Cell & Bioscience | 一篇很好的生信复现文献(提供部分代码/联系热点/工作量扎实/图片美观)

文摘   2024-10-12 23:42   日本  

欢迎来到‘文献5分钟’泛读频道,这个板块将带你快速浏览一些实用且有趣的生信文章~摘要:胶质瘤是一种高度异质性的脑肿瘤,根据其恶性程度被世界卫生组织(WHO)分为1至4级。胶质瘤的免疫抑制微环境在很大程度上导致了患者的不良预后。然而,胶质瘤环境中的细胞组成及其复杂的相互作用仍然知之甚少,且缺乏可靠的预后标志物。因此,对肿瘤微环境(TME)进行深入探索并识别预测性标志物,对于改善胶质瘤患者的临床管理至关重要。Fig1 :cellchat细胞通讯分析作为开始,分析不同胶质瘤细胞亚群的通讯情况,落到6个受配体通路(MIF,THY1,ANGPTL,SPP1,GALECTIN,PDGF)Fig2 :cellchat细胞通讯分析的延伸,研究者从这里开始非常有意识地往巨噬细胞-SPP1这条路线走Fig3 :从这里开始研究者增加了分析的细粒度,尝试告诉大家一些基因,打分在各个细胞亚群中的情况(这里涉及到了很多基础分析技术,比如柱状图,相关性分析等)Fig4 :从这里开始逐渐剔除跟其他细胞群(这里是往T细胞分析了)的交互情况(分析技术挺综合的)Fig5 :跟临床数据关联一下Fig6 :同样也是临床信息,这里涉及到了免疫相关的分析Fig7:跟EGFR突变信息关联一下总的来说,笔者认为这是一篇非常好的代码练习文献,虽然对新手是不友好的,但是如果能够完整的复现出现出来对技术会有很大的提升,github中也给出了一些代码,可以供大家参考~

参考资料:

1、Revealing the role of SPP1+ macrophages in glioma prognosis and therapeutic targeting by investigating tumor-associated macrophage landscape in grade 2 and 3 gliomas. Cell Biosci. 2024 Mar 21;14(1):37.

2、github:https://github.com/ws2024/glioma2024

3、公众号输入关键词:241013 ,即可得到文献代码(7天内)

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生信方舟
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