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在做完peak calling之后，我们就可以做样品间的差异分析了，常用的包是DiffBind和MACS2。MACS2作为使用最广泛的peak calling软件，在v2版本中添加了差异peak分析的功能，所有的子命令功能描述如下：
MACS2通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析， 该命令不需要基于已有的peak calling结果，只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是，该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计，适用于没有生物学重复的情况。
对于有生物学重复的Peak差异分析，我们主要选用DiffBind。只要准备一个文件即可：
只要替换bamReads列的bam文件路径和Peaks列的narrowPeak文件路径就行了，其他都不用变。如果你有3比3个样本，就以此类推就行。
下面运行代码：
library(DiffBind, quietly = TRUE)library(tidyverse, quietly = TRUE)samples <- read.csv("Samples.csv", header = TRUE)samplessampleDba <- dba(sampleSheet = samples)sampleCount <- dba.count(sampleDba)sampleNor <- dba.normalize(sampleCount)sampleCon <- dba.contrast(sampleNor, design = ~ Treatment, contrast = c("Treatment", "WT", "KO"), reorderMeta = list(Treatment="WT"))sampleDiff <- dba.analyze(sampleCon, bBlacklist = FALSE, bGreylist = FALSE)dba.show(sampleDiff, bContrasts = TRUE)diffPeak <- dba.report(sampleDiff)diffPeakGRanges object with 6293 ranges and 6 metadata columns:seqnames ranges strand | Conc Conc_WT Conc_KO<Rle> <IRanges> <Rle> | <numeric> <numeric> <numeric>1041 chr10 74826166-74826566 * | 6.69 7.44 5.007544 chr6 155314400-155314800 * | 6.61 7.38 4.848254 chr8 73972212-73972612 * | 7.19 7.82 6.026555 chr5 91383243-91383643 * | 6.84 7.54 5.417830 chr7 94657864-94658264 * | 6.47 7.24 4.70... ... ... ... . ... ... ...3936 chr19 35612533-35612933 * | 4.46 4.91 3.794659 chr2 175181550-175181950 * | 4.04 4.55 3.251275 chr11 13463100-13463500 * | 4.64 5.06 4.048757 chr9 97983046-97983446 * | 5.10 5.47 4.606553 chr5 91280440-91280840 * | 5.28 5.62 4.84Fold p-value FDR<numeric> <numeric> <numeric>1041 2.34 1.11e-15 1.02e-117544 2.42 4.96e-15 2.26e-118254 1.76 8.53e-15 2.60e-116555 2.06 4.11e-14 9.38e-117830 2.41 1.21e-13 2.20e-10... ... ... ...3936 0.99 0.0344 0.04994659 1.10 0.0344 0.04991275 0.91 0.0344 0.05008757 0.81 0.0344 0.05006553 0.73 0.0345 0.0500-------seqinfo: 23 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
一键搞定。代码不用改，只要改Sample这个文件就行哦。
"Sample文件"
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顶级CNS插图如下：
但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。
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也可以随意修改大小：
Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中，并对齐：
随后画一条线，示意要D369打药：
随后添加字体，这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。
最后保存和导出，一定要记得保存，保存就是矢量图了，以后还能修改。导出就是导出为图片，用来讲PPT或者投稿。
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还有，我们下载的素材，也可以右键取消分组：
然后修改任何一个你想要修改的元素，比如修改液体的颜色：
也可以将注射器放在背上，模拟皮下注射：
还可以将小鼠变为黑色：
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