化学领域存在许多复杂优化问题,这些问题往往具备非线性、非凸甚至是无法显示表达的复杂特性。这类问题是演化算法的巨大应用市场之一。
新晋诺贝尔化学奖得主David Baker于2021年在化学领域中科院一区期刊《Journal of Chemical Theory and Computation》上发表题为“Force Field Optimization Guided by Small Molecule Crystal Lattice Data Enables Consistent Sub-Angstrom Protein–Ligand Docking”的论文。这篇论文将遗传算法应用于小分子结构预测和设计。其工具软件GALigandDock(这里的GA是Genetic Algorithm的缩写)最近被两篇Science正刊所使用。
参考文献:
[1] Park H, Zhou G, Baek M, et al. Force field optimization guided by small molecule crystal lattice data enables consistent sub-angstrom protein–ligand docking[J]. Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17(3): 2000-2010.
软件工具:
https://docs.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/Movers/GALigandDock
编辑&校对:
Qiqi Duan&Chao Wang