雾化治疗虽然副作用较小，但同样也会出现副作用。这些副作用一般程度较轻，如由于药物对皮肤造成刺激，患儿可能会出现面部潮红的情况，还可能引起口腔念珠菌感染（鹅口疮）；长期吸入药物，药物会刺激喉咙，患儿可能会出现声音嘶哑等症状。
患者在家中进行雾化治疗时，如果未注意装置的清洗和消毒，可能会导致病毒或细菌感染的情况。少数孩子在进行雾化治疗后，可能诱发支气管痉挛等症状。
这些副作用大都可以通过正确操作和做好清洁工作来避免。此外，虽然雾化治疗造成的不适感较弱，但仍有部分孩子无法接受雾化吸入，会产生抗拒心理。
