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根据最近的一项研究,许多科学期刊中的柱形图统计分析存在错误。尤其是在顶级期刊(如CNS期刊,即《Cell》、《Nature》和《Science》)中,这一现象尤为突出。研究指出,在审查了超过700篇在这些期刊上发表的文章之后,发现大约有50%的柱形图存在统计分析错误。这些错误包括但不限于以下几种:
数据展示不当:一些柱形图没有正确显示数据分布或变异性。例如,未包含误差条或未明确说明误差条代表的内容(如标准误差、标准差或95%置信区间)。
统计显著性标记错误:许多柱形图未正确标记统计显著性,或者显著性标记与统计分析结果不一致。
误用统计检验:在一些情况下,作者选择了不适当的统计检验方法。例如,使用t检验来分析非正态分布数据或小样本数据,而这些数据更适合使用非参数检验。
不适当的数据转化:一些研究对数据进行了不恰当的转化(如对数转化),导致结果难以解释或误导。
今天小编就用一套非配对两组连续变量的比较数据(如下图,对照组和实验组中WNT4基因的表达量)教会大家用GraphPad做数据【两独立样本均数比较】,涵盖正态检验、t检验、方差分析,非参数检验。一次性学会!
一、首先是统计方法选择:
对于此类数据的分析,首先应看在试验设计上是否进行了配对,之后再看数据是否呈正态分布,方差是否齐。再选择合适的统计学方法,其思路如下:
那么可以用于两组资料比较的软件很多,比如SPSS,SAS和Stata等功能强大的专业统计软件。但笔者更倾向于用GraphPad Prism,因为该软件操作简单,结果更容易解读。在国际杂志上发表论文时,很多作者也在文中说明自己的所用的统计学软件为GraphPad Prism,审稿人也都习以为常,都是值得认可的。下面开始操作。
下载安装软件,之前我们给大家分享过,点击下载安装GraphPad9。随后打开软件,输入数据(打开GraphPad Prism软件后,软件会让操作者选择数据的输入类型,此时注意选择“Column”这个选项。下图所示:):
之后分别输入两组变量的值。如下图所示,实验组共7个样本;对照组也是7个样本。也可以在表头上对数据进行标识,分别为Experiments和Controls(我这里标识为对照组和实验组)。如果此处不进行标识,默认的组名是Dataset A和Dataset B。
接着就是统计分析。在进行统计分析之前,我给大家讲讲中心极限定理。中心极限定理(Central Limit Theorem)是统计学中最重要的结论之一。在这里,我并不想给出中心极限定理专业的定义,只需要了解它告诉我们:来自某总体的一个样本,无论该总体服从什么分布,只要样本容量足够大,其样本均值都近似服从正态分布,如下图。请注意这里的说法:“样本均值“近似正态,而不是样本本身服从正态(不是说你抽了30个样品组成的样本数据就正态)。这里又有一个大家疑惑的地方,样本容量足够大,多大才是足够大?这个问题的答案和总体分布的形状相关,如果样本本是来自近似对称分布的总体,那么当样本量取相当小(如样本量取5)的值的时候,正态逼近的结果也会非常好。然后,如果总体的分布严重倾斜,则样本量必须取相当大的值。根据检验,对于大多数总体来说,样本容量取30或者更大,就足以得到令人满意的正态逼近结果。
那我这里每组只有7个样本,需要做一下每组数据的正态检验。
二、数据的正态性检验:
我这里每组7个样本,需要做一下每组数据的正态检验。首先点击Analyze,然后选择XY Analysis下面的Column statistics。如图所示:
OK之后出现下界面:
如上图。GraphPad Prism提供了三种检验数据是否呈正态分布的方法:D’Agootino-Pearson法,Kolmogorov-Smirnov法和Shapiro-Wilk法。针对同一种数据,三种方法的计算结果大同小异。虽然GraphPad Prism不推荐用Kolmogorov-Smirnov法,但根据笔者经验,在国际上发表论文时,多采用Kolmogorov-Smirnov法的结果,可能是因为当样本量太小时,Shapiro-Wilk法和D’Agootino-Pearson法无法给出检验结果。当然,也可以三种方法都选择,综合判断数据是否呈正态分布。
选择好统计方法之后点击OK,就可以得到正态检验的结果,如下图所示。需要特别说明的是:在正态检验中,一般认为P大于0.10才表述数据呈正态分布(注意:是“大于”,不是“小于”!是0.10,不是“0.05”!!!!)。在本案例中,两组数据的P值均为大于0.1,因此可以认为两组数据均呈正态分布。
那到这一步,我们知道我们的数据是非配对的,正态的。
三、两组统计分析
如上,我们已经确定是符合正态分布了。那我们就可以进行统计分析了。首先点击菜单栏中的Analyze,会出现如下图所示的界面。注意左侧一定要选中”t tests (and nonparametric tests)”,也就是两组之间的分析,我们选择t检验或者非参数检验,随后我们再细选分析方法。
接着我们要选择是否配对(Paired和Unpaired),并决定选择参数检验还是非参数检验。所谓参数检验就是指配对t检验或独立样本t检验,而非参数检验则是指Mann-Whitney U检验(如果配对,就是配对Wilcoxon检验)。如果选择参数检验(默认两组数据均呈正态分布),软件会让操作者选择方差是否齐。
如果你点击方差齐,软件会选择t检验,如果不齐,软件推荐Welch法。需要说明的一点是,如果两组数据均呈正态分布,但方差不齐,此时应采用校正t检验,目前有三种主要的校正t检验法:Cochran & Cox法、Satterthwait法和Welch法。GraphPad Prism仅支持Welch法(这些方法不懂的可以自行百度)。
那本文数据符合正态分布,因此应该选择两样本T检验(方差齐)或者近似t检验(方差不齐),如下先点击方差齐的两样本T检验:
除了Experimental Design以外,还可以对Optional选项里面的内容进行修改。如下图所示。一般建议选择“Discreptive statistics for each data set”(展示各组数据的均数、中位数、标准差、秩和等)选项。在P value一段,系统默认为双尾检验(双尾检验不懂的也可以百度,大概双尾检验就是两组比较的差异有没有统计学意义,不管谁高谁低。而单尾检验会考虑谁高谁低的问题),一般建议不要更改。
点击OK后出现结果,结果一般分为两个部分,一是差异是否具有统计学意义;二是F检验结果,告诉你方差到底齐不齐:
F test to compare variances,即方差是否齐。一般认为,P值大于0.10才可以认为两组数据方差相同(注意:是“大于”,不是“小于”!是“0.10”,不是“0.05”!!!!)
从上图结果可知,我们的结果很好,方差确实是齐的,分析没有错。接着我就可以作图导出:
值得注意的是,如果此时我们分析的结果提示方差不齐,你又要返回去选方差不齐,如下:
如果两组数据不呈正态分布,则应该选用非参数检验。非参数的两个选项分别是Mann-Whitney U检验和Kolmogorov-Smirnov检验。一般选择Mann-Whitney U检验。
点击OK后出现结果:结果一般分为两个部分,一是差异是否具有统计学意义;二是差异有多大。我们这里是选择了Mann-Whitney U检验,则可得到如下图所示的结果:
那么,其实要是我们的样本比较大,不知道数据是否符合正态分布,我们可以按照书本上说的25个数据以上就可以近似的看成正态分布的。
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