单细胞测序分析入门
出品：超爱学术部
各位同学好，欢迎来到超爱学术部频道。这篇文章主要是写给各位在本科生或者研究生阶段没有生信基础，但想要在短时间内掌握一些单细胞数据分析方法的同学。
小编的本科阶段在各个课题组中间都在做单细胞转录组数据分析的工作，但其实老师指导的时间是很有限的，所以很长时间都要靠自己摸索，而走弯路、走错路都是在所难免的。
在科研过程中，兴趣是第一位的，始终保持做科研的热情能够让我们在灰心沮丧的时候重新拾起继续学习和奋斗的勇气。
小编希望以我本人自身的学习经验，帮助各位同学在短时间内掌握一些学习方法。（超爱生信分析视频课程第一课链接在文章末尾）
打好基础，理解原理
在单细胞分析的学习过程中生信的基础知识是非常重要的。首先就是要对R语言非常熟悉。大家可以阅读一些R语言的教程书籍，例如《R语言实战》，或者利用网络上的一些资源学习R语言的基础语法。在学习过程中，重点是学习R语言中每种数据结构的特征，并且学习针对每种数据结构采取的基础命令。针对一些数学问题，大家可以尝试用R语言进行解决。对于初学者来说，可能会经常出现报错的情况。大家可以把这些错误在谷歌或者github中进行检索，学习怎样修改自己的代码。同学们可以在这些错误中慢慢积累修正错误的方法，从而提高自己对R语言的掌握能力。
对于单细胞测序完全不了解的同学，可以阅读单细胞领域的一些经典综述，了解单细胞测序样本制备的方法和最重要的分析原理。
仔细研究每一步流程，学习调参和优化
对于单细胞分析，最重要的莫过于学习Seurat的分析流程。但是，在官网上对于Seurat标准流程的介绍是很简单的，并且在基础流程下跑出来的图普遍很粗糙。因此，在学习的过程中，务必要对重要步骤的函数非常熟悉，尤其要理解这些函数中的重要参数。同学们可以在help当中找到每一个参数的含义，也可以在公众号当中查找相关资料对这些函数进行深入的认识。
在得到每个分析结果以后，并不是分析就完成了。在生信分析中，其实很大一部分时间是对结果的可视化进行优化，简而言之是做出“最好看”的一张图。我们需要对颜色、字体、图形有一个全方面的调整，能够让结果图最清晰地展示我们需要表达的结论。
广泛阅读单细胞文献，学习复现文章结果
小编觉得能够帮助大家在短时间内深入了解分析思路的最好方法就是阅读文献。同学们重点可以阅读自己感兴趣领域的单细胞文献，对每一张图能够讲出来这张图表达的意思。鼓励大家多去参加一些文献汇报的活动，然后自己学会分享一篇单细胞文章的主要思路，这能够帮助各位同学更好的理清单细胞的分析框架。
对于发表在高分杂志上的单细胞文献，很多提供了文章的分析代码。大家可以通过这些代码进行学习，然后尽可能复现和原文一样的分析结果。
结合科学问题，选择合适的分析方法
在做了一段时间以后，小编发现需要根据研究不同的问题，对所用的方法需要进行一定程度的调整。例如，针对研究细胞分化的问题，则需要应用一些细胞分化轨迹推断的方法；针对研究各种间质细胞对肿瘤细胞产生的作用，则需要通过一些细胞互作的方法进行分析。在积累了绝对多的分析方法以后，同学们更要学会在科学问题下采取有针对性的分析方法，而不是拿到数据就把所有的流程都跑一遍。
