分区生物学大类2区，小类生化和分子生物学2区，OA版面费3802美元。整体审稿时间偏慢，总体审稿时间约4个月，平均审稿周期约为3个月。期刊自引率2.58%，接收率约43.75%。
Nucleic Acids Research专注于出版收物理，化学，生物化学和生物学方面有关核酸和与核酸代谢、相互作用相关的蛋白质的前沿研究成果，包括化学和合成生物学，计算生物学，数据资源和分析，基因调控、染色质和表观遗传学，基因组完整性、修复和复制，基因组学，分子生物学，核酸酶，RNA 和 RNA-蛋白质复合物，结构生物学，合成生物学和生物工程。
期刊目前特别感兴趣的方法和主题包括核酸治疗、RNA 碱基修饰、亚核结构、基因编辑、单细胞基因表达研究、分子组合可视化和单分子研究。
在投稿国家和机构TOP5中，投稿数量最高的国家是美国（24.2.5%），第二高是中国（15.1%）；数量最高的机构是法国国家科学研究中心(3.2%)，第二高的是中国科学院(3.0%)。
创刊以来发表的所有文章中，“论文”占比最高（98.8%），社论材料占比0.2%（113篇），综述论文约占1.1%。
01
Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs
Gapped BLAST 和 PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序
发表日期：01 September 1997
BLAST程序是一种广泛应用在蛋白质和DNA数据库中查找序列相似性的工具。本文介绍了一系列针对蛋白质比较的改进措施，包括定义、算法和统计学方法，在保证提高BLAST对弱相似序列识别能力的同时，极大地减少了运行时间。研究推出了新的触发词扩展标准以及带间隙比对算法，使得新开发的Gapped BLAST程序运行速度约为原版的三倍。此外，还引入了一种自动化方法，将BLAST产生的统计学显著比对整合为位置特异性得分矩阵，并据此进行数据库搜索。尽管每轮迭代速度与Gapped BLAST相近，但Position-Specific Iterated BLAST（PSIBLAST）在识别生物学意义上虽弱但重要的序列相似性方面表现出更高的敏感性。实际应用中，PSIBLAST成功发掘出BRCT超家族中的多个新且重要的成员。
https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389
02
MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput
MUSCLE：高精度与高通量的多序列比对工具
发表日期：01 March 2004
本文介绍了一款专为蛋白质序列构建多重比对的软件MUSCLE。MUSCLE算法的核心组件包括：通过k-mer计数实现快速距离估计、采用名为“对数期望得分”的新型profile函数进行渐进式比对，以及运用依赖于树状结构的受限分区进行精细化处理。通过对四个参考比对测试集（BAliBASE、SABmark、SMART和新基准PREFAB）的性能评估，MUSCLE在准确性方面表现出色，无论是在单独排名还是并列最高排名上均名列前茅。速度和准确性对比方面，MUSCLE与T-Coffee、MAFFT和CLUSTALW进行了比较。结果显示，在未经精细化处理的情况下，MUSCLE的平均准确性与T-Coffee和MAFFT在统计学上并无显著差异，且在处理大量序列时，MUSCLE是最快的。
https://doi.org/10.1093/nar/gkh340
03
Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists
生物信息学富集工具：实现大型基因列表综合功能分析的途径
发表日期：1 January 2009
本文根据生物信息学富集工具底层富集算法，将目前大约68个富集分析工具被独特地划分为三大类。研究提供一个更全面且最新的视角，以更简单易懂的工具类别层级而非逐个工具的方式来展现这些工具的优势、局限和最新趋势。该调查将有助于工具设计者/开发者和经验丰富的终端用户理解底层算法，从而更好地选择和应用合适的生物信息学富集工具。
https://doi.org/10.1093/NAR/GKN923
