【工具分享】一键通过9大数据库批量预测miRNA的交集靶基因,轻松发SCI。

文摘   2024-11-02 23:33   以色列  


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之前我们给大家分享了R语言绘制50种SCI插图的视频教程(点击免费下载)


也将输入文件和代码分享出来了(点击下载)还给大家分享了单基因GSEA富集分析的代码(点击下载)


今天我们要给大家分享一款:


miRNA-mRNA互作一键预测工具


它可以一键、批量通过9大数据库(“ENCORI","miRDB","miRWalk","RNA22","RNAInter","TargetMiner","TargetScan","NPInter","miRTarBase")预测miRNA的mRNA和预测mRNA的miRNA。选出交集靶基因。


这个工具我们内部是用来发生信类的文章的,原价4599元现在只要200元。有了这个工具,轻松发纯生信类SCI。做实验预测的时候也能够去除假阳性,轻松做实验。如下即可下载该工具:


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下面我给大家介绍一下如何使用。


首先,下载这份miRNA-mRNA互作一键预测工具后是这样的,有三份文件,分别是:R语言万能代码输入文件9大数据库文件:



9大数据库文件是我们内部发生信类文章的,于是2022年3月中下旬整理好的(非常新):



具体每一个数据库格式如下:第一列是miRNA,第二列是mRNA:



接着,我以hsa-let-7a-2-3p和PDLIM5来一键批量预测给大家进行示范。


第一步:环境布置:


我们要把9大数据库文件、输入文件和函数代码放在一个非中文名的文件夹下:



第二步:整理输入文件:


输入文件格式如下:只有一列,这一列你可以放mRNA,也可以放miRNA。反正都是会去预测miRNA对应的mRNA,mRNA对应的miRNA。而且随便你放多少个,这里是批量进行预测的。



第三步:运行万能代码:


用Rstudio打开代码(自己百度下载R和Rstudio软件,都是免费的,下载默认安装就行了):



这里运行代码的时候要注意,这一句代码一定要记得修改哦:


source("C:/Users/A/Desktop/2/data/.venn_P.R")#改成自己的目录


我这里data是在桌面的2文件夹下:



所以我的代码就是source("C:/Users/A/Desktop/2/data/.venn_P.R")。你自己放在哪个文件夹下,就按照这样的方式修改就行。


第四步:结果解读


运行完之后,每一个miRNA/mRNA预测的靶标都会有一个文件夹:



文件夹内是其对应的靶标,如我打开hsa-let-7a-2-3p文件夹:



里面每一个数据库所预测的结果都是一个txt文档。这里也就是说hsa-let-7a-2-3p可以在miRDB、miRTarBase、miRWalk、NPInter、RNA22、RNAInter、TargetMiner这7个数据库中均有靶标,随便打开两个给大家看看:



同时重要的是,他们的靶标交集基因如下:



并且也有可视化的结果:7个数据库都能预测的交集靶基因有5个,分别是上面文件夹内的:ABI2、IGF1R、TP53INP1、FNDC3A、ARID1A



然后我们用AI修图一下,就可以投稿啦:



嗯,这个工具就这么用,非常方便,比如我有几十个、几百个、几千个miRNA/mRNA,要预测他们对应的mRNA/miRNA。那只要替换我输入文件里面的名字:



然后点击代码运行:



随后就可以等待出结果啦:



轻松又简单。如下2022年这篇文章,miRNA-mRNA互作套路不管是做湿实验,还是生信预测。都是非常实用:




miRNA-mRNA互作一键预测工具

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