T2Tvalidator插件 | 基于序列的 T2T 基因组着丝粒和端粒区域自动判断与可视化

文摘   2024-09-11 07:29   贵州  

写在前面

这个插件来自于去年的一个side-project。虽然因为已有老师发表了相似的工作而暂时放下了,整理而出的插件也仅包含了着丝粒的检测(因此命名为CentroLocate)。但是想了想,挖下的坑还是要填一下子 : )

所以在此更新了一个版本,补全了对于端粒的检测,插件全新升级为完整版T2Tvalidator,欢迎各位下载试用~

使用插件

从插件商店安装插件(跳转链接中下载 T2Tvalidator.plugin 文件,随后 install plugin)即可,随后打开插件。

使用方式很简单,下面以拟南芥T2T基因组为例。

运行结束会输出比较多的文件,在其中找到输出的图片文件(此处为Ath.pdf),即可看到:

可视化结果中展示了候选着丝粒区间(浅蓝色矩形区域)以及端粒区间(红色三角形标注位置)。结果文件夹中还有很多文本结果文件,如:
Ath.fa.centromere.bed 着丝粒区间文件

Ath.fa.telomere.bed 端粒区间文件

Chr1_centromere.monomer.fa 染色体着丝粒单体序列文件

Chr1_left_telomere.telorepeat.fa 染色体端粒重复序列文件

最后

诚如陈师兄所说:“当做情怀来做,自己有用,然后开心。至于最终发表与否,不用太在意。

把坑填上,自己同样也可以用上。: D

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PS: 插件已经可以直接在 TBtools Plugin Store 直接下载安装了

生信石头
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