科研速递 | 遗传发育所近期科研进展(第八期)

文摘   2024-09-04 10:44   北京  

近期科研进展

2024年第8期 

01

曹晓风研究组合作解析精氨酸甲基转移酶6(PRMT6)甲基化病毒基因沉默抑制子(VSR)介导植物抗病毒的免疫新机制
02

田志喜团队联合多家单位揭示基因复制产生的豆科获得基因CHI1在根瘤共生固氮过程中发生功能分化
03

田烨研究员荣获2024年“科学探索奖”


1


曹晓风研究组合作解析精氨酸甲基转移酶6(PRMT6)甲基化病毒基因沉默抑制子(VSR)介导植物抗病毒的免疫新机制

Cell Host & Microbe

精氨酸甲基化是一种重要的翻译后修饰,参与转录调控、RNA加工、DNA损伤修复以及机体免疫等重要的生命过程。精氨酸甲基转移酶(PRMT)是一类进化上保守的蛋白家族,负责催化蛋白质精氨酸甲基化。植物中PRMT通过基因转录以及转录后调控,影响植物的生长发育和逆境响应等。然而关于PRMT是否参与植物抗病还知之甚少。siRNA介导的抗病毒基因沉默机制在植物对病毒防御过程中发挥着普遍的作用。在植病与病毒之间的防御与反防御的军备竞赛中,病毒编码的VSR对于病毒成功侵染植物至关重要;为了应对病毒的VSR策略,植物进化出了基于抗病蛋白NLR和自噬等机制介导的防御反应来靶向病毒VSR。

P19蛋白作为番茄丛矮病毒(TBSV)编码的VSR蛋白,通过靶向双链siRNA抑制植物抗病毒的基因沉默机制,对TBSV病症产生以及病毒的长距离运输很重要。中国科学院遗传与发育生物学研究所曹晓风院士团队前期研究发现PRMT6过表达可以恢复拟南芥P19过表达的表型,敲除PRMT6则加剧了P19过表达的表型。预示着植物PRMT6可能参与抗病毒反应。由于TBSV的天然宿主为番茄,为了探究PRMT6在自然界植物-病毒互作中的作用,曹晓风院士和华中农业大学李峰教授团队合作进一步开展了PRMT6在番茄抗病毒方面的研究。首先通过生物信息学分析在番茄中鉴定到与人类以及拟南芥PRMT6同源的蛋白SlyPRMT6,通过构建SlyPRMT6敲除以及过表达的转基因材料,观察其对TBSV的抗性。研究结果发现,番茄SlyPRMT6敲除材料对TBSV抗性减弱,而SlyPRMT6过表达材料对TBSV抗性提高,表明SlyPRMT6参与了番茄的抗病毒反应。此外,该研究还对番茄自然群体进行分析,发现自然群体中与SlyPRMT6 表达水平相关的两个主要等位基因分别与病毒抗性存在显著正相关。进一步通过体内外的实验发现SlyPRMT6和TBSV编码的P19蛋白互作,并且SlyPRMT6通过抑制P19蛋白和双链siRNA结合抑制其VSR功能。LC-MS实验鉴定到P19蛋白在43、115、128和158位精氨酸上发生二甲基化修饰。P19精氨酸点突变结合本氏烟草瞬时表达实验发现,第43和115位精氨酸突变为丙氨酸,P19蛋白沉默抑制子功能减弱。随后又通过酵母双杂以及CoIP等实验,并且结合前人关于P19蛋白与siRNA复合体结构解析结果,揭示了SlyPRMT6通过甲基化P19蛋白43位精氨酸抑制P19同源二聚体形成,对115位精氨酸的甲基化抑制P19二聚体与siRNA结合,进而影响P19沉默抑制子功能。

综上,该研究在植物中发现了PRMT6介导VSR精氨酸甲基化参与植物抗病防御的新机制,拓宽了人们对植物PRMT功能的认识。
该项研究成果以“Protein arginine methyltransferase 6 mediates antiviral immunity in plants”为题于2024年8月5日在线发表在Cell Host & Microbe杂志上(DOI:10.1016/j.chom.2024.07.014)。李峰教授课题组已毕业博士祝强强以及曹晓风院士团队已毕业博士Ayaz Ahmad(现为阿卜杜勒-瓦利汗大学教授)为论文的共同第一作者,曹晓风院士和李峰教授为论文的共同通讯作者。华中农业大学艺林学学院欧阳波教授、邓颖天副研究员、中国科学院遗传发育所刘春艳副研究员以及华中农业大学欧阳波教授课题组博士毕业生石春美、华中农业大学李峰教授课题组已毕业本科生唐祺(现为复旦大学研究生)等也参与了本项研究。该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金以及中央高校基础研究基金等项目的资助。

图:PRMT6介导P19蛋白甲基化调控植物防御TBSV病毒的分子机制


2


田志喜团队联合多家单位揭示基因复制产生的豆科获得基因CHI1在根瘤共生固氮过程中发生功能分化

JIPB
新基因的获得是性状创新的基础,而基因复制是新基因的主要来源(Lynch and Conery 2000; Jiao et al., 2011)。根瘤共生固氮体系是自然界固氮的主要来源,主要存在于豆科植物中。然而豆科根瘤共生固氮的遗传创新基础尚无明确研究,因此,探索研究豆科植物特异基因对研究豆科根瘤共生固氮的进化具有重要意义。
JIPB近日在线发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜团队、崖州湾国家实验室李家洋院士团队、中国科学院分子植物科学卓越创新中心谢芳团队、康奈尔大学Jeff J. Doyle团队联合研究的题为“Duplication and sub-functionalization of flavonoid biosynthesis genes plays important role in Leguminosae root nodule symbiosis evolution”的研究论文(DOI:10.1111/jipb.13743)。该研究发现豆科特异基因是通过基因复制的方式产生的,并且经历了强烈的负选择。KEGG分析显示豆科特异基因在黄酮类合成相关途径上富集,其中查尔酮异构酶(chalcone isomerase)是黄酮类物质合成的关键酶,分为type Ⅰ和type Ⅱ两类。Type Ⅱ CHI只存在于豆科植物中,豆科特异的type Ⅱ CHI又可分为CHI1A和CHI1B两大类。对豆科特异的type Ⅱ CHI进行进一步研究发现,基因复制产生的CHI1A和CHI1B在基因结构和根瘤共生固氮的功能上发生了分化。大豆和蒺藜苜蓿中CHI1A-RNAi后,结瘤数目没有显著变化(图)。而CHI1B-RNAi后,大豆和蒺藜苜蓿中结瘤数目均显著降低(图)。以上研究结果表明,豆科特异的遗传创新基础和基因复制后分化对豆科根瘤共生固氮的适应性进化具有重要意义。
中国科学院遗传与发育生物学研究所博士后刘腾飞、中国科学院分子植物科学卓越创新中心博士后刘海月、中国农业科学院深圳农业基因组研究所科研助理冼文飞、中国科学院遗传与发育生物学研究所博士毕业生刘智为论文共同第一作者。中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜研究员、崖州湾国家实验室李家洋院士、中国科学院分子植物科学卓越创新中心谢芳研究员和康奈尔大学Jeff J. Doyle教授为论文共同通讯作者。中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜研究员团队的袁亚钦、范敬伟、向帅盈、杨霞、刘羽诚、刘书林、张敏和申妍婷参与了该研究。中国科学院植物研究所焦远年研究员和中国农业科学院深圳农业基因组研究所程时锋研究员为论文提供了重要指导。该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院战略性先导、中国科学院青年基础研究和科学探索奖等项目的资助。


图:豆科特异的CHI1在豆科根瘤共生固氮中的功能分化


3


田烨研究员荣获2024年“科学探索奖”


2024年8月26日,2024年“科学探索奖”获奖人名单揭晓,中国科学院遗传与发育生物学研究所田烨研究员获奖。 
“科学探索奖”于2018年设立,面向基础科学和前沿技术领域,是一项由新基石科学基金会出资、科学家主导的公益奖项。奖项设置10个领域,每年遴选在中国内地及港澳地区全职工作的青年科技工作者,鼓励他们心无旁骛地探索科学“无人区”。我所田志喜、白洋研究员曾于2021、2023年获得该奖项。


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