毛远新读完中学后，选择报考哈尔滨军事工程学院。
哈军工是一所专门培养军事技术人才的大专院校，教学设备非常先进，教员的素质亦称上乘，在全国而言，是首屈一指的培养军事人才的学校。毛远新在大学期间，读书比较用功，对搞政治运动却不怎么感兴趣。甚至连一些马列主义著作，当时的《解放军报》、《中国青年报》等报刊也看得较少。
毛泽东对毛远新的要求很严，不仅是学业上、生活上经常关心，对毛远新思想上、政治上的进步也很关心。
每次见面，毛泽东都要求毛远新把他近日的思想学习心得汇报一下，从中找出问题，加以教育。
毛泽东同毛远新的关系十分特殊，犹如父子一般，可以无话不谈。有一次，毛远新陪毛泽东下水游泳，这一次天气比较冷，水里比岸上暖和，毛远新上岸后感到有点冷，就脱口而出说：“还是水里舒服些。”毛泽东瞪他一眼说：“你就喜欢舒服，怕艰苦，不肯吃苦。你就知道为自己着想，考虑的都是自己的问题。你父亲在敌人面前坚强不屈，丝毫不动摇，就是因为他为多数人服务。要是你，还不是双膝下跪，乞求饶命？我们家许多人都是被国民党、帝国主义杀死的，你是吃蜜糖长大的，从来不知道什么是吃苦。你将来不当右派，当个中间派，我就满足了，你没吃过苦，怎么当左派？”毛远新说：“我还有点希望吧？”“有希望，好！超过我的标准就更好！”
江青同毛远新的关系非同一般。
江青对毛岸青和李敏都十分冷淡，但对毛远新，江青却待他特别好，如同己出，比较亲近、关心，不摆架子，也许是因为毛远新是烈士子弟。毛远新对江青也是惟马首是瞻。
江青对毛远新甚至比对她的亲生女儿李讷还要好。李讷有什么要求，自己又不敢贸然向江青开口，就开口叫毛远新出面与江青谈，这一着往往有效，因为江青对毛远新向来是有求必应的。
1965年，毛远新患病毒性感冒，发高烧住医院治疗。
江青特意嘱咐医护人员每天早晚打两次长途电话，向她报告病情发展如何了，甚至还要问毛远新体温多少。（《中南海人物春秋》，顾保孜著，中共党史出版社出版）
